Analyse génomique de la propagation de COVID-19. Rapport de situation 2020-04-24.

--- title: Analyse génomique de la propagation de COVID-19. Rapport de situation 2020-04-24. authors: - Cassia Wagner - Sidney M. Bell - Emma Hodcroft - Nicola Müller - James Hadfield - Misja Ilcisin - Richard Neher - Trevor Bedford authorLinks: - https://bedford.io/team/cassia-wagner/ - https://twitter.com/sidneymbell - https://neherlab.org/emma-hodcroft.html - https://bedford.io/team/nicola-mueller/ - https://bedford.io/team/james-hadfield/ - https://bedford.io/team/misja-ilcisin/ - https://neherlab.org/richard-neher.html - https://bedford.io/team/trevor-bedford/ affiliations: "Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA" translators: - Meriem El Karoui - Etienne Simon-Loriere - Maxime Morin translatorLinks: - https://twitter.com/MEKLab - https://twitter.com/simonlorierelab - https://twitter.com/Maijin212 license: "CC-BY" licenseLink: "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" dataset: "https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?f_region=Africa&d=map,tree" Abstract: "Ce rapport hebdomadaire utilise des données génomiques partagées publiquement pour suivre la propagation de COVID-19. Cette semaine, nous nous concentrons sur l'Afrique. Nous faisons état de nombreuses introductions distinctes en République Démocratique du Congo, au Sénégal, au Ghana, au Nigeria, en Gambie, en Algérie et en Afrique du Sud. Nous trouvons des preuves de transmission locale à Kinshasa, en RDC, à Dakar et à Touba, au Sénégal, et dans le Grand Accra, au Ghana." ---      # [Résumé exécutif](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=map,tree&f_region=Africa) * [Ressources sur COVID-19](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=2). * [A propos de ces informations](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=3). * [La diversité génétique du SRAS-CoV-2 en Afrique](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=4). * [Mises à jour pour la République Démocratique du Congo](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=5). * [Mises à jour pour le Sénégal](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=7). * [Mises à jour pour le Ghana](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=8). * [Mises à jour pour l'Algérie, la Gambie, le Nigeria et l'Afrique du Sud](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=10). * [Mesures que vous pouvez prendre](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=11). * [Crédit scientifique](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-24?n=12).  ```auspiceMainDisplayMarkdown # Résumé exécutif Nous avons analysé 1338 génomes de COVID-19 partagés publiquement. En comparant ces génomes viraux les uns aux autres, nous pouvons caractériser la façon dont COVID-19 se déplace dans le monde et se propage localement. Cette semaine, nous nous concentrons sur l'Afrique et nous montrons : * De nombreuses introductions distinctes du SARS-CoV-2 sur le continent africain, principalement en provenance d'Europe (bien qu'un biais d'échantillonnage puisse contribuer à cette conclusion) * Au moins 7 introductions en République Démocratique du Congo. 7 introductions en RDC ont conduit à la circulation d'au moins deux chaînes de transmission distinctes à Kinshasa. * Sur 8 introductions au Sénégal, au moins 2 ont conduit à des chaînes de transmission locales à Dakar et à Touba * Transmission locale dans le Grand Accra, au Ghana, après 7 introductions dans cette région * Des introductions éparses en Algérie, Gambie, Nigeria et Afrique du Sud. Nous n'avons pas encore assez d'échantillons pour déduire une transmission locale à partir des données de la séquence. ```   # [Ressources sur COVID-19](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree&p=full&legend=closed&f_region=Africa) Nous avons préparé quelques ressources qui faciliteront l'interprétation des données que nous présentons dans ce récit. #### Ressources Nextstrain * [COMMENCEZ ICI: Comment lire les phylogénies](https://nextstrain.org/narratives/trees-background/fr). * [Informations sur les coronavirus](https://nextstrain.org/help/coronavirus/human-CoV). * [Idées Reçues](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-03-13?n=11). #### Ressources externes * [Rapports de situation de l'OMS](https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports). * [Ressources du CDC](https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html). * [Couverture COVID-19 du NYTimes](https://www.nytimes.com/news-event/coronavirus). * [Posez vos questions à un scientifique et FAQ](https://covid19.fas.org/l/en).    # [Une remarque sur l'échantillonnage](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=map&f_region=Africa&p=full) Nous disposons actuellement de séquences provenant d'échantillons provenant de 7 pays. C'est une réalisation incroyable: le séquençage d'un virus à ARN inconnu et de grande taille en pleine pandémie est difficile, et n'est possible que grâce au travail exceptionnel et au partage en temps réel des données par les scientifiques et les médecins du monde entier. Si ces données nous permettent de déduire de nombreuses caractéristiques utiles de l'épidémie et de suivre sa propagation en temps réel, il est important de souligner que nos conclusions sont limitées par les données disponibles. Par exemple, la carte montre très peu de séquences d'Afrique de l'Est. Ce n'est PAS parce que COVID-19 ne circule pas dans ces régions, ou que ces cas ne sont pas aussi cruciaux à comprendre ; c'est plutôt que nous n'avons pas beaucoup de données disponibles sur ces régions. La taille de chaque cercle sur la carte indique la quantité de données actuellement disponibles dans cette zone, plutôt que l'ampleur réelle de l'épidémie.    # [De nombreuses introductions distinctes sont à l’origine de diverses chaînes de transmission locales en Afrique](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree,map&f_region=Africa&p=full&r=country&legend=open) Au moment de la rédaction du présent document, le [CDC Africain](https://africacdc.org/covid-19/) rapporte 26 144 cas confirmés de COVID-19 et 1 247 décès dans l'ensemble de l'Union africaine. Nous disposons des génomes viraux de 83 de ces cas provenant de 7 nations africaines, présentés ici (en couleur) sur fond de séquences contextuelles du monde entier (en gris). Nous félicitons les services de santé publique locaux pour leur réaction rapide et leur partage ouvert des données. Ces échantillons couvrent toute la diversité de l'arbre, ce qui indique qu'il y a eu de nombreuses introductions indépendantes sur le continent africain. Beaucoup de ces introductions semblent venir d'Europe, bien que cela puisse être faussé par le fait que nous avons plus de séquences provenant d'Europe que de la plupart des autres endroits du monde. Nous ne pouvons pas exclure la possibilité de transmissions intermédiaires, non encore échantillonnées, venant d’autres régions du monde. Nous n'avons pas la preuve que toutes ces introductions ont conduit à une transmission communautaire, mais nous voyons des clusters clairs dans certains endroits.    # [Au moins 7 introductions en République Démocratique du Congo](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree,map&f_region=Africa&p=full&r=country&legend=closed&f_country=Democratic%20Republic%20of%20the%20Congo) Il y a [359 cas confirmés de COVID-19 en RDC avec 25 décès](https://africacdc.org/covid-19/). Sur Nextstrain, nous avons 40 séquences de la RDC. Ces séquences sont éparpillées sur l'arbre, avec des preuves d'au moins 7 introductions distinctes. Comme on le voit ici, une introduction ressemble à un changement de couleur entre un échantillon de virus (les extrémités de l'arbre) et ses ancêtres (les nœuds internes ou les points des branches qui y mènent). Ici, on peut voir 7 endroits où les couleurs sont passées du gris à l'orange, ce qui représente une introduction. De ces 7 introductions, nous voyons des preuves d'au moins 2 chaînes de transmission locales.    # [Deux chaînes de transmission locales à Kinshasa, ayant démarré début mars](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree&f_country=Democratic%20Republic%20of%20the%20Congo&f_region=Africa&label=clade:A2a&p=full&legend=closed&m=div) Dans cette vue de divergence zoomée, nous pouvons voir deux groupes représentant une transmission locale probable. Une transmission locale ressemble à un cluster de cas groupés provenant du même endroit, échantillonnés au fil du temps, avec une diversité génétique qui s'accumule (des branches plus longues, représentant plus de mutations). Vers le haut de cette vue, nous voyons un groupe de cas de Kinshasa, tous échantillonnés entre le 9 et le 22 mars. Vers le milieu, nous voyons un autre groupe de cas provenant de Kinshasa, échantillonnés entre le 15 mars et le 6 avril. On peut en conclure qu'au moins deux chaînes de transmission distinctes circulaient à Kinshasa entre début mars et début avril 2020. La RDC a signalé ses premiers cas de COVID-19 [à l'OMS].(https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331763/SITREP_COVID-19_WHOAFRO_20200415-eng.pdf) le 10 mars. Le premier échantillon sur Nextstrain a été collecté le 9 mars, et a été rapporté dans notre [Rapport de situation pour le 27 mars](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-03-27?n=16).    # [Au moins 8 introductions au Sénégal, avec 2 chaînes de transmission locales](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree,map&f_country=Senegal&f_region=Africa&m=div&p=full) Comme en RDC, nous voyons ici des échantillons du Sénégal couvrant toute la diversité génétique de l'arbre. Le placement phylogénétique de ces échantillons indique qu'il y a eu au moins 8 introductions distinctes au Sénégal entre fin février et fin mars. Le Sénégal a signalé ses premiers cas de COVID-19 à l'OMS le 28 février, le jour même où le premier échantillon viral a été collecté pour le séquençage. Comme nous l'avons indiqué dans notre [rapport de situation du 3 avril],(https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-04-03?n=5), au moins deux de ces introductions fin février ou début mars ont conduit à la création de clusters de transmission locale à Dakar et Touba, respectivement. Bien que la séquence la plus récente sur Nextstrain du Sénégal date du 20 mars, il y a [actuellement 215 cas connus et actifs](http://www.sante.gouv.sn/sites/default/files/COMMUNIQUE%2053%20DU%2023%20AVRIL%202020.pdf) de COVID-19 au Sénégal.    # [Au moins 7 introductions au Ghana](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?d=tree,map&f_country=Ghana&f_region=Africa&p=full) Il y a [1 154 cas confirmés de COVID-19 au Ghana avec 9 décès connus].(https://africacdc.org/covid-19/). Sur Nextstrain, il y a 14 séquences provenant du Ghana qui sont réparties dans l'arbre phylogénétique, représentant au moins 7 introductions distinctes. Le premier cas au Ghana a été signalé à l'OMS le 11 mars, et le premier génome viral sur Nextstrain a été recueilli le 24 mars.   # [Transmission locale dans le Grand Accra, au Ghana](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?label=clade:B4&c=division&d=tree,map&f_country=Ghana,Senegal&f_region=Africa&p=full&r=location&legend=closed) Ici, nous voyons un cluster de cas étroitement liés provenant de la région du Grand Accra au Ghana, échantillonnés entre le 25 et le 30 mars. L'ancêtre commun de ces cas date de la mi-février ou du début mars, et a très probablement été importé d'Asie. Il est intéressant de noter qu'il existe un échantillon du Sénégal qui se regroupe étroitement avec ce groupe, ce qui suggère la possibilité d'une transmission entre le Sénégal et le Ghana.    # [Introductions éparses en Algérie, en Gambie, au Nigeria et en Afrique du Sud](https://nextstrain.org/ncov/africa/2020-04-24?c=division&d=tree,map&f_country=Algeria,Gambia,Nigeria,South%20Africa&f_region=Africa&p=full&r=division) Ici, nous voyons des échantillons isolés d'Algérie, de Gambie, du Nigeria et d'Afrique du Sud. Ces échantillons sont dispersés sur tout l'arbre et sont largement isolés les uns des autres. C'est la preuve de nombreuses introductions distinctes, en grande partie en provenance d'Europe, dans de nombreux pays d'Afrique. Sans plus de données, nous ne pouvons pas encore dire laquelle de ces étincelles - si tant est qu'il y en ait eu - a provoqué des épidémies locales. Le [rapport de l'OMS](https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331840/SITREP_COVID-19_WHOAFRO_20200422-eng.pdf) indique des épidémies de plus de 3 400, 2 800 et 500 cas en Afrique du Sud, en Algérie et au Nigeria respectivement.   # [Mesures que vous pouvez prendre](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-27?c=country&d=map&p=full) #### En tant que particulier * Réduisez drastiquement le nombre de personnes avec lesquelles vous êtes en contact chaque jour, surtout si vous faites partie d'un groupe vulnérable (par exemple, les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies préexistantes). * N'oubliez pas que même si vous ne faites pas partie de ces personnes vulnérables, de nombreuses personnes autour de vous le sont ; suivez ces pratiques pour protéger les autres. * Portez un masque (le masque fait maison fonctionne bien) lorsque vous êtes en public. * Lavez-vous les mains "comme si vous veniez de couper un piment et que vous deviez changer une lentille de contact". * Restez à la maison si vous êtes malade ; soyez prêt à vous procurer quelques provisions supplémentaires au cas où vous auriez besoin de vous mettre en quarantaine. * Si vous êtes un employeur, encouragez vos employés à rester chez eux lorsqu'ils sont malades (et soutenez-les financièrement). #### En tant qu'autorité responsable * Rendre les tests gratuits et largement disponibles. * Mettre en place des mesures de distanciation sociale. * Financer et mettre en œuvre de vastes efforts de "contact tracing" (traçage des contacts). * Soutenir financièrement les personnes touchées par les mesures de distanciation sociale.  ```auspiceMainDisplayMarkdown # En résumé #### De nombreuses introductions distinctes du SARS-CoV-2 sur le continent africain, principalement en provenance d'Europe (bien qu'un biais d'échantillonnage puisse contribuer à cette conclusion) #### Au moins 7 introductions en République Démocratique du Congo 7 introductions en RDC ont conduit à la circulation d'au moins deux chaînes de transmission distinctes à Kinshasa. #### Sur 8 introductions au Sénégal, au moins 2 ont conduit à des chaînes de transmission locales à Dakar et à Touba #### Transmission locale dans le Grand Accra, au Ghana, après 7 introductions dans cette région #### Des introductions éparses en Algérie, Gambie, Nigeria et Afrique du Sud. Nous n'avons pas encore assez d'échantillons pour déduire une transmission locale à partir des données de la séquence. ```

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