HAPI FHIR 伺服器建置指南（新手向）

# HAPI FHIR 伺服器建置指南（新手向） [TOC] ## Prerequisites 這份指南將會使用 Rocky Linux 8.4 做為教學用的系統，Rocky Linux 8 是 CentOS 8 的替代版本，用起來一模一樣，如果你沒看過，現在讓你看看： **Rocky Linux 8 官方網站**：https://rockylinux.org/zh-tw/ 如果你有在使用 VMWare、VirtualBox 等虛擬化平台，可以考慮改用 Proxmox VE。他是一個**開放原始碼**的虛擬化平台，並提供一個類似 VMWare vCloud 的 Web 管理工具。你可以在上面開 QEMU VM 跟LXC Container，也可以在上面實現 Ceph、HA Cluster 等機制，全部都滑鼠點一點就好。 Proxmox VE 上面已經有 Rocky Linux 8 的 LXC Image，直接抓下來開就行了，請參考以下說明，或是你也可以參考 Jason（Proxmox VE 專家，江湖人稱"節神"）的系列文章： **Proxmox VE 官方網站**：https://pve.proxmox.com/wiki/Main_Page **節省工具箱部落格**：https://blog.jason.tools/ ## 說明這份筆記是給完全沒接觸過 HAPI FHIR 架設的初學者使用的（當然建議讀者還是要知道怎麼操作 Linux 作業系統），在接下來的教學中，你將學會如何從官方的 GitHub Repository 把 HAPI FHIR 伺服器抓下來，設定好 PostgreSQL 資料庫後，直接把伺服器跑起來。至於打包成 Docker 之類的進階操作，請參考另一份筆記： [FHIR 伺服器建置指南](https://hackmd.io/e7sWPVUzQjSTJ6IYDcwAFQ?both) ## 環境設定與安裝 ### 安裝 EPEL 8 擴展套件庫安裝 EPEL8 擴展套件庫並更新系統，中間會跳出提示，直接 y 到底就好 ```bash= $ dnf install epel-release -y $ dnf update -y ``` ### 安裝 PostgreSQL 14 安裝 PostgreSQL 套件庫，中間會跳出提示，直接 y 到底就好 ```bash= $ dnf install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-8-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm $ dnf update -y ``` 把內建的 PostgreSQL 套件庫停用 ```bash= $ dnf -qy module disable postgresql ``` 安裝 PostgreSQL 14 伺服器（寫這篇文的時候剛好 14 stable 版本 release 出來了，就直接上） ```bash= $ dnf install postgresql14 postgresql14-server -y ``` 安裝好之後確認一下 PostgreSQL 版本對不對 ```bash= $ psql -V ``` ![](https://i.imgur.com/QpzY44Q.png) 開始之前要先初始化 PostgreSQL 14 資料庫 ```bash= $ /usr/pgsql-14/bin/postgresql-14-setup initdb ``` 確認版本沒問題後，就可以啟動並設定開機自動啟用 ```bash= $ systemctl enable postgresql-14 $ systemctl start postgresql-14 ``` 檢查一下 PostgreSQL 是否正常啟動 ```bash= $ systemctl status postgresql-14 ``` ![](https://i.imgur.com/eUJCP6W.png) ### 設定 PostgreSQL 安裝好後，PostgreSQL 預設會幫你建立一個叫 ==postgres== 的使用者，記得先改密碼 ```bash= $ passwd postgres ``` 切換到 postgres 這個使用者 ```bash= $ su - postgres ``` 改資料庫管理員 ==postgres== 的預設密碼 ```bash= $ psql -c "ALTER USER postgres WITH PASSWORD '新密碼';" ``` 顯示 **ALTER ROLE** 代表有改成功 ![](https://i.imgur.com/Lbv8k7B.png) :::warning 注意：這邊密碼設 1234 是只做教學展示用途，**好孩子請不要學**，否則你的資料庫會被打到不要不要的 ˊ_>ˋ ::: ### 新建 FHIR 用的資料庫連線進去資料庫 ```bash= $ psql ``` 進來後你會看到這樣的提示： ![](https://i.imgur.com/A2xVYAP.png) 新建使用者 ```bash= $ create user fhir with encrypted password 'hapifhir'; # 語法長這樣 $ create user 使用者名稱 with encrypted password '密碼'; ``` :::warning 注意：還是要強調，密碼請設定**強密碼**，否則你的資料庫會被打到連你老板都認不出來 ˊ_>ˋ ::: 新建資料庫 ```bash= $ create database hapifhir with owner fhir template template0; # 語法長這樣 $ create database 資料庫名稱 with owner 資料庫擁有者名稱 template template0; ``` 將所有權限給這個使用者 ```bash= $ grant ALL privileges on database hapifhir to fhir; # 語法長這樣 $ grant ALL privileges on database 資料庫名稱 to 使用者名稱; ``` 設定資料庫時區為臺灣時區 ```bash= $ alter database hapifhir set timezone to 'ROC'; # 語法長這樣 $ alter database 資料庫名稱 set timezone to '時區代碼'; ``` 上面全部設定完之後就退出 PostgreSQL 並退出 postgres 帳號 ```bash= postgres=# \q $ exit ``` ![](https://i.imgur.com/1jAdu8P.png) ## 安裝 HAPI FHIR 伺服器我們會直接使用最新版的 HAPI FHIR 伺服器，並設定使用 R4（FHIR 4.0.1）版本。因為這個是用 Java 寫的，所以會需要準備 Java 跟 Maven 環境。另外各版本 HAPI FHIR 支援的 Java 版本都不一樣，記得參考以下網站： https://hapifhir.io/hapi-fhir/docs/getting_started/versions.html :::info 在最新版本的 HAPI FHIR 裡面，官方雖然將最小 Java 版本訂為 Java 8，不過實際上 Java 8 會編譯失敗，因此要改用 Java 11 ::: ### 安裝必要套件安裝必要套件 ```bash= $ dnf install -y vim git make gcc gcc-c++ tmux ``` 安裝 Java 11（你也可以試試看 Java 16）跟 Maven ```bash= $ dnf install java-11-openjdk-devel maven ``` 由於 Maven 3.5.4 預設使用 Java 8，因此要把版本切換回 Java 11 ```bash= $ alternatives --config java $ alternatives --config javac ``` ![](https://i.imgur.com/gbtxHXy.png) 讓 Maven 預設使用 Java 11 ```bash= $ vim /etc/profile ``` 最下面加入這行 ```bash= export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk ``` 讓他生效 ```bash= $ source /etc/profile ``` ### 下載並設定 HAPI FHIR 伺服器從 GitHub 把 Repository 抓下來 ```bash= $ git clone https://github.com/hapifhir/hapi-fhir-jpaserver-starter.git ``` 設定 HAPI FHIR Server 組態 ```bash= $ cd hapi-fhir-jpaserver-starter/ $ vim src/main/resources/application.yaml ``` 把資料庫改為 PostgreSQL 並設定連線資訊 ```yaml= spring: datasource: url: 'jdbc:postgresql://localhost:5432/hapifhir' username: fhir password: hapifhir driverClassName: org.postgresql.Driver jpa: hibernate.dialect: ca.uhn.fhir.jpa.model.dialect.HapiFhirPostgres94Dialect ``` 設定使用 FHIR R4 版本： ```yaml= hapi: fhir: ### This is the FHIR version. Choose between, DSTU2, DSTU3, R4 or R5 fhir_version: R4 server_address: http://<伺服器URL>/fhir # 設定伺服器 URL default_encoding: JSON # 預設使用 JSON default_pretty_print: true # 預設格式化輸出 default_page_size: 20 # 預設搜尋結果分頁數量 graphql_enabled: true # 啟用 GraphQL cors: # 啟用 CORS 設定 allow_Credentials: true allowed_origin: - '*' tester: home: name: Local Tester server_address: 'http://<伺服器URL>/fhir' # 設定伺服器位址 refuse_to_fetch_third_party_urls: false fhir_version: R4 validation: # 設定伺服器端驗證 requests_enabled: true responses_enabled: true ``` ### 編譯並執行進入 tmux 虛擬視窗 ```bash= $ tmux ``` 編譯成 war 可執行檔，編譯候會放在 target/ROOT.war 裡面 ```bash= $ mvn clean package spring-boot:repackage -Pboot ``` 上面這條指令預設以 Single Thread 模式執行，如果你的主機是多核心，也可以加入```-T <thread>```參數，幾核心就打多少數字，像這樣： ```bash= $ mvn clean package spring-boot:repackage -Pboot -T 20 ``` 看到 ```BUILD SUCCESS``` 就代表編譯成功了 ![](https://i.imgur.com/khf1XnB.png) 用 Java 執行 ```bash= $ java -jar target/ROOT.war ``` 只要不跳錯誤，並且看到 ```Completed initialization in ....ms``` 這行就代表啟動成功了 ![](https://i.imgur.com/Cb3JpzX.png) 伺服器預設會開在 8080 Port，請直接打開瀏覽器輸入 ```http://<IP>:8080```即可看到 HAPI FHIR 頁面 ![](https://i.imgur.com/zvlJLbb.png)

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