# Bioinformatique médicale

## INFORMATIQUE
### Informatique théorique
- Comment representer l'information ?
- Théorie de l'information
- Bit / octet / ADN / Entropie de Shannon
- L'ADN une sequence numérique
- Comment tranformer l'information ?
- Machine de Turing
- Algorithme, Complexité algorithmique, calculabilité
- Comment fonctionne un ordinateur ?
- Architecture X86
- Mémoire, CPU, disque dur ...
- Comment construire un programme ?
- langage de programmation
- Intérpreter
- Python, R ...
- Compiler
- ASM, C, C++, Rust

### Informatique pratique
- Gnu/Linux
- Histoire
- Système d'exploitation
- Distribution
- Le Shell
- Généralité
- Système de fichier
- Arboresence Linux
- Manipulation des fichiers
- Droit d'accès
- Flux de données
- Lire un fichier (cat)
- Filtrer des données (grep, regexp)
- Modifier des données (sed / awk)
- Flux de redirection
- Gestionnaire de workflow
- Réseau
- Couche OSI/Protocole réseau
- TCP/IP
- HTTP, SSH, FTP
- Sécurité informatique
- Transfert de ficher
- Base de données
- Relationnelle
- Mysql : Langage SQL
- Non relationnelle
- NoSql : MongoDB
- Gestionnaire de version (git)
- Documentation
- Lire la documentation
- License Libre ( GPL)

## STATISTIQUE
### Généralités
- Théorie des probabilités
- Variable aléatoire et distribution
- Loi continue
- Loi discrête
- Loi des grands nombres : Théorème central limite
### Statistique descriptive
- Estimateur ponctuel et d'interval
- Moyenne, means, quantile, variance, kurtosis
- Representation des données
### Statistique analytique
- Frequentisme
- Test d'hypothèses
- statitstique d'un test
- p-value ( p-hacking)
- Principaux test
- Inférence bayesienne
- Vraisemblance et crédence
- Bayes Factor
- Dire que c'est bcp mieux que le frequentisme :D
## MACHINE LEARNING
- Base en mathématique
- Algèbre linéaire ( vecteur, matrix, linéarité)
- Calcul infinitésimaux
- Fonction objectif et minimisation
- Apprentissage supervisé
- Régression
- Classification
- Apprentissage non suppervisé
- Réduction de dimension
- Clustering
- Mixture Gaussian et logique flou

## ANALYSE DU SIGNAL
- Généralité
- Transformation de Fourrier / Wavelet
- Analyse 1D
- ECG , EEG
- Analyse 2D
- Images

## GENOMIQUE

### Algorithmie des séquences

- Algorithmie des séquences
- Alignement local & global
- BWA
- phylogénie

### Bioanalyse
- Technologie en biologie moléculaire
- Méthode de génotypage
- PCR, Puce, GWAS
- Méthode de séquençage
- Sanger, NGS
- Analyse des données NGS
- Généralité : plusieurs stratégie
- En diagnostic
- Fastq
- Alignement SAM/BAM/CRAM
- Calling VCF
- Intérpretation des données variants
- outil de prédiction
- Banque de données
- Application : Hémato, Anapath...
- Autre stratégie
- Transcriptomique
- Protéomique
- Epigénomique
- Hi-C
- Métagénomique
- Single Cell

- genetique des population
- Hardy & Weidenberg
- Inférence haplotypique
- Epidémiogénétique
- Evolution des génomes

## A CLASSER

# Application en médecine

ECG, EEG => Analyse du signal (https://cardiologs.com/? Kévin U)
Convolution => detection de motif dans une une image

#Python

- format de fichier en medecine
- fasta, dicom ...
- a ( ncbi )

Pharmacologie :
- PHarmacocinétique

Cardiologie:
ECG

Radiologie :
signal, IA