國網台灣杉一號使用經驗 - mcdlee
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> 請從這裡開始

## 自我介紹
* 高雄榮民總醫院核子醫學科醫師
* 2006 接觸 Linux (Ubuntu)
* 2009 接觸 OpenStreetMap
* 受自由軟體文化浸泡入味的醫療人員

## 還願
* 2019/9/10 Facebook 貼文

## 核子醫學
* 將放射性同位素應用於臨床用途（不同於直接使用放射線進行醫療）
* 簡體檢驗
* 影像診斷
* 治療
* 破壞目標細胞、腫瘤

## 碩士論文
* 蒙地卡羅模擬進行釔-90放射栓塞治療的輻射劑量分布
* 使用亂數來解決很多計算問題的演算法
* 確定演算法是算出機率。蒙地卡羅是在一個虛構的環境直接跑跑看，在這個虛構的環境拼命丟骰子

## Beta ray 的命運
* 減速過程中將能量留到經過處

## Monte Caarlo Simulation 的角色
[GATE(GEANT4 application for tomographic emission)](http://www.opengatecollaboration.org/) 為開源的蒙地卡羅模擬軟體
* 計算物質分佈、輻射劑量

## 暴力
* 需要很快的電腦進行運算

### 本來的作法
* 原價屋買的電腦（~60000NTD）

## Ubuntu 的世界很單純
* 只要系統是 Ubuntu 安裝就不困難
* 教學文章複製貼上，dependency 就裝好了！
* 用 ssh 連結筆電和主機（主機放在家裡的機櫃）
* 用 scp 傳檔案
* 用 tmux 管理 session
* 辦公室開完工作後回家看進度
* server沒關掉session就不會死掉
* 可分割視窗同時開多個終端機（下指令、看產出、同時做很多實驗）
* 運用 command > log.txt 把輸出留下來並監控進度
* 用 tail 命令看log
* 就這樣順利畢業了

## 去年和今年有研究計畫
* 觀察病患的治療效果
* 申請醫院的研究計畫，有錢就要花掉不然會被追殺
* 經費不能買硬體，但廠商不給租借
* 改用台灣杉

## 台灣杉
* 要使用 ssh 登入的話要申請主機帳號
* [國網中心 iService](https://iservice.nchc.org.tw/nchc_service/index.php)
* 論文成果須登錄
* 除密碼外要使用 OTP 驗證
* 要自己灌軟體在家目錄（不像 Ubuntu 的世界很單純，系統是 RedHat）
* 可以使用 scp 和 sftp（要過 OTP）
* 可以使用 tmux 的分割視窗功能但不能延長 session

### 安裝方式
* ROOT→GEANT4→GATE
* CMAKE要什麼就裝什麼
* 主機提供的 CMAKE 版本太舊要用自己編的

### 收費方式
https://iservice.nchc.org.tw/nchc_service/nchc_service_qa.php?target=54

* 使用到計算叢集的計算節點才收費
* 購買額外的儲存空間要收費
* 如果是科技部計畫直接打1折
* 收費非每月結算用預付卡

### 提交 job 的方法
* 把要運算的資料和 script 準備好
* 加上一個執行它的 bash script
* 要寫架構需要的特殊註解指定運行時間上限等細節
* 記得 dos2unix
* chmod u+x foo.sh
* qsub foo.sh

### 運算效能
* 運算時間從 20 小時變 42 小時，可能是 CPU 時脈造成
* 並行、GPU 運算待利用

### 肯定體驗
* 客服親切
* 中文文件且持續更新

## LIVE DEMO

## Q&A