# Pitagora Meetup 2021-11

### 丹生
- ミーティングが入ってしまったため16時まで参加
- 雑に hail での joint calling の性能評価
- 同時に複数のファイルに書く都合上、IO (遺伝研スパコンの場合はネットワーク)バウンドになる気がする
- メトリクスの収集はできたのでこれから ES に突っ込んで解析予定
- [schema-salad-d](https://github.com/tom-tan/schema-salad-d) いじり
- CWL v1.0 のワークフロー定義を schema-salad-d で記述・`count-lines1-wf.cwl` の読み込みができるところまで確認
- [Explicit context](https://github.com/tom-tan/schema-salad-d) (`$graph` が使われているもの) も読み込めるようにしたい
- そこまでいかなかった
- top level の [`saladVersion`](https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.2/blob/8615de9b565b44a3eec7ec19686b259a0105117d/Workflow.yml#L1) や [`cwlVersion`](https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.2/blob/8615de9b565b44a3eec7ec19686b259a0105117d/Workflow.yml#L1) はちゃんと[仕様](https://www.commonwl.org/v1.2/SchemaSalad.html#Document_context)に含めておいて欲しい

### 大田

- かつて作った meta16S-seq に 新しいツールを追加する
- [これ](https://github.com/mortonjt/q2-ancombc)
- Qiime2のコンテナをベースにインストールを試みているがBioCでインストールがコケてしまう上にインストールログが長大なので難儀している
- [MiMB](https://www.springer.com/series/7651) という雑誌に投稿する原稿を進める=>ちょっと進んだ

### 那須野

- Rootless Docker での [dind](https://docs.docker.com/engine/security/rootless/#rootless-docker-in-docker) (Docker-in-Docker) の検証
- [8月Meetup](https://hackmd.io/1LZ2ZJ-zTReEZtSkWqjUiQ#%E9%82%A3%E9%A0%88%E9%87%8E) から放置していた…。が必要に迫られて再開。
- 公式イメージの `docker:20.10-dind-rootless` は、 通常の "rootful" で動作する Docker 環境で Rootless Docker を実行することを想定したもので、Rootless Docker の環境では起動できないことがわかった。
- Rootless Docker 用に設定済みのホスト側の uid mapping を dind 側で更に入れ子にする必要がありそう？（混乱）
- 動いた！ "Rootful Docker in Rootless Docker"

## $HOME/bin 配下に Rootless dockerd などの実行ファイルがある前提
$ docker run -it --rm --name rootful-in-rootless --privileged \
    -v $HOME/bin:/usr/local/bin ubuntu:20.04
# apt update && apt install -y kmod iptables ca-certificates
# dockerd --rootless 2>dockerd.log &
# tail dockerd.log
...
time="2021-11-24T09:26:46.620049976Z" level=info msg="API listen on /var/run/docker.sock"
...
# docker run hello-world

Hello from Docker!

- Rootless Podman の検証 (未)
- DinD 以外に PinP, PinD, DinP もありうる
* <https://www.redhat.com/sysadmin/podman-inside-container>

### 池田
- bwa-mem2をM1 mac で動作させようとしたが、うまくコンパイルできず...
- `_mm_malloc`, `__rdtsc`, `_mm_free`　が simdeに無い... sse2neonだったらどうなの？
- `__rdtsc`は `#include <mach/mach_time.h>`して`mach_absolute_time()`に置き換えればよさそう
- `FMI_search.cpp`, `bandedSWA.cpp`, `bwamem.cpp`, `ksw.cpp`, `kswv.cpp`, `main.cpp`