# 110-2 生態資訊學

嘉義大學生物資源學系 生態資訊學課程

* 上課時間：週二 5–7 節(13:20–16:10)
* 上課地點：生資館 A24-105 (大三教室)
* [課程資訊](https://hackmd.io/s/H1O00yGjZ)
* [課程大綱](/ugwFI--2SyG5LHsJc4whGg)
* [教學平台](https://ecourse.ncyu.edu.tw/course/view.php?id=1280)

* [課程使用的範例及資料(github)](https://github.com/mutolisp/ecoinformatics_course)

[課程群組 facebook 討論區](https://www.facebook.com/groups/ncyubrdecoinfo/)

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本門課這學期的主題分為三部分，第一部分是程式語言簡介，我們會使用 R 語言來進行教學。前八週的時間將會從頭開始講授如何使用 R 進行數值計算、邏輯判斷、資料的輸出入、函數撰寫設計、資料變形轉換及繪圖等。第二部分是生態及生物多樣性資料的標準；第三部分則是如何分析資料並呈現，這部份會是比較整合性的課程，除了使用 RMarkdown 以及 jupyter-lab 撰寫 R code 外，同時也會教授如何使用 R 的 Shiny app 來設計互動式的資料呈現網頁。

**課程大綱**

| 週次 | 日期 | 主題 | 教學內容 | 作業 |
|---- | ------- | -------- | ---------------| ------ |
| 1 | | 課程介紹 | 課程介紹、分組、R 語言簡介、開發工具 RStudio 介紹 | |
| 2 | | 程式語言簡介 (1) | R 語言 (1) — [數學計算及邏輯判斷](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ/https%3A%2F%2Fhackmd.io%2Fs%2FBk3Mx8knW)、[資料結構](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ/https%3A%2F%2Fhackmd.io%2Fs%2FrJrclLyhW) | [HW1 數值計算](https://hackmd.io/@mutolisp/ryEy2xASL) |
| 3 | | 程式語言簡介 (2) | R 語言 (2) — [流程控制](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ/https%3A%2F%2Fhackmd.io%2Fs%2FrJA2g8Jnb) | [HW2 資料結構](/toYS6t6BTAOFivs1mrnVGg) |
| 4 | | 程式語言簡介 (3) | R 語言 (3) — [資料輸出入](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ/https%3A%2F%2Fhackmd.io%2Fs%2FB1LKmU12b) | [HW3 流程控制與資料輸出入](https://hackmd.io/09iWCsbsS9uDxObzwvXMNA) |
| 5 | | 程式語言簡介 (4) | R 語言 (4) — [函式](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ/https%3A%2F%2Fhackmd.io%2Fs%2FS1FsWYQWX) | HW4 開發生物多樣性指數函式 |
| 6 | | 程式語言簡介 (5) | R 語言 (5) — 資料轉換與變形 | HW5 處理氣象資料 |
| 7 | | 程式語言簡介 (6) | R 語言 (6) — 基本繪圖 | HW6 繪圖練習|
| 8 | | 程式語言簡介 (7) | R 語言 (7) — 進階繪圖：使用 ggplot2 | HW7 繪圖練習|
| 9 | | 期中考 | |
| 10 | | 程式語言簡介 (8) | R 語言 (8) — 進階繪圖：使用 ggplot2 | |
| 11 | | 生態及生物多樣性資料標準 (1) | 生態資料標準簡介 (1) 生態標記語言(Ecological Markup Language)、GBIF 及 Darwin Core 簡介| |
| 12 | | 生態及生物多樣性資料標準 (2) | 生態資料標準簡介 (2) Darwin Core Archive 實作 1 | |
| 13 | | 生態及生物多樣性資料標準 (3) | 生態資料標準簡介 (3) Darwin Core Archive 實作 2 | |
| 14 | | 資料分析與呈現 (1) | 如何呈現分析資料(1)—R markdown 以及 jupyter-lab 筆記本 | |
| 15 | | 資料分析與呈現 (2) | 如何呈現分析資料(2)—R markdown 以及 jupyter-lab | |
| 16 | | 資料分析與呈現 (3) | 使用 R Shiny app 設計網頁前端呈現 (1) | |
| 17 | | 資料分析與呈現 (4) | 使用 R Shiny app 設計網頁前端呈現 (2) | |
| 18 | | 期末報告 | | |

**課程注意事項**

1. 請各位至[修課學生名單]()中登記您的組別。原則上以 2–3 人為一組。
2. 尊重自己尊重別人，自我要求！以課程公告成績考核為標準
3. 上課可以用手機或電腦查資料，不可以打電動
4. 培養英文閱讀能力
5. 課程回饋
6. 分組實作：每組建議 2–3 人，可一人一組
7. 作業一定要做，只要有一次作業沒交就很有可能不會通過本門課

**成績計算**

* 期中考 30%
* 口頭報告 20%
* 書面報告 30%
* 作業/習題演練 20%

**講義、教科書以及參考資料**

1. 林政道 (2020) [生態資訊學講義](https://hackmd.io/c/H1O00yGjZ)。嘉義大學生物資源學系。

## B. 課程內容

* [課程所需工具介紹](https://hackmd.io/s/B1mVE0NjZ)

## License

[CC-BY-NC 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/deed.zh_TW)

### R 語言及生態資料處理

==入門基礎==
* [初心者: R 的介紹](https://hackmd.io/s/B1xLxofjZ)
* [入門基礎](https://hackmd.io/s/Byixf8ynW)
* [基本操作](https://hackmd.io/s/S1CLyIynW)
* [數學運算及邏輯判斷](https://hackmd.io/s/Bk3Mx8knW)
* [資料結構](https://hackmd.io/s/rJrclLyhW)
* [流程控制](https://hackmd.io/s/rJA2g8Jnb)
* [檔案的輸出入](https://hackmd.io/s/B1LKmU12b)
* [自訂函式](https://hackmd.io/s/S1FsWYQWX)
* [資料管理](https://hackmd.io/s/Hy6Y8-5RW)
* [資料排序](https://hackmd.io/s/ry1iFZ4bm)
* [資料組合](https://hackmd.io/s/HJ_NFcNbm)
* [資料篩選](https://hackmd.io/s/rJhDYqN-m)
* [資料塑形轉換](/-nFvIvu4Qben3xEbs7IYUQ)
* [學名資料處理](/FpnPfekDQ7el0EVPVhO3Cw)
* [在R裡頭使用資料庫](https://hackmd.io/z3ICi1buQ6GukID4pbdrwA)
* [繪圖](https://hackmd.io/s/BkWhbslGz)
* [使用 ggplot2 繪圖](https://hackmd.io/jJQXAPabRdSDIhW-sqcfBw)
* [ggplot2 繪圖各論](https://hackmd.io/@mutolisp/HkOVEDpH9)
* [資料呈現—R Shiny 網頁前端展示]()
* 生態及生物多樣性資料標準
* [生態標記語言(EML)](/XX6dYmLnTgGK_sf1GyAdOw)
* [生物多樣性標準：達爾文核心集](/sQJisdiuQOCqx0eZGmt-ww)

* [基礎統計分析](https://hackmd.io/s/SyowFbuAb)

這個文件是使用 hackmd.io 建立

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