Genómica Comparativa
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Tabla de Contenido
Pasos antes de comenzar
Si es tu primera vez, vamos a comenzar desde aquí.
- Tener un emulador de terminal
Usuarios Windows:
- Windows power shell Instalación aquí
- MobaXterm Instalación aquí
Usuarios IOS/Mac
- Terminal, viene instalada nativa
- iterm2 Instalación aquí
- Tener un editor de texto plano (No es necesario pero recomendable)
Opciones:
- Tener una cuenta en el servidor.
No te preocupes, la primera clase te asignaremos la cuenta
- Necesitaremos un software para compartir archivos de mi computadora al servidor
- Estamos listos ¡Comencemos!
- Conexión al servidor Bioinformatica2
Práctica: PYANI
1. Preparación de espacio de trabajo
2. Obtencion de referencias
3. Modificación de archivos labels/clases.txt
4. Correr pyani
5. Examinar los archivos de salida
5. Copiar archivos de salida a su computadora
Práctica: MAUVE. Reordenamiento de contigs
1. Preparar espacio de trabajo
2. Obtener archivos a mi computadora personal
3. Correr Mauve
4. Explorar salida de mauve
Práctica: MAUVE. Alineamiento de genomas
1. Conectarse al servidor
2. Preparar espacio de trabajo
4. Crear una lista ordenada
5. Modificar archivo labels.txt
6. Copiar archivos localmente
8. Generar el alineamiento
9. Explorar la salidas
Práctica: DNA Plotter / Artemis
1. Preparar espacio de trabajo
2.Copiar gff al directorio artemis
3.Copiar Genoma reordenado
4. Modificar gff
5. De manera local.
6. Abrir aplicación: artemis
Práctica: proteinOrtho
1. Crear directorio de trabajo dentro del directorio de "genomica_comparativa"
2.Obtencion de referencias
3. Correr ProteinOrtho
4. Explorar salida de ProteinOrtho
5. Generar cuentas de pangenoma
5. Copiar archivos de manera local
Práctica: BRIG
1. Preparar espacio de trabajo
2.Crear liga simbolica de genoma reordenado en la carpeta de 'mauve'
3. Buscar que genomas son multifasta en la carpeta de 'mauve'
4. Concatenar multifastas con concatenate_multifasta.sh
5. Generar ligas simbolicas de genomas completos
6. Generar tabla de contigs
7. Copiar archivos de manera local
8. Aplicación BRIG