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Inferência Bayesiana no CIPRES
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## Sumário

[TOC]

## Preparação da matriz particionada

A matriz para rodar no Mrbayes deve ser particionada. Isso porque para Inferência Bayesiana (IB) podemos utilizar modelos evolutivos distintos para cada conjunto de dados. Para executar essa etapa, você precisará que suas **matrizes alinhadas em formato .nex**, além **do modelo evolutivo de cada matriz**.

1. Para criar a matriz particionada abra suas **matrizes alinhadas** em formato **.nex**.

2. Utilize uma delas como modelo para fazer as partições (*não se esqueça de depois salvar as alterações com um nome distinto, para não perder seu arquivo nexus original. Outra opção mais confiável, é criar uma cópia do arquivo*).

3. A matriz particionada para rodar no CIPRES deve ter o seguinte cabeçalho:

#NEXUS

BEGIN data;
	DIMENSIONS NTAX=19 NCHAR=2152;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ? INTERLEAVE=YES;
MATRIX

4. Logo abaixo do cabeçalho cole a sua primeira matriz. Entre colchetes, coloque antes desse conjunto de dados o nome da região correspondente à matriz, o número total de caracteres da matriz e o modelo evolutivo correspondente, como no exemplo abaixo.
**[ITS nchar=745 HKY+G]**

5. A matriz deve ter todos os caracteres do mesmo táxon na mesma linha, sem parágrafos, os *Missing data* devem ser representado por "**N**". Lembre-se que táxon com sequência faltante deve ter N ao longo da sequência toda.

6. Abaixo da primeira matriz, cole a segunda matriz. Entre colchetes, insira o nome da região, o número de caracteres e o modelo evolutivo correspondende, da mesma forma que foi feita anteriormente. Repita até ter inserido todas as matrizes.

7. Ao final da matriz, cole o bloco de comando abaixo. Em **"charset"** inclua o nome da região e após o sinal de igual (=) inclua a posição desse marcador na sua matriz, sendo 1 o início da primeira sequência e após o sinal "-" o fim dessa sequência. A próxima sequência deve iniciar no próximo caracter (segundo charset) e assim sucessivamente. Em **"partition genes"**, após 0 sinal de igual, inclua o número de regiões utilizadas e após o símbolo de dois pontos (:), inclua os nomes das regiões da sua matriz. Por fim, em **"set partition"**, deixe *"=genes"*. Salve o arquivo.

[BAYESIANA]

Begin mrbayes;

set autoclose=yes nowarn=yes;

charset COI=1-652;
charset COII=653-1303;

partition genes=2:COI,COII;
set partition=genes;

[F81=1, HKY=2, GTR=6, G=GAMMA, I=propinv, I+G=INVGAMMA, nada=equal]
Lset applyto=(1) nst=6 rates=invgamma;
Lset applyto=(2) nst=6 rates=invgamma;

prset applyto=(all) ratepr=variable;
unlink revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);

mcmcp ngen=10000000 samplefreq=1000 printfreq=10000 nruns=2 nchains=4 savebrlens=yes filename=cupim_IB.tre;
mcmc;
sump burnin=2500;

sumt burnin=2500;

  END; 

8. Em **"lset** vamos definir os modelos evolutivos a serem utilizados em cada partição. Em **applyto="** insira o número da partição e em **nst=** indique o número correspondente ao modelo evolutivo. Use **"rates="** para mudar a frequência de nucleotídeos (+G, +I, I+G, equal).

Veja abaixo o bloco de comandos comentado.

[!Para indicar o começo do bloco de comandos:]
begin mrbayes;
[!Para fechar a janela depois que acabar a análise]
    set autoclose=yes nowarn=yes;
[!Para configurar o modelo evolutivo _(Lset)_]
	Lset  [modelo evolutivo]
[!Para fechar informar os parâmetro das cadeias markovianas _(mcmcp)_ de número de gerações _(ngen)_, para indicar a amostragem que será feita a partir das árvores _(samplefreq)_, quantas árvores serão mostradas no arquivo de saída _(printfreq)_; o número de cadeias _(nchains)_ e número de corridas _(nruns)_; para salvar o tamanho dos ramos _(savebrlens=yes)_; para salvar a árvore consenso no arquivo que nomear _(filename)_]
    mcmcp ngen=[número de gerações] samplefreq=1000 printfreq=1000 nchains=4 nruns=2 savebrlens=yes filename=psbA_IB.tre;
[! Indica para realizar a análise]
    mcmc;
[!Indica o quanto de análises que deve ser descartada]
    sump burnin=[número de análises descartadas];
[!Indica a quantidade de árvores que devem ser descartadas]
    sumt burnin=[número de árvores descartadas];

  END; 

## Rodar a análise no CIPRES

1. Em "**data**" faça upload do arquivo que foi preparado nos passos acima.

2. Em "**tasks**" crie uma nova tarefa. Insira um nome para a tarefa. Em **input** selecione o arquivo. Em "**tool**" selecione "**MrBayes on XSEDE**".

3. Em input parameters marque a caixa "**My Data Contains a MrBayes Data Block (CHECK THIS OR MrBayes BLOCK ENTRIES WILL BE OVERWRITTEN!!!)**". Altere o valor de **Maximum Hours to Run (click here for help setting this correctly)** para aumentar o tempo limite de análise.


4. Salve os parâmetros e envie a tarefa.


5. Quando a tarefa estiver concluída, clique em "**view output**". A árvore estará com a seguinte extensão "**nomedoarquivo.tre.con.tre**"

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