Terrain au LBBE Les activités de terrain permettent l’acquisition de données et d’échantillons à très haute valeur ajoutée et qui contribuent à l’activité de recherche de nombreux membres du laboratoire Des suivis à long terme Ces données longitudinales sont une richesse du laboratoire et font sa renommée nationale et internationale. Les suivis concernent différents modèles biologiques et territoires : chevreuils (Chizé, Trois-Fontaines) marmottes (Sassière, Lautaret) cincles (Vercors) chênes (France)

Contexte ade4 (Ecological Data Analysis : Exploratory and Euclidean Methods in Environmental Sciences) est un logiciel libre développé au sein du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (Université Lyon 1). Ce logiciel statistique implémente de nombreuses méthodes d'analyse multivariée (dont plusieurs ont été développé au laboratoire) et des outils graphiques permettant la représentation des résultats. Le premier pas du logiciel a été lancé en 1985 avec l'écriture d'une procédure de diagonalisation de matrice en langage assembleur pour l'Eclipse S/140. Cette procédure permettait de calculer les valeurs propres et les vecteurs propres d'une matrice en un temps raisonnable, ce qui rendait possible l'utilisation interactive de méthodes d'analyse de données multivariées sur des ensembles de données écologiques de taille réelle. Après de nombreux développements et versions (Microsoft QuickBasic avec interface Hypercard, puis en C), ce logiciel a été complètement réimplementé sous la forme d'un package pour le langage/logiciel statistique R. La première version du package a été soumise en décembre 2002 sur le CRAN. Depuis, le package s'est développé via notamment l'implémentation de plusieurs packages satellites plus spécifiques (adegraphics, adespatial, adephylo, ade4TkGUI, adegenet, adehabitat, adiv) et il est maintenant largement utilisé dans le monde scientifique. Une récente synthèse analysant plus de 60 000 articles publiés dans les 30 plus grandes revues d'Ecologie classe ade4 à la huitième place des packages R les plus utilisés au monde. Plusieurs articles et un livre ont également été publiés afin de décrire le fonctionnement du logiciel et ils sont cités plus de 7000 fois. Projets de stage Même si il est régulièrement enrichi et mis à jour, le code du package date de 2002 et certaines parties du code mériteraient une réimplémentation afin de les rendre plus efficaces en utilisant de nouvelles technologies. De plus, certains changements programmés dans des packages extérieurs dont dépend adegraphics nous oblige à reprendre des parties de code qui vont devenir obsolètes. Ce travail est nécessaire sous peine de réduire les fonctionnalités de notre package. Dans ce cadre, nous proposons plusieurs sujets de stage dans lequels un ou plusieurs stagiaires peuvent piocher afin de répondre à notre besoin et acquérir de l'expérience en programmation C++ (sujet 1), programmation R (sujet 2) ou programmation Web/R/Shiny (sujet 3). Réimplémentation du code C du package ade4 via l'utilisation du package Rcpp Un premier axe de développement serait de remettre à jour du code existant afin d'améliorer les performances du logiciel, notamment pour l'analyse de très gros jeux de données. Un premier objectif serait de réimplémenter le code C du package (plus de 5000 lignes) qui est appelé par le code R d'ade4 pour la réalisation de test statistique par permutation des données. L'usage de solutions techniques récentes (packages Rcpp et RcppArmadillo) facilitera l'interfaçage avec R et devrait réduire l'usage mémoire (en évitant de dupliquer des objets) et accélerer le code. Le code R pourrait aussi être amélioré en plusieurs points (passage en matrice, utilisation d'algorithmes de diagonalisation seulement pour les premiers axes, etc). L'implémentation des tests unitaires pourrait également être considerée.

Réunion Terrain 09/09/2021 Idée qui a germé suite aux discussions de la direction avec le personnel technique et certains porteurs de projet Mise en place accelerée par les départs de Jeanne (1/11) puis Sylvia(1/12) Un constat Les activités de terrain permettent l’acquisition de données et d’échantillons à très haute valeur ajoutée et qui contribuent à l’activité de recherche de nombreux membres du laboratoire

Test fait sur firefox ubuntu nouveau projet j'essaie avec le jeu de données mafragh d'ade4. Impossible de charger le rda (ça marche pour un autre rda) quand je mets un nom de projet, j'ai un bouton 'edit project' qui apparait est qui s'efface quand on clique dessus si je modifie le rda/rd après une première soumission, la coche à droite reste carré (et non le trait vert). j'ai l'impression aussi qu'on perd le rda et le rd quand on revient sur le projet impossible de cliquer sur check and submit.. Dnc je peux pas aller plus loin y'a un souci avec le comptage des mots clefs (je me demande si c'est pas ça qui m'empêche de checker)