# 2021-07-13 副作用データの議論　議事録
## Togoサイトに副作用情報のバーを追加する
- [片山さんのJC資料](https://docs.google.com/presentation/d/1gT4G4_icbSBISCm8UzPNQQcPE2iUkPPazzgR4EL_tvY/edit#slide=id.p)から
- [SIDER](http://sideeffects.embl.de/download/)　「さいだー」
- 表形式でダウンロードできる
- 副作用名、頻度情報
- MedDRA　「めどら」
- CC BY-SA
- Bio2RDFにある
- CIDと繋がる
- http://sideeffects.embl.de/drugs/
- %は何を示しているのか要確認
- [http://doi.org/10.1093/nar/gkv1075](http://doi.org/10.1093/nar/gkv1075)
- [WHO VigiAccess](http://vigiaccess.org/)
- [Japan Adverse Drug Event database (JADER)](https://www.pmda.go.jp/safety/info-services/drugs/adr-info/suspected-adr/0003.html)　「じぇいだー」
- MedDRA
- 2次配布禁止 (https://www.pmda.go.jp/safety/info-services/drugs/adr-info/suspected-adr/0003.html の5条8)
- [FDA Adverse Event Reporting System (FAERS)](https://www.fda.gov/drugs/questions-and-answers-fdas-adverse-event-reporting-system-faers/fda-adverse-event-reporting-system-faers-latest-quarterly-data-files)
- [医薬品有害事象情報システム](https://pro.czeek.com/aers/main/SearchMain.do)
- [レポートデータ](https://pro.czeek.com/web/reportdata.html)
- DrugBank
- ライセンス問題などがある
- インタビューフォームのデータも使える?
- 再配布が自由ではない
- [STITCH](http://stitch.embl.de/)
## SIDER
##### メモ
- 専門家向けの情報が記載された医薬品ラベル
- 専門家向けの情報が記載された医薬品ラベルは、国の登録機関や慈善団体から入手。
- FDAによってXML形式で提供されている構造化製品ラベルは、直接解析。PDFとしてのみ利用可能だったラベルはHTMLに変換し利用。
- 添付文書内のADR（副作用）、疾患、薬物、およびタンパク質の言及を検出。
- 化学物質およびタンパク質の名前はSTITCH 4及びSTRING 9.1データベースから取得
- SIDERダウンロードファイルには、ステレオケミストリーがある場合とない場合の両方の識別子が含まれており、PubChemへのリンクがWebフロントエンドで提供。
- ADRと疾患名の辞書を作成するために、Unified Medical Language System（UMLS）Metathesaurus（バージョン2014AA）の同義語を、Medical Dictionary for Regulatory Activities（MedDRA）（バージョン16.1）のすべての用語についてプール＋手動キュレーションで辞書を作成
- HTMLバージョンのラベル
- ラベルの解析とエンティティの検出を緊密に統合して作成。
- 検出されたADR用語のすべての言及が、化合物およびタンパク質の名前とともに強調表示されている。
- 副作用の頻度
- 頻度は、表とフリーテキストの言及から抽出
##### webサイト
薬をATC分類で分類。薬を１つ（Amphotericin B）選ぶ。
side effect: 副作用名
data for drug:
placebo:
labels: 異なるsourceから取得したラベル。この場合は８種ある。（同じsourceデータが異なるものもある？前ページのlabelsの数とは合わないので違う？）

・labels=1は９種の副作用が記述されていて、縦に見ていくと、その副作用のところに色が付いている。頻度情報により色分け。
・AmphotericinB全体としては301種の副作用。（前ページのSide Effectsの数）
・１つのマスをクリックするとそのlabelの詳細情報が見える。

＜Download Data＞
１.meddra_freq.tsv
compound-頻度-副作用　を対応付け

* SIDERの問題点として、データが古い（2015年

## FAERs
##### メモ
・FDAのデータ
・人口統計および管理情報と初期レポート画像ID番号（利用可能な場合）。
・症例報告からの薬物情報;
・レポートからの反応情報。
・レポートからの患者転帰情報。
・レポートのソースに関する情報。
・ファイルの説明を含む「README」ファイル。
・XML形式のダウンロードデータ（下記より）
https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html
・四半期ごと更新
・データはpublic domain
https://www.fda.gov/about-fda/about-website/website-policies#linking

データ内容（一部）
→ 重症度
→ 症状（MedDRA）
→ 薬の関与
→ 商品名：XOLAIR、PREDNISONEなど
→ 有効成分（薬名）：OMALIZUMAB、PREDNISONEなど

## JADER
##### メモ
・ダウンロード（csv）https://www.info.pmda.go.jp/fukusayoudb/CsvDownload
・利用規約
本データベースについて改変の有無にかかわらず、二次的に販売、頒布することは原則認めない
二次利用者に本利用規約を提示せずに、本データベースにより提供された情報を用いて開発したサービスを利用させてはいけない
https://www.pmda.go.jp/safety/info-services/drugs/adr-info/suspected-adr/0006.html
・症例一覧テーブル 　“demoCCYYMM-n”
・医薬品情報テーブル “drugCCYYMM-n”
・副作用テーブル “reacCCYYMM-n”
・原疾患テーブル “histCCYYMM-n”

データ内容
(1)症例一覧テーブル
・識別番号　
・報告回数　
・性別　
・年齢　
・体重、身長　
・報告年度・四半期
・状況　「調査完了」または「調査中」
・報告の種類　自発報告、試験等　　　　　　
・報告者の資格　医師等

(2)医薬品情報テーブル
・医薬品連番
・医薬品の関与　被疑薬、併用薬、相互作用
・医薬品（一般名）
・医薬品（販売名）　
・経路　投与経路
・投与開始日、投与終了日　
・投与量、投与単位　
・分割投与回数
・使用理由　医薬品が投与された理由（MedDRA/J）
・医薬品の処置　投与中止、減量、増量、投与量変更せず、不明、非該当
・再投与による再発の有無　
・リスク区分等

(3)副作用テーブル
・有害事象連番
・有害事象　症状、異常所見（MedDRA/J）
・転帰　死亡、不明、未回復 等
・有害事象の発現日　

(4)原疾患テーブル
・原疾患等連番
・原疾患等　原疾患及び合併症等（MedDRA/J）

## 医薬品名の整理
- FDA Unique Ingredient Identifier （https://fdasis.nlm.nih.gov/srs/）
- データダウンロード TSV (https://fdasis.nlm.nih.gov/srs/jsp/srs/uniiListDownload.jsp)
- UNII_Records_10Jul2021.txt に PubChem（CID）他へのリンク
- UNII_Names_10Jul2021.txt に 商品名他の名前
- エントリー（UNII_Records_10Jul2021.txt）数は119380、うち、PubChem CIDを持っているのが 80108
- 植物(食品あるいは生薬として、だと思います）も入っている
- 例：ALOE（TSV->JSON）
{
"UNII": "V5VD430YW9",
"PT": "ALOE",
"RN": "",
"EC": "",
"NCIT": "",
"RXCUI": "91263",
"PUBCHEM": "",
"ITIS": "",
"NCBI": "",
"PLANTS": "",
"GRIN": "",
"MPNS": "",
"INN_ID": "",
"MF": "",
"INCHIKEY": "",
"SMILES": "",
"UNII_TYPE": "UNSPECIFIED INGREDIENT"
}

- JADER：医薬品(一般名）→IDに日化辞 or KEGG Medicusが使える？
- JADERのdrug202107.csvの医薬品(一般名）の項、相異なる医薬品名が10106個あって、日化辞のラベル（日英の名称・体系名・慣用名・異表記揺れ）とString matchで2423個一致
- 医薬品（販売名）の項、相異なる医薬品名が6538個あって、日化辞のラベルと一致するのは2811個
- KEGG Medicusが使えればそっちのほうがいいかもしれない
- D番号の下のリンクでpubchem_substance、chebi、chembl番号あり
- TogoIDで一般名-pubchem_substanceペアを作る？
- 疾患（例 H01649）、ターゲット(例 HSA:3356)情報あり

- 日本医薬品一般的名称データベース（https://jpdb.nihs.go.jp/jan/ ）
- ダウンロードできるデータが見つけられず

- MEDIS標準マスター（https://www.medis.or.jp/4_hyojyun/medis-master/index.html）
- 利用許諾
- 医療機関は無償となっています。原則として再配布は禁止しています（ただし、使用許諾を取得すれば可）。改変については、自施設内においてのみ可能です。改変したものを他施設に提供することは禁止しています。