Analyse génomique de la propagation de COVID-19. Rapport de situation du 10-04-2020.

--- title: Analyse génomique de la propagation de COVID-19. Rapport de situation du 10-04-2020. authors: - Sidney M. Bell - Nicola Müller - Cassia Wagner - Emma Hodcroft - James Hadfield - Richard Neher - Trevor Bedford authorLinks: - https://twitter.com/sidneymbell - https://bedford.io/team/nicola-mueller/ - https://bedford.io/team/cassia-wagner/ - https://neherlab.org/emma-hodcroft.html - https://bedford.io/team/james-hadfield/ - https://neherlab.org/richard-neher.html - https://bedford.io/team/trevor-bedford/ affiliations: "Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA" translators: - Maxime Morin - Meriem El Karoui - Etienne Simon-Loriere translatorLinks: - https://twitter.com/Maijin212 - https://twitter.com/MEKLab - https://twitter.com/simonlorierelab date: "9 Avril 2020" dataset: "https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree,map&p=full&legend=closed" abstract: "Ce rapport utilise des données génomiques partagées publiquement pour suivre la propagation de COVID-19. Ces rapports sont mis à jour chaque semaine." ---      # [Résumé exécutif](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=map&p=full&legend=closed) Cette semaine, nous prenons du recul pour retracer l'évolution de l'épidémie, mois par mois. Nous nous concentrons sur les dynamiques de transmission _entre_ les régions du monde. Ici, nous couvrons : * [Ressources sur COVID-19](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=2). * [Une remarque sur l'échantillonnage](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=3). * [Propagation initiale au sein de l'Asie](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=4). * [Premières introductions de l'Asie vers l'Amérique du Nord, l'Europe et l'Océanie](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=5). * [Croissance des épidémies en Amérique du Nord et en Europe](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=8). * [Extension par la suite au-delà des frontières internationales dans une même région](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=9). * [Extension de l'Europe et de l'Amérique du Nord vers les régions du Sud](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=10). * [La boucle est bouclée : réintroductions en Asie](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=11). * [Mesures que vous pouvez prendre](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=12). * [Crédit scientifique](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-04-10?n=13).  ```auspiceMainDisplayMarkdown # À propos Ici, nous avons analysé 3160 génomes du COVID-19 partagés publiquement. En comparant ces génomes viraux entre eux, nous pouvons caractériser comment COVID-19 se déplace dans le monde et évolue au sein des communautés. Nous sommes en train de passer à des analyses davantage axées sur des régions du monde précises. Vous pouvez trouver plus d'informations sur ce changement [ici](https://twitter.com/nextstrain/status/1247851469392564224) et sur la manière de nous aider [ici](https://twitter.com/sidneymbell/status/1247933122064207872) ; merci de votre patience durant cette transition. ```   # [Ressources sur COVID-19](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree&p=full&legend=closed) Nous avons préparé quelques ressources qui faciliteront l'interprétation des données que nous présentons dans ce récit. #### Ressources Nextstrain * [COMMENCEZ ICI: Comment lire les phylogénies](https://nextstrain.org/narratives/trees-background/fr). * [Informations sur les coronavirus](https://nextstrain.org/help/coronavirus/human-CoV). * [Idées Reçues](https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-03-13?n=11). #### Ressources externes * [Rapports de situation de l'OMS](https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports). * [Ressources du CDC](https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html). * [Couverture COVID-19 du NYTimes](https://www.nytimes.com/news-event/coronavirus). * [Posez vos questions à un scientifique et FAQ](https://covid19.fas.org/l/en).    # [Une remarque sur l'échantillonnage](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-10?c=country&r=country&d=map&p=grid&legend=closed) Nous disposons actuellement de séquences provenant d'échantillons prélevés dans 57 pays sur 6 continents. C'est une réalisation incroyable: le séquençage d'un virus à ARN inconnu et de grande taille en pleine pandémie est difficile, et n'est possible que grâce au travail exceptionnel et au partage en temps réel des données par les scientifiques et les médecins du monde entier. Si ces données nous permettent de déduire de nombreuses caractéristiques utiles de l'épidémie et de suivre sa propagation en temps réel, il est important de souligner que nos conclusions sont limitées par les données disponibles. Par exemple, la carte ne montre que très peu de séquences provenant des pays du Sud. Ce n'est PAS parce que COVID-19 ne circule pas dans ces régions, ou que ces cas ne sont pas aussi cruciaux à comprendre ; c'est plutôt que nous n'avons pas beaucoup de données disponibles sur ces régions. La taille de chaque cercle sur la carte indique la quantité de données actuellement disponibles dans cette zone, plutôt que l'ampleur réelle de l'épidémie.    # [Propagation initiale au sein de l'Asie](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree,map&dmax=2020-01-15&p=full) Ici, nous mettons en évidence des échantillons de la mi-décembre 2019 à la mi-janvier 2020, au cours du premier mois de l'épidémie. Les pointes de l'arbre représentent des échantillons provenant d'individus infectés. Chaque nœud interne, ou point de branchement représente un cas non échantillonné, qui était l'ancêtre de tous les autres cas dans le clade descendant. Les pointes sont colorées en fonction de l'endroit où elles ont été prélevées ; les nœuds (points de branchement) sont colorés en fonction de l'emplacement inféré (le plus probable) du cas ancestral. Comparer le lieu où une séquence a été isolée géographiquement à celui où ses ancêtres circulaient peut nous aider à comprendre non seulement où les infections se produisent, mais aussi où elles peuvent avoir été acquises. L'ancêtre commun des virus en circulation semble être apparu à Wuhan, en Chine, fin novembre ou début décembre 2019. En conséquence, la majorité des cas ancestraux échantillonnés et déduits ont été localisés en Asie au cours de cette première période. Cela est cohérent avec la circulation en grande partie en Chine et certains cas exportés vers d'autres pays d'Asie pendant le premier mois de l'épidémie.    # [Premières introductions de l'Asie vers l'Amérique du Nord, l'Europe et l'Océanie](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?dmax=2020-02-15&dmin=2020-01-15&p=full&d=map,tree) Au cours du deuxième mois de l'épidémie, de la mi-janvier à la mi-février 2020, nous commençons à observer des cas individuels en Amérique du Nord, en Europe et en Océanie. Ces premiers cas se regroupent encore avec des échantillons provenant d'Asie, et ne présentent généralement pas les caractéristiques d'une transmission locale. Cela correspond à de "premières étincelles" jetées par la principale épidémie en Asie vers d'autres parties du monde. Bien que la plupart de ces étincelles n'aient pas entraîné d'épidémies localisées, au moins trois de ces introductions ont pris leur envol. Celles-ci ont conduit aux grandes épidémies européennes et nord-américaines, ainsi qu'à une propagation plus limitée en Océanie.    # [Première transmission énigmatique en Europe](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree,map&dmax=2020-02-14&label=clade:A2&p=full) En zoomant sur la partie haute de l'arbre pendant la même période, on voit qu'un virus européen ancestral (nœud interne) a ensemencé la grande épidémie européenne. Cela signifie donc que même si nous n'avions pas encore séquencé d'échantillons de ce clade, les origines de l'épidémie européenne circulaient déjà sans être détectées à la fin janvier ou au début février.    # [Première transmission énigmatique en Amérique du Nord](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree,map&dmax=2020-02-14&label=clade:B1&p=full) De la même façon, en zoomant sur le bas de l'arbre, on observe un virus nord-américain ancestral (nœud interne) qui a déclenché ce qui allait devenir plus tard une grande épidémie en Amérique du Nord. Cela signifie donc que même si nous n'avions eu qu'un seul cas séquencé de ce cluster à l'époque, le virus circulait déjà sans être détecté en Amérique du Nord fin janvier ou début février.    # [Croissance des épidémies en Amérique du Nord et en Europe](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?dmax=2020-03-15&dmin=2020-02-15&p=full&d=tree,map) Au cours du troisième mois de l'épidémie, de la mi-février à la mi-mars 2020, ces deux clusters se sont développés pour provoquer des épidémies importantes en Europe et en Amérique du Nord, respectivement.    # [Extension par la suite au-delà des frontières internationales dans une même région](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?dmax=2020-03-15&dmin=2020-02-15&f_region=North%20America&p=full&r=division&d=tree,map&c=division) Dans chacune de ces régions, nous constatons un mélange généralisé au-delà des frontières nationales et internationales. Cela est démontré ici par le mélange d'échantillons provenant de plusieurs États américains et provinces canadiennes. Nous avons [précédemment] signalé(https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-03-27?f_region=Europe&n=5) un exemple similaire de mélange fréquent de lignages viraux entre les pays européens.    # [Extension de l'Europe et de l'Amérique du Nord vers les régions du Sud](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?dmax=2020-03-15&dmin=2020-02-15&f_region=Africa,South%20America,Oceania&p=full&d=tree,map) Les clusters nord-américains et européens ne sont pas limités à leurs régions respectives. Au cours de cette période, nous voyons également des cas d'Amérique du Sud, d'Océanie et d'Afrique sur fond de clades essentiellement européens et nord-américains. Cela indique qu'il y a eu de fréquentes introductions intercontinentales au cours de cette période. Il est intéressant de noter que les échantillons provenant du Sud couvrent toute la largeur de l'arbre, ce qui indique que les foyers de ces régions sont des mélanges de nombreux lignages viraux.   # [La boucle est bouclée : réintroductions en Asie](https://nextstrain.org/ncov/global/2020-04-09?d=tree,map&dmin=2020-03-14&f_region=Asia&p=full&r=division) Au cours du mois dernier, la boucle de la pandémie a été bouclée. Ici, nous observons des réintroductions en provenance d'Europe et d'Amérique du Nord vers l'Asie. Cela démontre de façon éclatante que cette pandémie est un combat mondial ; nous devons tous contribuer à contrôler ce virus partout si nous espérons le vaincre quelque part.   # [En résumé](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-27?c=country&d=map&p=full) Les épidémies régionales et nationales sont et seront profondément imbriquées. Cette pandémie est un combat mondial ; nous devons tous aider à contrôler ce virus partout si nous espérons le vaincre quelque part.  ```auspiceMainDisplayMarkdown # Mesures que vous pouvez prendre #### En tant que particulier * Réduisez drastiquement le nombre de personnes avec lesquelles vous êtes en contact chaque jour, surtout si vous faites partie d'un groupe vulnérable (par exemple, les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies préexistantes). * N'oubliez pas que même si vous ne faites pas partie de ces personnes vulnérables, de nombreuses personnes autour de vous le sont ; suivez ces pratiques pour protéger les autres. * Lavez-vous les mains "comme si vous veniez de couper un piment et que vous deviez changer une lentille de contact". * Restez à la maison si vous êtes malade ; soyez prêt à vous procurer quelques provisions supplémentaires au cas où vous auriez besoin de vous mettre en quarantaine. * Si vous êtes un employeur, encouragez vos employés à rester chez eux lorsqu'ils sont malades (et soutenez-les financièrement). #### En tant qu'autorité responsable * Rendre les tests gratuits et largement disponibles. * Mettre en place des mesures de distanciation sociale. * Financer et mettre en œuvre de vastes efforts de "contact tracing" (traçage des contacts). * Soutenir financièrement les personnes touchées par les mesures de distanciation sociale. ```

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