### 25 mai 2020

+ Gestion des PC avec compte générique suite au passage nlle infra
+ 4 machines qui bloquent les comptes
+ compte ipc (TapeStation) -> compte générique avec connexion automatique
+ compte gep (PC de Gilles Renom) ->
+ compte ohem (VM de Laurent Crombez) ->
+ compte gem (PC mystère) ->
+ de nouveaux blocages OHEM et IPC
+ Romain nous annonce qu'IPC n'est pas bloqué
+ on contacte Françoise
+ demander les logs à Romain

+ Validation des congés
+ ToDo (MAF)

+ Laurent Castera, proposition FHU
+ ToDo (MAF)

+ Interne en FST bioinfo
+ **Augustin**
+ Accueil dans le bureau de Martin
+ Récupérer la machine dite de Hugo qui sert actuellement de rebond.
+ Françoise/Sébastien W. pour configurer de nouvelles adresses CIBLE pour le VPN

| PROTOCOLE | IP_VPN | IP_CIBLE_A_SUPPRIMER | IP_CIBLE_A_UTILISER (HOSTNAME) |
|:--------- | ------------ | -------------------- | ------------------------------------ |
| SSH | 10.240.6.155 | 10.9.206.114 | 10.49.26.130 (dev.bioinfo.chrul.net) |
| RDP | 10.240.6.181 | 10.9.206.100 | 10.49.27.22 (VWP253CHR) |

+ **Pierre-Yves**
+ Accueil dans le bureau de Céline
+ Quels outils de filtres pour les WES ?
+ A discuter avec Julie

+ Travaux dans la salle 'Novaseq'
+ 2 Machines de rebond
+ Installer les 2 machines si nécessaires dans le bureau bioinfo

+ Alissa
+ Utilisateurs Lillois : ok
+ Utilisateurs Amienois : ?
+ Planning : attente des creneaux de Jonatan (Agilent)
+ Degré de partage entre les deux sites à discuter
+ Données de démo pour la training
+ Somatic (Hémato ?)
+ Trio WES de MPB possible (Tumeur, Normal, Métastase)
+ trio germline
+ Thomas ?
+ GLPI -> Formation Nourdine ?? (SSA)

+ Pipeline constit gatk4 (CHA)
+ Distinguer les reads modifiés (readgroups) : ok
+ Tests de non-regression à l'étude (Tonio/Fabrice)
+ Bug multiqc, Hsmetrics parfois ne sont pas affichés : ok
+ prêt pour une release (3 mois de test déjà passés)

+ Cluster, nouveaux noeuds (CHA, SSA, CDM)
+ Version Ansible avec Slurm dockerisé : ok
+ mise en place de la gestion des jobs via une BDD : ok
+ Lien avec AD pour le lancement des jobs : ok
+ Tests à faire #ToDo

+ VSPHERE (SSA)
+ Attente date pour réunion (relance) (CDM)

+ Reseau STHD
+ pour l'agrégat de lien des D30
+ Relancer Nathalie, pas de nouvelle... (FBO)
+ Attente du retour de Fred M. pour obtenir le code PPI (FBO)
+ Passer par Matthieu Meilhac (FBO)
+ Relancer Thomas Seite pour la pose de la fibre (CDM)
+ attente numéro de PPI

+ Compte su DSI (SSA)
+ Pour installer des logiciels sur les postes DRN
+ Relancer Françoise

+ Dragen sur cluster
+ Tests d'un lancement d'un `docker-slurm-worker` sur le serveur Dragen (CDM)

+ Design Vérificator
+ Refactorisation du code à faire
+ Interface PHP à faire
+ test dans le container CHUL

+ Points Hémato
+ Visualisation des BAM
+ OpenCravat est la solution ?
+ nécessite un connecteur Anatole/OpenCravat (VCF propre) (FBO, CHA)

+ Analyse WGS PP
+ réunion cette semaine

+ ONCOCNV (oncotum)
+ Validation d'ONCOCNV pour la routine
+ Nécessite la mise en place d'une interface PHP

+ CNV Pour Cathy sur tumeurs (EAG)
+ Réunion semaine du 8 juin.

### 18 mai 2020

+ Gestion des PC avec compte générique suite au passage nlle infra
+ rejoint le problème des machines ou l'utilisateur est admin
+ changement de date pour passer les kits.
+ faire un script qui monte ppcbm, script executable mais non lisible par tout à chacun
+ tester (SSA)

+ Validation des congés
+ Émilie AIT YAHYA : 23/07 – 12/08
+ Fabrice BONTE : Début Septembre
+ Christophe DEMAY : 14/08 - 06/09
+ Chadi SAAD : 03/08 – 21/08
+ Simon SALECKI : du vendredi 13 juillet au mardi 31 juillet inclus
+ Martin : du vendredi 17/07 au 12/08
+ Envoyer l'information (SSA)

+ Scanner de lames et IA
+ Information reçue mais nous ne sommes pas impliqués

+ Laurent Castera, proposition FHU

+ Interne en FST bioinfo
+ PC

+ Alissa
+ Contacter Mikaëla et Sébastien Agilent (EAG)
+ Formation
+ Organisation
+ Contrôle des analyses ?
+ quota
+ type d'analyse ?
+ Contacter utilisateurs Lille
+ qui sont les 5 utilisateurs ? Passer par MPB
+ Contacter utilisateurs Amiens
+ impliquer au max Nourdine
+ GLPI primordial !
+ Communiquer avec les porteurs du projet sur l'arrivée d 'Alissa '

+ Dragen (EAG)
+ Obtenir un devis / une démarche Typhaine Godefroy et Leo Hutinel
+ Fred M et F. Hoonorst en cc
+ Tenir informé TB.

+ Cluster, nouveaux noeuds (CHA, SSA, CDM)
+ Inclure dans notre cluster : nécessite
+ Vieille version ubuntu
+ Compiler une version de slurm
+ Accès physique
+ Réunion cette semaine (CHA, CDM)
+ Garder la dynamique de Cyrille

+ VSPHERE (SSA)
+ formation prévue par cyrille
+ le relancer
+ attention, accès à toute les VM du CBP
+ faire une sauvegarde instantanée : pas les droits
+ faire une copie (notamment pur la VM phenotips)
+ Faire une réunion dédiée (CDM)

+ Reseau STHD
+ pour l'agrégat de lien des D30
+ Suivre le dossier porté par Nathalie (réunion équipe DRN ce lundi)
+ relancer NAthalie dès mardi ! (SSA, CDM)
+ se tenir informé auprès de Michel pour le planning (FBO, SSA)
+ Relancer Thomas Seite pour la pose de la fibre (CDM)

+ Compte su DSI (SSA)
+ Pour installer des logiciels sur les postes DRN
+ Relancer Françoise

+ Design Vérificator
+ mettre au propre l'exemple de conflit avec SureDesign (version de RefSeq)
+ exemple du design de Claire-Marie
+ 30 régions différentes entre les deux versions de SureDesign (avec quelques mois d'écart)
+ signifie que les NMs dans SureDesign sont mis à jour sans traçabilité
+ A traiter pour fin septembre (CDM, EAG)
+ Refactorisation du code à faire
+ Interface PHP à faire

+ Points Hémato
+ pas de nouvelles bases de données à intégrer
+ Attente du retour de Sandrine sur les champs à intégrer
+ Les bugs relevé ont été corrigés/validés
+ reste le problème de la notation HGVS discordante SeqNext/VEP
+ HGVSc mal annoté, on ne sait qui a raison
+ en attente des positions génomiques de ces régions
+ attente d'exemple d'insertions pour valider la nomenclature.
+ Gestion des panels multiples
+ Traitement en cours
+ Visualisation des BAM
+ OpenCravat est la solution ?
+ Automatisation des bam/bai
+ intérêt de lister les variants (type IGV report)
+ nécessite un connecteur Anatole/OpenCravat (VCF propre) (FBO, CHA)
+ issue en cours de Chadi auprès de OpenCravat

+ Visualisation et tri des variants
+ Comment avancer ?
+ Quel cahier des charges ?
+ On teste les outils ?
+ D'abord OpenCravat ? intérêt du besoin concomitant avec le besoin hémato de visualisation

+ isilonAutoCopy BAM/UBAM
+ necessite une mise à jour de l'isilonAutoCopy historique
+ Faire les 2 en //
+ EN Juin !

+ mise à jour des windows (SSA)
+ 2 machines à JdF
+ serveur SeqNext peut-être

+ GLPI
+ former Nouredine (SSA)

+ WGS PP
+ Réunion Anatole Unleashed semaine prochaine (EAG, FBO)
+ Réunion de rendu (qualité) le 28 mai.

+ MSG logiciels/matériels (FBO)
+ Lui envoyer la liste des matériels (SSA)

+ Compte IPC bloqué (SSA)
+ Pourquoi le phénomène réapparait ?
+ mot de passe avec trop d'erreurs bloque l'accès
+ communiquer le problème aux utilisateurs
+ retour vers nous dès l'identification du problème

+ CNV Pour Cathy sur tumeurs (EAG)
+ Mantis en cours.
+ Prendre connaissance du dossier.

+ FHU Rouen
+ Gleaves / Rennes
+ Trop d'inconnu : cahier des charges, volonté open source, mode de fonctionnement, ...
+ Wings : Attente pour fin mai d'un retour.
+ Alissa
+ Avant tout définir les besoins
+ Faire une matrice de comparaison des outils (BIO)
+ Faire une réponse à Laurent (MAF)