官網 2025: https://event1.nchc.org.tw/2025/hipac/index.html 分組&分工狀況 養老院 教練: 隊長: 白兔 (qiskit + HPL + Infra)光頭哥哥qiskit HPL Ricky

https://github.com/RyaxTech/ansible-hpc-cluster --- - name: Deploy Slurm Cluster hosts: all become: yes vars: control_node: hpc1 compute_nodes: hpc2 slurm_version: 23.11.4

OpenMP :::info TODO 了解 OpenMP 的用途、怎麼寫、怎麼編譯 OMP 有很多 run-time 的環境變數可以調教改變 thread 開啟的數量和行為 例如 CPU binding OMP 參數如何影響應用程式的運行

基本設置 免密碼登入 在 vscode 的 ssh remote 新增兩台 ib 節點的連線 到 ~/.ssh/config 將 Host 分別修改成 hpc-ib-n1 與 hpc-ib-n2 Host hpc-ib-n1 HostName xxx.xx.xx.xxx User ntcucshpc Port 22054

InfiniBand 是用於高效能計算的網路通訊標準，並且支援 RDMA (Remote Direct Memory Access) 技術，具有極高的頻寬與極低的延遲，用於高速資料傳輸。可以透過鏈路聚合提升 throughput。 IB cable ConnectX-7 image FDR-10 4X -> 40 Gbps

:::warning 超重要!!!!!! 國網的賽前說明 一定要去聽!!!!!!!! 由於我們的主機效能沒那麼好，因此調校的效果可能不會這麼明顯 不管是練習還是比賽，調校時記得紀錄參數的內容以及結果，方便繪製成圖表 ::: <a style="color:red" >紅字是我去年(2024)沒做到的但今年想試試的</a> 了解APP的用途以及背景例: NAMD為分子動力模擬學，可以用於病毒模擬分析通常HiPAC出的題目都是國網做過的研究，可以從國網相關的搜尋一些資訊

MPI Cluster 架構 在一個 Cluster 中會有多台機器(電腦)，稱為 node一個 node 當作 Manager (Master)分配運算工作給 nodes 多個 nodes 當作 Woker (Slave) 執行 manager 分配的運算工作 Nodes 間使用網路溝通，為了方便操作，通常會將每個 nodes 設定靜態 IP OpenMPI 依賴兩種服務進行溝通

簡介 一種讓使用者可以動態管理環境變數的工具。 避免環境變數衝突。 方便不同軟體版本共存（如 Python 3.8 / 3.9）。 安裝與設定 安裝 sudo apt install environment-modules 啟用 modules source /etc/profile.d/modules.sh

Issue Build Cluster NFS 或其他共享的檔案系統（千千萬萬要掛home pgm: 應該是 NIS 的問題吧 不是 home平行檔案系統 iscsi env modules 環境變數管理 Slurm

Message Passing Interface (MPI) 跨語言的 平行程式 API 標準，常用在 HPC 領域的程式開發通常支援直接 C/C++ 及 Fortran 透過擴充的 library 也可以在 Java、Python 等語言執行 定義 processes 之間的的 通訊介面/協定 高階的訊息傳遞 API，比 POSIX 原生的 IPC 更容易使用 同時有極高的效率以及移植性 MPI 可以透過各類型的網路(TCP、IB)做 跨 nodes 的溝通

官網 https://www.hpcadvisorycouncil.com/events/2025/APAC-AI-HPC/ 時程 正式開始報名: 3/11 (SCAsia2025 新加坡 14:00~18:00) 確認隊伍名單: 5/23 公布訓練計畫: 5/30 賽前教育訓練: 6/9 起 存取競賽機器: 8/4 起 成果簡報繳交: 10/10 截止

關於 PIC 軟體 PIC 的功能，是模擬一個空間中的粒子運動，並藉此計算出電場、磁場或是輻射 模擬的整個空間大小，稱為 domain 一個 domain 會被切成多個網格 (grid) PIC 做的事情就是計算每個網格中的粒子分布情況 每一次更新網格，叫做一個 step；一個 step 代表一小段物理時間(e.g., 10ns) 對於相同內容的模擬，每一個 step 做的運算是相同的但根據國展老師的經驗，因為 domain 中的粒子總數可能會變化，所以有可能隨著模擬的 step 越多 (粒子總量越多)，計算量越大 賽後經驗: 也可能隨著模擬時間、粒子密度的分布也有所變化，導致不同方向所需的計算資源(GPU 數量)有變化

以 UEFI + GPT 開機，systemd 為 init system 為例 除了 PVE 的設定外，幾乎都是參考官方手冊，照著手冊做應該不太有問題Gentoo AMD64 Handbook 注意: 因為官方的手冊是 wiki 的格式，我發現前幾天有被人改過而且內容感覺是錯的 現在已經修正回來了，暫時可以安心服用 不過建議在貼上指令前多看兩眼 建立 VM OSISO image 選擇 install-amd64-minial

d for daemon systemd也是一種init系統，所謂的init系統就是kernel啟動以後，會執行的pid 1號程式 OS啟動後需要啟動很多服務，最後才能進入可提供服務的狀態 如何知道有哪些服務？How to List/Enable/Disable/Start/Stop/Restart/Reload 我們想確認一個服務是否正常查詢服務的log 假設我自己想架一個簡單的網站，如何寫一個服務設定檔，在開機時自動啟動。假設啟動HTTP伺服器需要等網路連上線，我該怎麼寫相依性 如何使用systemctl 關機/重新開機 systemd裡面那麼多的Target有什麼用？他們跟以前的runlevel有什麼關係，什麼是runlevel

OpenMPI 參考: https://docs.open-mpi.org/en/v5.0.x/installing-open-mpi/quickstart.html 0. 軟體需求 需先安裝以下套件 支援 C99 以上的 C/C++ 編譯器GCC、Clang 或 Intel C++ Compiler 安裝 GCC​​​​sudo apt install build-essential 若需要支援 fortran，需要安裝 gfortran​​​​sudo apt install gfortran

檔案系統: XFS or BTRFS I/O排程器: 改成deadline或noopecho deadline > /sys/block/sda/queue/scheduler 或是 GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=auto rhgb quiet elevator=noop" https://shape.host/resources/kernel-configuration-for-high-performance-computing-on-linux 電源管理 GRUB_CMDLINE_LINUX="intel_idle.max_cstate=0 processor.max_cstate=0"

Tailscale 是什麼? Tailscale 是一個 VPN 服務，可以讓您的設備和應用程式在全球任何地方安全且輕鬆地連接。它使用開源的 WireGuard 協議進行加密的 P2P 連接 (稱為 tailnet)，這意味著只有您私有網路上的設備才能互相通信。 Tailscale 還提供 MagicDNS，讓您不需要打 IP，改用 hostname 直接連線到裝置。 安裝 Tailscale Windows Tailscale 僅支援 Windows 10 以上系統。 至官網下載 exe 安裝，開啟 Tailscale 應用程式，需註冊/登入帳號。

Quickstart https://docs.nvidia.com/bionemo-framework/latest/quickstart-fw.html#ngc-setup Train python pretrain.py --config-path=conf --config-name=pretrain_xsmall_span_aug \ do_training=True model.data.dataset_path=$(pwd)/zinc_csv \ model.data.dataset.train=x000 \ model.data.dataset.val=x000 \ model.data.dataset.test=x000 \

Terminal配置大概圖 terminal配置 所需套件 tmux, htop(進階版的top) sudo apt install tmux htop 欄位配置說明及步驟 創立一個tmux session

每周開會時間: 週二晚上 6 點 下半部 (熟悉 Benchmark 和 APP) 03/06FourCastNet HPCG 跑分、調校結果 03/12 03/19