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title: Webinaire 6 GT Notebook
date: 2024-05-29
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# Webinaire 6 GT Notebook - 29 mai 2024 14-15
###### tags: `gt notebook`,`webinaire`


:::info

- Présent.e.s :
- Raphaëlle K
- Victor
- Erwan Jacomino
- Sébastien Rey-Coyrehourcq
- Konrad Hinsen
- Nicolas Roelandt
- Nicolas Rougier
- etc... (environ 39 personnes)
- Excusé.e.s :
- Nicolas S.
- Lien site web : https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/
- Issue & ODJ : https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/issues/7
- Lien visio BBB : https://webconf.univ-rouen.fr/greenlight/rey-px2-ewg-7av
- Lien chat public : https://rocket.esup-portail.org/channel/GT-Notebook
- Lien mailling-list : https://groupes.renater.fr/sympa/info/notebooks-inter-reseaux
- Lien support présentation et notebooks de démonstration:
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## Ordre du Jour

- Accueil (5 minutes)
- Intervention de **Raphaël Tournoy du Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) et Guillaume Anciaux (JTCAM, LSMS-EPFL)**

Titre (proposition à modifier) :
Episciences overlay journals et NepHAL+ par Raphaël Tournoy & les données au sein de la revue JTCAM par Guillaume Anciaux

Raphaël Tournoy est responsable de la plateforme Episciences

Guillaume Anciaux, travaille au laboratoire mécanique des solides à l'EPFL et data editor pour le JTCAM Journal of Theoretical, Computationnal and Applied Mechanics, plateforme basée JupyterLab pour faire la curation des données de la revue hébergée Episciences

Résumé :

## Episciences overlay journals et NepHAL+, Raphaël Tournoy

Episciences est une plateforme de publication de revues en accès ouvert de type "diamant" (sans frais d'accès, sans frais de publication). Une des particularités de la plateforme est le modèle de publication dit *overlay* qui lui permet de publier des contenus avec des services construits au-dessus des archives ouvertes et entrepôts de données. Le projet nepHAL+ d’Episciences a pour objectifs de moderniser l'infrastructure technique d'Episciences, créer une solution modulaire de *peer review* permettant de prendre en charge les prépublications, jeux de données et logiciels de la recherche. Le projet est adossé à l’infrastructure de recherche HAL+ qui repose sur la complémentarité des trois plateformes du CCSD. Cette solution sera ainsi liée à HAL, réutilisable par Sciencesconf.org et disponible sous une licence libre - comme tous les développements issus d'Episciences. Les partenaires du projet sont DARIAH, Inria et Software Heritage.

Un exemple de développement dédié aux jeux de données de la revue diamant JTCAM (Journal of Theoretical, Computationnal and Applied Mechanics), hébergée sur Episciences, sera présenté par Guillaume Anciaux, enseignant-chercheur associé au LSMS (*Computational Solid Mechanics Laboratory*) de l'école polytechnique fédérale de Lausanne.

- Discussions
- Infos / événements / prochain webinaire
- JE de l'automne

## Présentation / Notes collaboratives

### Présentation d'Episciences et NepHal+

CSSD opère 3 plateformes:
- HAL
- EPisciences
- ScienceConf

Episcience plateforme complète d'édition et de publication de revue scientifique
- toute disciplines
- modèles diamant
- en création ou migration
- overlay (au dessus des archives ouvertes)
=> par et pour la communauté scientifique

Basée sur un ensemble de logiciels libres (développement interne ou déjà disponible), et un certain nombre d'APIs pour récupérer des données.

Modèle overlay : arxiv, zenodo, hal, biorxiv, medrxiv, SWheritage, + ajout support nakala (type dataverse)

Document pré-print doit d'abord être disponible en ligne (arxiv, hal, ou autre) et ensuite doit être soumis à la revue.

Open peer review et simple aveugle, round de peer review, doit être dépose à chaque fois sur l'archive ouverte
Si accepté , copy editing, publication sur archive ouverte, attribution d'un DOI

Chaque version du document est disponible sur la plateforme, de manière ouverte.

Protocole Notify pour discuter entre Hal et Episcience.

Ensemble de services :
- 8 personnes inria et institut fourier
- accompagnement
- bonne pratiques éditoriales

Chaque revue a son propre domaine, exemple avec la LMSM

1 - dépot dans un entrepot, ex id arxiv
2a - importe le preprint sur la revue avec une API
ou
2b - ou via HAL, via une soumission simplifié, via une notification (API NOTIFY) dans episcience
système de dépot simplifié pour les chercheurs
3 - complétion du dépot :
- par exemple ajout de SWID SWH pour le logiciel : widget SWHeritage disponible pendant l'édition et la publication. On peut citer très finement
- Possibilité de citer un dépôt complet ou une version précise sur SWH
- Ajout d'un DOI pour des jeux de données. Et on pourra typer ces liens

Gestion des références bibliographiques, export des metadonnées des pdfs grâce à Grobib (https://grobid.readthedocs.io/en/latest/).
Ajout de sémantic scholar, processus extraction automatique depuis les pdf

Exportation vers CrossRef possible.

Les pdfs sont téléchargés directement depuis HAL (uniquement un backup si défaillance de HAL) : préservation des statistiques HAL.
=> Pas de stockage interne

Publication episcience : Core Notify envoi notification vers HAL, HAL met à jour référence bibliographique => preprint passe à l'article.

Enrichissement des métadonnées avec OpenAire Graph avec les ORCID et Ope

### Exemple de développement dédié aux jeux de données de la revue diamant JTCAM

## Infos diverses