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# TDWG 2021 note

## SYM12 Connecting biodiversity data with knowledge graphs
https://whova.com/portal/webapp/tvac_202110/Agenda/1780315/

- [pensoft/OpenBiodiv: Open Biodiversity Knowledge Management System](https://github.com/pensoft/OpenBiodiv)
- [Ozymandias: a biodiversity knowledge graph - [PeerJ]](https://peerj.com/articles/6739/)
- [Bioschemas - Bioschemas](https://bioschemas.org)

## SYM03 Specimen data provision and mobilisation: DiSSCo community e-services and standards
https://whova.com/portal/webapp/tvac_202110/Agenda/1780324/

## UNCF19 The API unconference
該非正式會議以共同編輯文件、列出大家對API的有興趣或疑問的內容、分享相關知識經驗，以及相關討論等方式進行，藉由投票決定分享與討論等進行的方式與優先順序，並在共同編輯文件中整理成會議記錄，或是以試算表彙整已知生物多樣性資訊相關API等，透過參與此會議而取得大家共享的已知API已非常值得。

共享文件：https://docs.google.com/document/d/1Q1FMjFY1vF_rHVTYfsYIV41ajdmre3f2PJ8rkQBJrAA/edit?usp=sharing
共享API資料表(副本)：
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nIBQEtvXHisl9blNR0in6v_mrzqgFavAcwMupS4Nxq0/edit?usp=sharing

另外亦有許多有趣的分享：
- Wikidata Query Service：以SPARQL語言取得Wikidata資料。有程式碼示範文件夾，程式碼或是執行結果頁面可以分享，也支援多種格式下載，以及多種程式碼轉換。未來可透過Wikidata取得開放資料，或是匯入開放資料。https://query.wikidata.org/
- 一些推薦程式或指令列工具：
- Postman，呼叫API用的應用程式
- jq用來過濾或篩選json格式資料的指令列工具
- curl指令列工具等。

## SYM02 e-floras, e-faunas and species pages: projects, methods, and tools
分類研究工具：
- Xper3：在線上平台記錄管理生物描述性、量測性資料，提供資料分享、合作編輯、資料分析等功能。http://www.xper3.fr/
- Character Recorder：特色是以試算表紀錄分類特徵資料，並鼓勵使用者使用標準的詞彙，或者可將詞彙新增到平台的字典中，以便於整合眾多的物種特徵紀錄。討論未來發表文章可以結合這樣的工具，讓無法放在文章中的生物描述性、量測性資料也能開放出來。http://shark.sbs.arizona.edu/chrecorder/public/login
- GoaT：全名為Genomes on a Tree，為整合各大基因體資訊資料庫的查詢平台。https://goat.genomehubs.org/

## SYM15 Maintaining the taxonomic backbone

1. 呼籲將FAIR理念擴展至分類觀的發表與數位化。如出現紀錄資料的物種變動，需要地理分布、辨識特徵、參考DNA序列等協助判斷，如這些資料能有效整理數位化，由專家判斷或人工智慧判斷就能更方便處理更新。(Beckett Sterner)
2. TaxonWorks管理學名與學名間的關係主要依據命名規約，如國際動物命名法（ICZN），且指出命名是不斷變動的，不如將其設定為一組資料點，當有同物異名發生時，不去刪除過去的名字，而是為其增加一筆紀錄。生物的概念雖然改變，但只是分類處理不斷增加。TaxonWorks記錄分類處理的深度只到「可再被他人使用的值」，並期望可用API來加速這類資料的記錄。(Matthew Yoder)
3. TaxoTracker：維護分類資料的協作平台。目的是希望克服分類處理資料太多，常無法有效查找、分享與更新，以及分類專業知識與維護時間的限制等，希望透過具有概念驗證的網路平台，促進分類專家修訂便利性與專業知識傳播等。TaxoTracker功能包括：(Nicolas J. Dowdy)
- 集中、可搜尋且易取得的資源
- 社群驅動，基於引用的修訂建議
- 專家審核的修訂建議
- 共識決的修訂決議
- 修訂建議與審核的貢獻追蹤與歸功