# Run samtools and IGV with Docker
samtoolsとIGV（batchスクリプト作成まで）をDockerで動かしてみよう！

### Dockerとは
ざっくり言うと、コンテナ型の仮想環境とのこと
※この記事結構わかりやすいかも？？
[Docker入門（第一回）～Dockerとは何か、何が良いのか～](https://knowledge.sakura.ad.jp/13265/)
# 1.Preparation
準備運動です。
適当なディレクトリにbamfile、bedfile、サンプルデータIDリスト（今回の場合：SRR_Acc_List.txt）を保存しておいてください。

SRR_Acc_List.txtの例：

SRR000000
SRR000001

# 2. Install Docker for Mac
[公式サイト](https://docs.docker.com/docker-for-mac/install/#download-docker-for-mac)よりダウンロード
1. 「Download from docker Hub」クリック
2. 「please Login To Download」クリック(DockerHubにログインしていない場合）
3. DockerHubにログイン or アカウント作成
4. 「Get Docker」クリック、”Docker.dmg”ダウンロードしインストール
5. ターミナルで`docker version`と実行、versionがかえってきたらok

↓petadimensionのQiitaにも絶賛投稿中！
[Docker for Mac 勉強メモ〜インストール〜](https://qiita.com/petadimensionlab/items/76bb169723e57bdc0133)

# 3.Docker pull image
image ＝ Dockerコンテナの設計図みたいなもの
↓今回のDockerイメージの中身（Dockerfile）はこれ
　[petadimensionlabのDockerHub](https://hub.docker.com/r/petadimensionlab/docker_igv_batch)にも絶賛up中!!

##ベースのイメージ（alpine=超絶軽いLinux）
FROM alpine:3.10
##作者
MAINTAINER petadimensionlab
##環境変数（バージョンを指定）
ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9
##今回はいろいろダウンロード(alpineのインストールコマンドは apk add）
RUN apk --update add --no-cache build-base zlib-dev bzip2-dev xz-dev ncurses-dev ca-certificates wget; \
wget -q https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
tar xjvf samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
cd /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ && make; \
mv /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/samtools /bin/; \
rm -rf /samtools*; \
apk del build-base zlib-dev ca-certificates wget
##さらにいろいろダウンロード(alpineのインストールコマンドは apk add）
RUN apk --update add --no-cache \
    python3 \
    python3-dev \
    nano \
    curl \
&& pip3 install --upgrade pip 
##pythonスクリプトをコピー
COPY igv_samtools_docker.py /tmp
COPY igv_batch_docker.py /tmp
##作業ディレクトリ
WORKDIR /

これ(Dockerイメージ）をローカルホストにダウンロードします。

$ docker pull petadimensionlab/docker_igv_batch

# 4.Docker run
ダウンロードしたイメージを使ってDockerコンテナを動かしてみましょう！

$ docker run -it --name container_name -v /yourlocal_dir:/tmp --rm  petadimensionlab/docker_igv_batch

- `-v /yourlocal_dir:/tmp`・・・ローカルとDockerコンテナを繋いでくれる魔法のオプション。　
※ちなみに、`/yourlocal_dir`は　1.Preparation　の”適当なディレクトリ”のことです。

# 5.Run python into this Docker
Dockerコンテナで”igv_samtools_docker.py”と”igv_batch_docker.py”をつかってみよう！
”適当なディレクトリ”に実行結果が出力されて完了！！
- ”igv_samtools_docker.py”・・・[スクリプト　-Use samtools-](https://hackmd.io/s2bTIqzgTS-7Mj7-ZFKXKg)のDocker版。
- ”igv_batch_docker.py”・・・[スクリプト　-igv_batchスクリプト-](https://hackmd.io/AJsaY999R1yH3Z5rHhs91A)のDocker版。

# python3 /tmp/igv_samtools_docker.py
おわったら。。。
# python3 tmp/igv_batch_docker.py

- 修正する点（ローカルのディレクトリ）などは、あらかじめ nanoエディタ で修正しましょう。
※nanoしかインストールされておりません。
いやいや、私vim派なの。ってかたは`apk add vim`で、直接インストールしちゃってください。

# 6.Exit docker
Dockerを使い終えたらさようなら。
Dockerコンテナから抜けます。

# exit

# 7.IGV　Image auto save
IGVを起動し、下記スクリプトで作成したbatchファイルを読み込むだけ！！
「tools」→「Run Batch Script...」より、例ファイル「new_testigv.bat」を読み込むと、
”〇〇○_〇〇○-〇〇○.svg”というイメージが勝手に保存されていきます。

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**おまけ**
Dockerコンテナ、一気に削除

$ docker rm $(docker ps -q -a)

Dockerイメージ、一気に削除

$ docker rmi $(docker images -q) -f