Bioinformatics Conferences
===
Общий центр распространения статей по биоинформатике это **PubMed** (некоторые статьи по AR можно найти именно там), вот здесь https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/. Это ресурс, который индексирует журналы и конференции по биологии/медицине. Что-то вроде нашего DBLP. Еще один источник это **bioRxiv**, туда идет всё по life science.

Самое крупное сообщество это **ISCB** [INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY](https://www.iscb.org/). ISCB включает в себя Communities of Special Interest (COSIs), которые и определяют программы конференций ISCB. При ISCB проводятся конференции, наиболее заметная это **ISMB** Intelligent Systems for Molecular Biology. Просидинги ISMB публикуются в журнале Bioinformatics. Есть треки для постеров. Судя по докладам с technology track там показывают тулы, которые _способны решать понятные сообществу задачи_. На туториалах то же самое -- ML+high performance systems для решения задач. Постеры -- 7-минутная презентация инструмента/метода для решения какой-то задачи. При этом у постеров много внутренних треков (более 20): [text mining](https://www.iscb.org/cms_addon/conferences/ismb2020/posters.php?track=Text%20Mining&session=A#search), general comp bio, bioinfo-core и так далее. Bottomline: нужно иметь на руках и понимать какую задачу решает инструмент прежде чем лезть в демо-треки.
Помимо ISMB есть конференции с приставкой **ISCB**, которые различаются по континенту проведения (Азия, Латинская Америка, Африка), по топикам/контенту (**Next Generation Sequencing** и **RECOMB/ISCB Regulatory and Systems Genomics**), или по региону (**Rocky, GLBIO**). Как я понимаю, те "многотысячные" конференции по биоинформатике как раз и являются частью ISCB инициативы.

**RECOMB** [Research in Computational Molecular Biology](https://recomb2022.net/), которая была раньше частью ACM, сейчас аффилирована с ISCB. Просидинги конференции являются частью LNCS, судя по работам основные направления это ML+алгебра матриц+приложения к задачам вычислительной биологии. В 2022 было 200 постеров. Идея с постерами такая же как и у ISMB -- демонстрация того как разработанный инструмент решает понятную сообществу задачу из области биоинформатики.

**PSB** [Pacific Symposium on Biocomputing](https://psb.stanford.edu/) включает в себя только 12-страничные full paper. Есть секция с одностраничными постерами, но они идут без "официальной публикации" (видимо имеется ввиду что не будет индексироваться PubMed'ом). При конференции есть воркшопы, там формат примерно такой же.

**ECBB** [European Conference on Computational Biology](https://eccb2022.org/). Много [категорий](https://eccb2022.org/calls/), по которым можно сабмититься. Есть вот такие [интересные туториалы](https://eccb2022.org/ntb-t06/), посвященные дата менеджменту. Внутри каждой категории есть общие тематические треки (data, genomes, genes, etc.). Самые близкие к нам это data и applications и можно податься на [постер](https://eccb2022.org/call-for-posters/). Есть [воркшопы](https://eccb2022.org/ntb-w06/), которые вроде как можно притянуть к нашей тематике

**ACM BCB** [ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine](https://acm-bcb.org/), основная конференция сообщества ACM SIGBio. Full/short papers, воркшопы(**WABI** Workshop on Algorithms in Bioinformatics -- структуры данных, обходы графов, классификации/кластеризации и вот это всё), постеры. Постеры одностраничные, пока не очень понятно под какую тематику можем подогнать работу (Clinical Databases and Information Systems(?)). [Примеры](https://acm-bcb.org/2021/index.php?page=toc) постеров: [1](https://dl.acm.org/doi/10.1145/3459930.3469490), [2](https://dl.acm.org/doi/10.1145/3459930.3469494), [3](https://dl.acm.org/doi/10.1145/3459930.3469499), [4](https://dl.acm.org/doi/10.1145/3459930.3469501).

**BIBE** [IEEE International Symposium of Bioinformatic and Bioengineering](http://www.bibe2021.kg.ac.rs/), темы примерно такие же что и на остальных конференциях. Интересно, что там отдельно выделяют две большие категории к которым может относиться тема -- BIOINFORMATICS или BIOENGINEERING. Наиболее близкая нам тема: Query Languages, Bio-Ontology and Data Mining.
Но, постеров или туториалов на конференции нет. Только 6-страничные full paper. [Индексируются и ищутся в DBLP](https://dblp.org/db/conf/bibe/index.html).

**BIBM** [IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine](https://ieeebibm.org/BIBM2022/), как и большая часть остальных конференций принимает работы на стыке life science+computer science. При конференции примерно 15-30 воркшопов в разные годы. Постеры принимают, но для них выделена только одна сессия и их порядка 30.

**CHASE** [IEEE/ACM Connected Health: Applications, Systems and Engineering Technologies](https://conferences.computer.org/chase2022/). Кажется, что по обозначенным тематикам для нас они дальше всех.

**IMBC** [International Engineering in Medicine and Biology Conference](https://embc.embs.org/2022/). Как и у CHASE, фокус смещен в сторону от computer science.

---

Все вышеупомянутые конференции это те, что лежат на поверхности, считаются топовыми, читаются и имеют публику.

---

**Discovery Science** более широкого профиля, включает в себя любые методы анализа данных для приложения к естественным наукам: https://ds2022.sciencesconf.org/ Постеров нет, только full/short paper.

Вытащил [отсюда](https://waset.org/bioinformatics-conferences) все конференции, сгруппировал, отсортировал, получился файл. Просмотрел некоторые из них, и кажется что это всё какие-то локальные конференции, многие относительно молодые. Далеко не все индексируются PubMed. Некоторые, как **ICBBB**, идут в ACM Conference Proceedings, но найти в PubMed их не получилось.

Чтобы копать дальше и понимать какие еще есть конференции, помимо уже обозначенных топовых, нужен кто-то знающий эту область.

Вот отсюда еще можно натаскать конференций:
1. http://www.wikicfp.com/cfp/call?conference=bioinformatics
2. http://www.wikicfp.com/cfp/call?conference=computational%20biology

---

Посмотрел какие конференции встречаются в списках публикаций Певзнера, [Коркина](https://www.wpi.edu/people/faculty/dkorkin) и [Келлиса](http://web.mit.edu/manoli/).

Певзнер: RECOMB, ISMB и PSB.
Коркин: ISMB, BIBM, CHASE, EMBC
Келлис: RECOMB. Но в основном у него журналы (Nature, Cell, Genome, Science).

---