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| Dossier de qualification
| Sacha SCHUTZ
| AHU Biologie Cellulaire - Brest
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| qualification section 44-03 du CNU
| Biologie cellulaire
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# Notice individuelle

## État civil

- **Nom** : SCHUTZ
- **Prénom** : Sacha
- **Date de naissance** : 18 mai 1984
- **Fonction**: Assistant Hospitalo-Universitaire
- **Laboratoire**: Génétique Médicale et Biologie de la Reproduction
- **adresse**: 22 Avenue Camille Desmoulins, 29238 Brest
- **e-mail**: [e-mail]

## Cursus universitaire

- **2017** : Doctorat en médecine, thèse intitulée "Impact du microbiote pulmonaire dans la mucosviscidose" soutenue à l' Université de Bretagne Occidentale à Brest
- **2017** : DES de Biologie Médicale, spécialité Génétique Moléculaire, Université de Bretagne Occidentale Brest
- **2016** : Master 2 en Bioinformatique, Université de Rennes 1
- **2015** : Master 1 en Bioinformatique, Université de Rennes 1
- **2013 - 2017** : Internat de Médecine au Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest

## Activité professionnelle

- **Depuis novembre 2019** : Assistant Hospitalo-Universitaire(AHU) en Biologie Cellulaire au Centre Hospitalier Régional et Universitaire (CHRU) de Brest dans le laboratoire de Génétique Médicale et Biologie de la Reproduction.
- Je participe aux activités de validation des examens de génétique.
- J'effectue un travail de recherche en vue de soutenir une thèse de Doctorat de Sciences en bioinformatique appliquée à la pharmacogénétique. J'effectue ce travail sous la direction d'Emmanuelle Genin et Tristan Montier du laboratoire INSERM UMR1078.
- **De novembre 2017 à novembre 2019** : Assistant Hospitalo-Universitaire au Centre Hospitalier Universitaire de Rennes dans le service de Génétique Moléculaire;mon activité principale consistait à valider des examens de génétique constitutionnelle et de génétique somatique.

# Activités hospitalières
Lors de mes 2 années en poste au CHU de Rennes, j’ai participé aux divers travaux du servive de Génétique Moléculaire :

- **Génétique constitutionnelle** : Exploration par séquençage haut débit des prédispositions héréditaires aux cancers digestifs et des surcharges en fer. Validation des analyses concernant la mucoviscidose et le syndrome de l'X fragile.
- **Génétique somatique** : Validation des examens à valeurs théranostiques, principalement pour les cancers bronchiques non à petites cellules, le mélanome et le cancer colorectal.

J'ai développé une nouvelle méthode de génotypage pour l'identiovigilence et la pharmacogénétique. Ce travail a été publié récemment [@Bouvet2020].

Actuellement, au CHRU de Brest, je participe au sein du laboratoire de Génétique Médicale et Biologie de la Reproduction à la validation en routine de la mucoviscidose et de la pharmacogénétique.

Je suis en charge du développement de l'infrastructure bioinformatique du laboratoire avec la mise en place d'algorithmes et de pipelines nécessaires à la validation biologique.

# Activités d'enseignements
Score SIGAPSO :

- **Au niveau national**, je contribue aux enseignements suivants :
- Enseignements de bioinformatique dans le cadre de la formation continue des internes de génétique médicale.
- Participation à la construction du MOOC *Bionformatique pour la Génétique Médicale*.
- **À Brest**, je suis chargé des enseignements de bioinformatique en Master 2 *Génétique, Génomique et Biotechnologies*.
- **À Rennes**, j'ai contribué aux enseignements suivants :
- Enseignements dirigés de biochimie et biologie moléculaire en PACES et en DFGSM3.
- Formation pratique des DSGSM2 aux prélèvements sanguins.
- Enseignement bioinformatique et génomique en Master 2
- Membre du jury pour les examens oraux du Master 2.
- Chargé d'une unité optionnelle de bioinformatique destinée aux DFGSM 3.

# Activités Recherches
- J'ai mis en place un outil bioinformatique (*IonWiseCondor*) permettant de réaliser le diagnostic prénatal non invasif de la trisomie 21. Cet outil a été utilisé et amélioré par la suite dans différents hôpitaux, dont celui de Brest. **Stage Master 1**.
- J'ai réalisé une analyse des données somatiques suivant une approche Darwienne. J'ai développé une expertise technique dans la création de pipelines bioinformatiques avec l'outil *snakemake*. **Stage Master 2** effectué à l'Institut Gustave Roussy à Villejuif.
- Description du microbiote pulmonaire à partir des données de séquençage haut débit à l'aide de méthodes bioinformatiques. Ce travail a fait l'objet d'une présentation orale à la 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse (RICAI), Paris, décembre 2017. Un outil bioinformatique a été publié en ligne et mis à disposition en accès libre sur la plateforme *GitHub*. **Thèse de Médecine**.
- Analyse des données de séquençage de 3ème génération avec l'équipe de microbiologie (UMR INSERM 1230). Travail publié récemment [@Guerin2020]. **AHU Rennes**.
- Collaboration avec l'équipe de recherche (UMR 6290 CNRS) où j'ai développé une expérience en machine learning et en intelligence artificielle. **AHU Rennes**.
- Description de la variabilité pharmacogénétique dans la population française à l'aide d'approches bioinformatiques à partir des données provenant des 2 cohortes FREX et FranceGenRef. **Première année de thèse**, AHU Brest.
- Développement d'un outil OpenSource (*cutevariant*), publié sur la plateforme GitHub, destiné à l’interprétation des données de séquençage haut débit. L'outil est utilisé actuellement par la plateforme Auragen.

## Publication

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## Poster

cutevariant: A variant Viewer for exome sequencing, S.Schutz, P.Vignet.
*JOBIM2019 Nantes*

A Porphyromonas-Pseudomonas aeruginosa ‘pas de deux’ in the airway microbiota of cystic fibrosis patients, C.A Guilloux, S.Schutz, S.Mondot, G.Héry-arnaud. *NACFC2018 Denver*

Labsquare : A community for opensource genomics software, S.Schutz, P. Marjion.
*JOBIM2017 Lille*

Switching of airway microbiota in patients with cystic fibrosis : should Pseudomo-
nas aeruginosa plead guilty ?, S.Schutz, M.S.Fangous, R.L.Berre, S.Gouriou, C.Férec,G.Héry-Arnaud.
*SFM2017 Paris*

Poster Comparison of two academic software (RAPIDR and WISECONDOR) for aneuploidies
detection using semiconductor sequencing data in a NIPT process, J.Nectoux, S.Schutz,
N.Chatron, S Brun, P.Gueguen, L.El Khattabi et al, ESHG.
*ESHG2015 Glasgow*

## Présentation et séminaire

L'infection broncho-pulmonaire à *Pseudomonas aeruginosa* revisitée sous l'angle du microbiote respiratoire - *RICAI2016*

Réaliser une interface graphique moderne en Qt avec Python - *PyCon2016*

Une approche darwinienne dans l'analyse des données NGS en génétique somatique
- *Séminaire du Croisic 2016*

## Developpement de logiciels
**[cutepeaks](https://labsquare.github.io/CutePeaks/)** - https://labsquare.github.io/CutePeaks
Logiciel d'analyse des données de séquençage Sanger

**[cutevariant](https://github.com/labsquare/cutevariant)** -
https://github.com/labsquare/cutevariant
Logiciel d’interprétation des variations génétiques obtenues par NGS

**[Fastqt](https://github.com/labsquare/FastQt)** -
https://github.com/labsquare/FastQt
Logiciel d'interprétation des données de séquençage haut-débit.

## Projets communautaires et vulgarisation scientifique

**[dridk.me](http://dridk.me)** - http://dridk.me
Création d'un blog de génétique et de bioinformatique

**[Logiciel libre](https://fr.wikipedia.org/wiki/Logiciel_libre)**
Contribution à différents projets open-source (KDE, PySide2)

## Perspectives
À l'instar de la biologie cellulaire, la bioinformatique se trouve à un carrefour pluridisciplinaire dont l'importance ne fait que s'amplifier avec le développement des nouvelles technologies (séquençage de nouvelle génération). Mon profil à l'interface de ces deux disciplines me permet d'apporter une contribution originale.
Dans les deux ans à venir et dans le cadre de mon travail de thèse, je développerai une méthode pour analyser de façon exhaustive, les profils de pharmacogénomique à partir des données de séquençage haut débit. Je poursuivrai le dévelppement de mes outils bioinformatiques et les mettrai à disposition de la communauté scientifique.
A plus long terme, mon ambition est de créer une symbiose durable entre bioinformatique et biologie par l'apport de solutions innovantes adaptées aussi bien à la recherche qu'aux besoins hospitaliers.