---
Inferência Bayesiana no MrBayes
===
## Sumário
[TOC]

## Preparação da matriz particionada

A matriz para rodar no Mrbayes deve ser particionada. Isso porque para Inferência Bayesiana (IB) podemos utilizar modelos evolutivos distintos para cada conjunto de dados. Para executar essa etapa, você precisará que suas **matrizes alinhadas em formato .nex**, além **do modelo evolutivo de cada matriz**.

1. Para criar a matriz particionada abra suas **matrizes alinhadas** em formato **.nex**.

2. Utilize uma delas como modelo para fazer as partições (*não se esqueça de depois salvar as alterações com um nome distinto, para não perder seu arquivo nexus original. Outra opção mais confiável, é criar uma cópia do arquivo*).

3. A matriz particionada para rodar no MrBayes deve ter o seguinte cabeçalho:

#NEXUS

BEGIN data;
	DIMENSIONS NTAX=XX NCHAR=YY;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ? INTERLEAVE=YES;
MATRIX

Onde NTAX= será o número total de táxons da sua matriz e NCHAR= terá o número total de caractereres da sua matriz.

4. Logo abaixo do cabeçalho cole a sua primeira matriz. Entre colchetes, coloque antes desse conjunto de dados o nome da região correspondente à matriz, o número total de caracteres da matriz e o modelo evolutivo correspondente, como no exemplo abaixo.
**[ITS nchar=745 HKY+G]**

5. A matriz deve ter todos os caracteres do mesmo táxon na mesma linha, sem parágrafos, os *Missing data* devem ser representado por "**N**". Lembre-se que táxon com sequência faltante deve ter N ao longo da sequência toda.

6. Abaixo da primeira matriz, cole a segunda matriz. Entre colchetes, insira o nome da região, o número de caracteres e o modelo evolutivo correspondende, da mesma forma que foi feita anteriormente. Repita até ter inserido todas as matrizes.

7. Ao final da matriz, cole o bloco de comando abaixo. Em **"charset"** inclua o nome da região e após o sinal de igual (=) inclua a posição desse marcador na sua matriz, sendo 1 o início da primeira sequência e após o sinal "-" o fim dessa sequência. A próxima sequência deve iniciar no próximo caracter (segundo charset) e assim sucessivamente. Em **"partition genes"**, após 0 sinal de igual, inclua o número de regiões utilizadas e após o símbolo de dois pontos (:), inclua os nomes das regiões da sua matriz. Por fim, em **"set partition"**, deixe *"=genes"*.

end;
[BAYESIANA]
Begin mrbayes;

charset NOMEDAREGIAO1=1-745;
charset NOMEDAREGIAO2=746-1230;
charset NOMEDAREGIAO3=1231-2152;

partition genes=3:OMEDAREGIAO1,OMEDAREGIAO2,OMEDAREGIAO3;
set partition=genes;

8. Agora, em **"lset** vamos definir os modelos evolutivos a serem utilizados em cada partição. Em **applyto="** insira o número da partição e em **nst=** indique o número correspondente ao modelo evolutivo. Use **"rates="** para mudar a frequência de nucleotídeos (+G, +I, I+G, equal)

[F81=1, HKY=2, GTR=6, G=GAMMA, I=propinv, I+G=INVGAMMA, nada=equal]
Lset applyto=(1) nst=2 rates=gamma;
Lset applyto=(2,3) nst=1 rates=gamma;

prset applyto=(all) ratepr=variable;
unlink revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);
mcmc ngen=1000000 samplefreq=200;
end;

8. Salve o arquivo.

## Rodar IB no MrBayes

1. Abra o **Mrbayes.exe**


2. **Arraste o arquivo desejado para o MrBayes** para que ele exiba o caminho do arquivo, se preferir, digite manualmente.


3. Clique no botão **"home"** no teclado (isso fará o cursor ir para o início da linha de comando). Escreva o comando **"execute "** (com espaço) antes do diretório. Clique em **"Enter"** no teclado.


5. A seguinte janela aparecerá, o que indica que a análise começou.


6. Quando a análise terminar, aparecerá a janela abaixo com informação sobre o valor do desvio padrão e com uma pergunta se desejamos continuar a análise. O valor do **desvio padrão deve estar abaixo de 0.01**. Se estiver abaixo, digite "n". Caso o valor esteja superior, digite "yes" para que a análise continue e informe um valor adiconal de gerações.


7. Para cortar 20% do início da cadeia MCMC digite o comando: **sump burnin=200000** (sempre confira o número de gerações correspondente a 20%)


8. Digite o comando **sumt** para sumarizar os resultados.


9. O resultado estará na mesma pasta que seu arquivo input. Procure pelo arquivo **.tre** para abrir a árvore em um editor de árvores como FigTree (Veja o tutorial para o FigTree [aqui](https://hackmd.io/@7zDJK5KOTI2_fVCgeYVW9A/SyjqvG_eH/edit)).

Para ajuda, consulte o manual do [MrBayes](http://nbisweden.github.io/MrBayes/manual.html).

###### tags: `Sistemática Filogenética` `PPG Evolução e Diversidade`