IGV

Integrative Genomics Viewer の略

公式サイト

http://software.broadinstitute.org/software/igv/

お役立ち・参考サイト

bioinformatics ゲノムブラウザー IGV

IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう

統合TV Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜

統合TV Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜

macでインフォマティクス IGVをコマンドラインから起動する

インストール方法

上記サイトを参照

または、condaにてinstall
conda install -c bioconda igvtools
conda install -c bioconda igv
※コマンドラインより使用する場合はcondaのほうが良いかも？
　（余談：筆者は公式サイトのやつ・condaの両方install済み）

HowTo　マッピングデータを可視化〜GUI操作版〜

0.準備体操

・igv install
(公式ダウンロードサイトより：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download)

・igv　起動
zipファイルをインストール・展開し、フォルダに移動して
./igv.sh &
をターミナルで実行しIGV起動。

・samtools install
conda install -c bioconda samtools

・お好みのデータでRNAseq解析をやっておく。
→今回の場合、bamファイル（マッピングデータ）を使用します。

1.bamファイルを染色体順にソート

例えば
samtools sort -@ threads -o output.sort.bam input.bam
こんな感じ
samtools sort -@ 6 -o SRR000.Aligned.out.sort.bam SRR000.Aligned.out.bam

2.sort.bamにindexをつける

例えば
samtools index output.sort.bam
こんな感じ
samtools index SRR000.Aligned.out.sort.bam

※indexでは-@ threads の設定はできません。

3.IGVでゲノムファイルを読み込む

ローカルにgenomeファイル持ってるよ、って場合はこちら。（←だいたいこっちだと思います）
「Genomes」→「Load Genome from File…」より選択して読み込む。
※サーバーにない場合はUCSCやNCBIなどから探し出してgenomeをローカルにダウンロードしておきましょう。

サーバーからgenomeファイルをダウンロードして読み込む場合。（←マニアックなgenomeはないよ）
「Genomes」→「Load Genome From Server …」より検索してダウンロード。

4.アノテーションファイル読み込み

「File」→「Load from File…」

※３とほぼ同じなので画像省略

5.bamファイル読み込み

「File」→「Load from File…」
1.bamファイルを染色体順にソート　で出たファイルを読み込むよ！
これで、ほぼ完成です！

※画像省略・・・公開していいのか不明なデータしか手元にないので、イメージは参考URLをご参照ください。。。

6.確認したい領域を指定

画像のように、確認したい領域を入力すると、確認したい領域に移動してくれます。

右上の「＋」で拡大、「ー」で縮小。

7.画像保存

いい感じに表示できたら画像を保存しましょう！
「File」→「Save image…」　で名前をつけて保存です。

8.セッションの保存

セーブ機能もあるよ。
「File」→「Save Session…」でセーブ。
再開するときは、
「File」→「Open Session…」で開く。

9.IGV終了

左上の「×」をクリックで終了。

10.そのた便利かも機能

・指定領域を表示
あらかじめ指定したい領域に移動する。（6.確認したい領域を指定　参照）
「Regions」→「Region Navigator…」
→「Add」→表示された領域をクリック→「view」→赤色で表示される。

縮小したらこんな感じ。

表示（赤色）を消す場合は「Remove」

・bamファイルが大きいとき・・・（表示されません！！）
必要なリードのみを抜き出す。
samtools view -hb SRR000.Aligned.out.bam chr１:100000000-100200000 > new_SRR000.Aligned.out.bam

・bamファイルをmergeしてみる。
※同一臓器毎にmergeする等。
samtools merge merged.bam 1.bam 2.bam

・そもそもsamファイルしかないとき。

samtools view -Sb SRR000.sam > SRR000.bam

参考URL：macでインフォマティクス　bamファイルの分離とマージ

基本編おわり

CUI（python）で動かす方法は別途