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title : gt notebook comme ressource - Site web
author: Hugues & Raphaëlle
year: 2022-2023
date: 1er décembre 2022
header-includes:
- \usepackage{setspace}
- \doublespacing
- \usepackage{lineno}
- \linenumbers
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<details><summary>infos pandoc relecture pdf</summary>

**pandoc**

`pandoc nom_du_fichier.md -t latex -V linkcolor:teal -V geometry:a4paper -o nom_du_fichier.pdf`

</details>

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###### tags: `gt notebook`,`logistique`,`site web`,`Webinaire`,`document de travail`

*màj : 23/01/2023 - 08/02/2023*

<details>
<summary><strong>déplier ici le sommaire de la page</strong> ou à gauche expand all</summary>

- [toc]

</details>

<img src="https://cdn-icons-png.flaticon.com/128/636/636047.png" width=30 px>

# Construire le gt notebook
## équipe éditoriale
Hugues, Sébastien, Raphaëlle, & +
## technologie(s)
- [x] **abandon hugo**
- [x] **hypothèse usage quarto**
- différents langages de programmation
- plus léger à prendre en main
- cohérence par rapport à la thématique notebook du groupe
- annotation de groupe avec [hypothes.is](https://quarto.org/docs/output-formats/html-basics.html)
- exemple de sites quarto :
- https://elementr.netlify.app/
- https://ee2023.netlify.app/
- https://tigr.netlify.app/

- [x] prototype : faire une version "à minima" pour le site utilisant [quarto](https://quarto.org/docs/websites/)
- [x] Installation de quarto à partir de RStudio
- [x] Création en local
- [x] Pousser dans un repo du GT notebook sur le gitlab_humanum
:warning: *ajouter .gitlab-ci.yml "standard" - voir [ici](https://gitlab.huma-num.fr/elementr/website/-/blob/main/.gitlab-ci.yml) par exemple*
- [ ] autres technos
- [café GUIX](https://hpc.guix.info/events/2022/caf%C3%A9-guix/) site statique utilisant [haunt](https://haunt.dthompson.us/) de <img src="https://pool.jortage.com/tootcat/site_uploads/files/000/000/002/@1x/03dfc256248fbfa5.png" width=50px> [@[e-mail]](https://toot.cat/@dthompson)
- [AR "graphes de connaissances géohistoriques" du GdR CNRS MAGIS](https://gcgh-magis.github.io/) utilisant [soopr](https://www.soopr.co/) (et jekyll etc. voir [<img src="https://github.githubassets.com/images/modules/logos_page/GitHub-Mark.png" width=25px>](https://github.com/abhinavs/cookie))
- et autres...
## un nouveau logo / nouvel icono ?
### logo history
<img src="https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/workshop/workshop_3_decembre_2021/slide/-/raw/main/image/logo.png" width=200px><img src="https://i.imgur.com/qmmN6Is.png" width=200px><img src="https://i.imgur.com/j6Y5LZb.png" width=200px>
<img src="https://i.imgur.com/LFktiWn.png" width=200px>

### icono
<img src="https://i.imgur.com/RJL0qqR.png" width=100px> <img src="https://i.imgur.com/SPiU8jy.png" width=100px>

# Contenu du site web
## -- rubriques --
### -- accueil
*bienvenue sur le site du gt notebook !*
#### genèse du gt
- le groupe de travail notebook s’est consitué autour d’un projet d’atelier réalisé le 3 décembre 2021 à l’IMEC.
- il s’agit de présenter les enjeux et problématiques du Notebook, pris comme un objet complexe au sein du cycle des données de la recherche.
- le collectif émerge d’un appel à contribution lancé dans le cadre des Rencontres Huma-Num 2021 par le HN Lab sur la question de l’écriture exécutable, réinterprétée au sein du collectif comme problématique associée au literate programming.
#### composition du gt [à préciser pour ses membres]
- avatar, prénom, nom, fonction/autre, institution

#### forum & liste de diffusion
[rocketchat](https://rocket.esup-portail.org/channel/GT-Notebook)
[liste de diffusion renater](https://groupes.renater.fr/sympa/info/notebooks-inter-reseaux)
### -- à propos
*informations et ressources du gt notebook*
#### contexte, problématique et enjeux
#### objectifs du gt
#### programme d’actions
#### références, bibliothèque Zotero

### -- webinaire/agenda
#### 2022/2023
[**@webinaire 0 - 8 décembre 2022 - notes**](https://hackmd.io/@0pm5dgllSNKMBAzbcpXbtA/H1sDAv0Pj)
- [ ] notes à relire/éditer
- [name=Nicolas Sauret] - [webinaire gt Notebook, **Retour d'expérience** - *le notebook Callisto*]
- [name=Sébastien Rey-Coreyhourcq] - [webinaire gt Notebook, **Article lu** - *Codes. L’informatique comme elle s’écrit, Gabriel Alcaras et Antoine Larribeau*]

[**@webinaire 1 - 30 mars**](https://hackmd.io/fDeVEcoBSaii1Mfxj8NxJw)
- [x] à communiquer (présentation, résumé)
- [name=Sébastien Rey-Coreyhourcq] - [quarto, notebook et reproductibilité]
- [ ] notes à relire/éditer
[**@webinaire 2 - 13 avril**]()
- [x] à communiquer (présentation, résumé)
### -- blog/travaux en cours

#### information sur les communications relatives au gt notebook
> 2022/2023
décembre
- [name=Hugues Pécout] - [Semaine Data-SHS, *Écrire son code dans un environnement de programmation lettrée*](https://huguespecout.github.io/DataSHS_2022/)
- [name=Raphaëlle Krummeich] - [Atelier Recherche Écosophie du numérique - *Le Notebook et le monde qui va avec, Éléments de problématique*](https://eveille.hypotheses.org/5317)
- [name=Sacha Hodencq] - [Atelier Recherche Écosophie du numérique - *Le Notebook et le monde qui va avec, Les notebooks comme objets de recherche et de médiation dans le domaine de l’énergie*]
- [name=Sébastien Rey-Coreyhourcq] - [Atelier Recherche Écosophie du numérique - *Le Notebook et le monde qui va avec, Du Notebook et du GT Notebook*](https://hackmd.io/p2louc-LQ7aBEyl9lotamQ?view)
- [name=Konrad Hinsen] - [Open science day @UGA, *Objectif calcul ouvert*](https://osd-uga-2022.sciencesconf.org/data/pages/Slides_OSD_UGA_Hinsen.pdf)

> 2021/2022
> 14 juin
- [name=Michael Nauge] - [Semaine Numérique des Urfist - *Outiller la publication*](https://gitlab.huma-num.fr/mnauge/outiller-la-publication-urfist-2022)
> mai
- [name=gt Notebook] - [Table Ronde Humanistica] [Programming Historian, Rzine, … & Tutos : Faire communauté autour des dispositifs et des formats alternatifs du savoir](https://codimd.univ-rouen.fr/ZCUEmYzFQWOMvyn6qb3WcA?both#)
- [name=gt Notebook] - [Journée EVEille 5 FAIR(E)- *Le notebook, une forme intelligible du numérique ? un objet écosophique ?*](https://codimd.univ-rouen.fr/ZwgLD1U3S5iBRVPc3iHJWg#)
>3 décembre
- [name=gt Notebook] - [Atelier Notebook](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/workshop/workshop_3_decembre_2021/slide2html-3-dec/)

#### travaux en cours du gt notebook

- reproductibilité(s) de l'atelier
- base de connaissances/wiki-guix
- *working papers*
- travaux thématiques

## -- fonctionalités --
### -- menu(s)
- gt notebook
- webinaire/agenda
- blog/travaux
### -- lien(s)
- gitlab huma-num
### -- recherche
- texte
# écosophie (?)
## quarto ontogenese (*as it is used at this step*)
- [ ] objets : complexe (q)md, css, woff, js, html, json, png etc.
- [ ] processus :
- production :
- *transducteur* (yml)
- ...
- navigation : flux url
- *individu* identifiant des ressources : uri
- *instrument* protocole URL
- [ ] externalités (*milieu*):
- gitlab huma-num, ...
- hackmd.io,
- ...
## ouverture :
- écriture(s)/lecture(s)
- [name=markdown] *forme* syntaxe
- [name=pandoc] *transducteur* vers HTML (PDF etc.)
- [x] lumière (modes clair & sombre)
- autonomie(s) (documentation etc.)
- licence 
- ...
## notebooks *underscope*

# réunion de travail - 13/02

présent-es : Marc Chantreux, Konrad Hinsen, Emilien Schultz, Nicolas Sauret, Nicolas Roedlandt, Sébastien Rey-Coreyhourcq, Raphaëlle Krummeich, Michael Nauge (arrivée tardive)

excusés : Sacha Hodencq, Pierre Poulain

## OdJ

### Tour de table
### Webinaire
- agenda - mensuel, jeudi, de 13h45-14h30
dates 2023 - 30/03, 13/14, 11/05, 15/06
- projet
@NicolasR *packaging Quarto*
@SebastienRC *guix Quarto*
@MarcC *from notebook to unix*
@KonradH *interactivité*

## Notes CR

- Présentation de nouveaux participants :
- Marc Chantreux : convivialisme numérique, atelier écosophie du numérique
- Emilien Schultz [FOSDEM](https://fosdem.org/2023/), voir avec Célya - NOOS [NOtebook for Open Science](https://gitlab.huma-num.fr/io)
- Nicolas (rescience.c) - reproductibilité
- Konrad Hinsen - notebook pour enseigner, GT approche critique

- Info diverses :

Jupyter con 12 mai, évt où Emilie Schultz participe
Mooc Recherche reproductible
RdVz emacs & vi
Lien : git://katzele.netlib.re/katzele.netlib.re http://katzele.netlib.re/
https://github.com/eiro/talk-acme-changed-my-life/blob/master/readme.md

- Calendrier :
- Mars : Quarto Nicolas Roelandt se proposait
- Avril :

- Débat de fonds sur :
- le notebook, son usage (nécessaire ou non), en cours, et la contrainte du temps qui malheureusement parfois empeche une compréhension approfondie
- l'importance du libre et de l'open source depuis la république du numérique, et la place qu'il faut donner à unix, la philosophie du libre dans la recherche
- l'écosophie, l'approche de la technique, l'éthique et la normativité

- Prochain Rdvz Webinaires :
- 30 Mars : 13h45 - Quarto / Packaging Quarto Nicolas Roedlandt & Sebastien R. retour sur guix packaging
- 13 avril : 13h45 - ? Marc C / Notebook vs Unix : vi ?
- 11 mai : 13h45 - ? Konrad H / Interactivité - découvrir les pratiques *avancées* de jupyter (et particulièrement ce que les widgets peuvent avoir de pédagogique)
- 15 juin : 13h45 - Nicolas Rougier / Esthétique

**@ construire collectivement sur gitlab du Groupe Notebook : [*tickets* Webinaires](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/issues)**

## Après la réunion - tentative de synthèse

- [name=SébastienRC] au moins à deux points de réflexion que je trouverais important de mener en parallèle à nos webinaires

### GT notebook : qui sommes-nous ?

voir le [Hackmd de travail](https://hackmd.io/bkJ4M0ZwRPyE-7nS9bKEJA)

### GT notebook : une première journée d'étude ?

C'est toujours difficile d'avoir une discussion de fonds en visio, et le format 1h n'était vraiment pas adapté. Nous devrions aménager des réunions plus longues, peut être plus ciblé aussi, en parallèle à ces webinaires. On sait bien que l'interdisciplinarité ne se fait pas en un jour, il serait donc intéressant d'arriver à trouver un petit financement pour une journée de travail collective en présentiel (ce qui renvoie au point précédent aussi) ...

En terme de réseau :
- les ateliers CESAR de l'UDS (Marc C)
- cafés GUIX
- ...

Les finacements possibles :

#### Appels à projets du réseau et des MSH
- [Appel à projets blanc inter-MSH du GIS RnMSH](https://www.mshbx.fr/2023/05/01/appel-a-projets-blanc-inter-msh-du-gis-rnmsh/) - échéance 20 juin 2023
- objet : premier soutien à des projets émergents ou visant un changement d’échelle d’action, et de développer la production de connaissances pluri et interdisciplinaires
- éligibilité : projets s’appuyant sur les dispositifs des MSH ou international, justifier la nécessité de l’interdisciplinarité, **impliquer au minimum deux MSH**
- durée / financement : **24 mois compris entre 5 000 € et 30 000 €**
- dossier : 5 pages maximum
- [Appel à projets MSH Nord](https://www.mshparisnord.fr/programmes/appel-a-projet-msh-paris-nord/presentation-aap/) - échéance 15 septembre
- objet : projets d’un haut niveau scientifique, répondant à trois critères : l’interdisciplinarité, l’interinstitutionnalité et l’internationalité
- éligibilité : problématiques correspondant à ses axes et thèmes de recherche (peut-être le [thème C de l'axe 1](https://www.mshparisnord.fr/programmes/presentation-des-axes/axe-1-industries-de-la-culture-et-arts/) avec le collectif EVEille par exemple ou [axe 2 sur la santé](https://www.mshparisnord.fr/programmes/presentation-des-axes/axe-2-corps-sante-et-societe/) ou encore [axe 4 sur la ville](https://www.mshparisnord.fr/programmes/presentation-des-axes/axe-4-penser-la-ville-contemporaine/))
- durée / financement : **4 000 euros pour un projet sur un an, 8 000 euros au maximum pour un projet sur deux ans**

- [Appel à projets MSHB](https://www.mshb.fr/dispositifs-de-soutien) - échéance 31 mai
- objet : Groupes de travail interdisciplinaires
- éligibilité : axes MSHB & un resp. scientifique d'une des unités fédérées
- durée / financement : **2000 euros pour un an**

L'agenda :

### Question subsidiaire
Arriverions-nous, avec nos travaux, à rendre "accessible" ou "intelligible" au plus grand nombre (mais déjà entre nous) la *notation scientifique numérique* de Konrad ?
:::info
*Leibniz in 4 minutes*, Konrad Hinsen

ma "notation scientifique numérique"

:::

# Logistique

## Mails communication
## 2023

### Webinaire 1

Ticket : https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/issues/2

- [x] DH (Sébastien R 10/03)
- [x] gtdonneesinterreseaux (Sébastien R 10/03)
- [x] geotamtam (Sébastien R 10/03)
- [X] UMR (Sébastien R 10/03)
- [X] Sydre (Sébastien R 10/03)
- [X] MAGIS (Sébastien R 10/03)
- [X] GT Données (Sébastien R 10/03)

[objet] Webinaire du gt notebook - 30/03 13h30 - Quarto par Nicolas Roelandt

[listes cibles] DH, mate-shs, gtnotebook, gtdonneesinterreseaux... à compléter

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples*

Le **gt Notebook** à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2023, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc.

Pour la première intervention **jeudi 30 mars de 13h30 à 14h30**, nous accueillons Nicolas Roelandt, ingénieur géomaticien du Département Aménagement, Mobilités, Environnement de l'Université Gustave Eiffel. Il introduira **Quarto**, système *open source* de publication scientifique et technique fondé sur pandoc (Allaire et al., 2022).

Cette intervention sera précédée d'une courte revue de bibliographie (Feenberg, 2016) et suivie d'un retour d'expérience sur le packaging Guix de Quarto.

Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce formulaire. https://enquetes.univ-rouen.fr/861446?lang=fr

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici (humanum gitlab page work in progress)https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/ ou là (groupe humanum gitlab)https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook.

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

Allaire, J. J., Teague, C., Xie, Y., & Dervieux, C. (2022). Quarto. Zenodo. https://doi.org/10.5281/ZENODO.5960048

Feenberg, A. (2016). Concrétiser Simondon et le constructivisme. Une contribution récursive à la théorie de la concrétisation. In V. Bontems (Éd.), Actes de la décade des 5-15 août 2013 du Centre culturel international de Cerisy-la-Salle (p. 317‑329). Klincksieck.

### Webinaire 2

Ticket : https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/issues/3

- [X] DH [e-mail]
- [X] gtdonneesinterreseaux : [e-mail]
- [X] GT données recherches : [e-mail]
- [X] geotamtam : [e-mail]
- [ ] UMR Caen / Le Havre
- [X] Devlog : [e-mail]
- [X] Sydre : [e-mail]
- [X] IDEES Rouen : [e-mail], [e-mail]
- [X] MAGIS : [e-mail]
- [X] Datapaper shs : [e-mail]
- [X] Ecosophie : [e-mail],

[objet] Webinaire du gt notebook - 13/04 13h30 -

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

...
Pour ce second séminaire sur les Notebooks, nous écouterons Konrad Hinsen, chercheur CNRS en sciences computationnelles en particulier en biophysique, en méta-science et évolution de la science à l'ère numérique.

L'**interactivité du notebook**, définie comme la réponse quasi-instantanée à une question posée à l'ordinateur, est très appréciable dans le travail quotidien (une fois que cela fonctionne). En fait, la limite entre un notebook et une interface graphique (GUI) est très floue (voir [ici](https://jupyter-dashboards-layout.readthedocs.io/en/latest/) par exemple). Si l'interactivité des notebooks est attractive, sa réalisation semble parfois trop contraignante. En effet, développer ou modifier un widget Jupyter est souvent trop compliqué : un bout de Python, un bout de JavaScript, le protocole de communication entre les deux et du _packaging_. D'où l'intérêt d'ouvrir le dialogue au sein du gt à d'autres types de plateforme de notebook, comme [**gtoolkit**](https://gtoolkit.com/), beaucoup plus performante sur ce point. L'**interactivité perçue comme réponse graphique à une écriture du code** permet alors de la représenter telle qu'elle s'écrit dans la relation à la machine, ici dans le cas de la visualisation d'une ["notation scientifique numérique"](https://diode.zone/w/1RUVjM5xj54gZjHXobSNUe) integrée dans un notebook.

Cette intervention sera précédée d'une courte revue de bibliographie (xxxxx) et suivie d'un retour d'expérience xxx.

...

Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce [formulaire](https://enquetes.univ-rouen.fr/793337?lang=fr).

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici (humanum gitlab page work in progress) https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/ ou là (groupe humanum gitlab)https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook.

_Pour rappel, le **gt Notebook** à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2023, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc.
La vidéo de la première session est déjà disponible ici : [LIEN VIDEO]_

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

### Webinaire 3

Ticket : https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/issues/4

- [x] DH [e-mail]
- [x] gtdonneesinterreseaux : [e-mail]
- [x] GT données recherches : [e-mail]
- [x] geotamtam : [e-mail]
- [ ] UMR Caen / Le Havre
- [x] Devlog : [e-mail]
- [x] Sydre : [e-mail]
- [x] ASR : [e-mail]
- [x] IDEES Rouen : [e-mail], [e-mail]
- [x] MAGIS : [e-mail]
- [x] Datapaper shs : [e-mail]
- [x] Ecosophie : [e-mail],

[objet] Webinaire du gt notebook #3 - Onyxia & Computo - 11/05 de 13h30/15h00 - REPORT au 24/05 de 14h30 à 16h30

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

Pour ce troisième webinaire plus conséquent (14h30 à 16h30), nous aurons le plaisir d’écouter les équipes de deux importants projets : Onyxia et Computo. C’est là l’occasion pour le gt notebook de mettre en débat les questions relatives aux Notebooks tels qu’utilisés au sein de nouveaux modèles de revues (RZine, ReScience, etc.), articulées à celles de leurs déploiements au moyen d’infrastructures techniques ou de plateformes avec l’équipe de Computo, en présence de Ghislain Durif (IGR Biostatistique à l’ENS Lyon), et l’équipe de la plateforme Onyxia, avec Lino Galiana (Data Scientist à l’INSEE) et Romain Lesur (Responsable du Lab de Data Science à l’INSEE.).

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Pour vous inscrire, merci d’indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans [ce formulaire](https://enquetes.univ-rouen.fr/739657?lang=fr).

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée le canal [GT-Notebook sur le rocket-chat d’Esup](https://rocket.esup-portail.org/channel/GT-Notebook) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

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Appel à participation : les rubriques revue de littérature et retour d’expérience du webinaire dont celui du 11 mai, reporté au 24 mai, sont aussi ouverts à contribution : si vous souhaitez proposer un court exposé ou témoignage, n’hésitez pas à inscrire votre description/projet, soit en vous adressant aux co-animateurices du gt notebook, soit directement au sein de l’espace webinaire du gitlab-humanum du gt (éditer, compléter et enregistrer le [ticket dédié](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/webinaires/-/boards)).

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Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c’est ici [humanum gitlab page work in progress](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/) ou là [groupe humanum gitlab](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook).

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Pour rappel, le gt Notebook à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2023, l’objectif est d’explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc.

En attendant l’ouverture d’une chaine Canal-U, les vidéos des sessions sont disponible ici :

[Session 1 / Quarto](https://webconf.univ-rouen.fr/playback/presentation/2.3/cad24ac6d5fe122b54365996bc9d391a67493b99-1680166785045)

[Session 2 / Interactivité](https://webconf.univ-rouen.fr/playback/presentation/2.3/cad24ac6d5fe122b54365996bc9d391a67493b99-1681902920713)

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

### Webinaire 4

- [x] DH [e-mail]
- [x] gtdonneesinterreseaux : [e-mail]
- [x] GT données recherches : [e-mail]
- [x] geotamtam : [e-mail]
- [ ] UMR Caen / Le Havre
- [x] Devlog : [e-mail]
- [x] Sydre : [e-mail]
- [x] ASR : [e-mail]
- [ ] IDEES Rouen : [e-mail], [e-mail]
- [x] MAGIS : [e-mail]
- [x] Datapaper shs : [e-mail]
- [x] Ecosophie : [e-mail],

[objet] Webinaire du gt notebook #4 - Esthétique du Notebook & Emacs - 22/06 de 13h30/14h30

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

Pour ce quatrième et dernier séminaire sur les Notebooks, nous écouterons Nicolas Rougier (https://www.labri.fr/perso/nrougier/), directeur de recherche en Neurosciences computationnelles à l'Inria et à l'Institut des Maladies Neurodégénératives (Bordeaux, France).

Nicolas Rougier nous parlera **De l'esthétique du notebook**, plus particulièrement sous Emacs :

> Les notebooks les plus répandus, comme par exemple les Jupyter notebooks, font peu de cas de l'interface utilisateur qui se résume essentiellement à des cellules que l'on peut éditer et dont l'esthétique parait un peu datée, peu fonctionnelle, voire ambigüe.
>
> De fait, on est relativement éloigné de la programmation littéraire pour laquelle il existe pourtant des exemples assez remarquables tel que le défunt journal scientifique https://distill.pub/ (notamment https://distill.pub/2020/growing-ca/). Entre ces deux extrêmes, il y a certainement un espace à explorer pour offrir de meilleures interfaces. En m'appuyant sur Emacs, qui offre la possibilité de manipuler entièrement son interface, je présenterai quelques expériences autour de l'esthétique du notebook pour explorer la manière dont cela peut influer sur leur utilisation.

*N'hésitez pas à relayer l'information dans vos réseaux !*

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Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce [formulaire](https://enquetes.univ-rouen.fr/719751?lang=fr)

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici ([humanum gitlab page work in progress](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/)) ou là ([groupe humanum gitlab](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook)).

Pour rappel, le gt Notebook à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2023, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc. Les vidéos des précédentes sessions sont disponibles au fil de l'eau sur la [chaîne Canal-U TV du GT notebook](https://www.canal-u.tv/chaines/gt-notebook/webinaire-20222023).

Cette annonce est également relayé sur le réseau français Recherche Reproductible (https://www.recherche-reproductible.fr/), une initiative nationale que l'on vous invite évidemment à suivre :)

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

## 2024
### Webinaire 5 (2024)
- [x] PR RN-FR

- [x] DH [e-mail]
- [x] gtdonneesinterreseaux : [e-mail]
- [x] GT données recherches : [e-mail]
- [x] geotamtam : [e-mail]
- [x] UMR Caen / Le Havre
- [x] Devlog : [e-mail]
- [x] Sydre : [e-mail]
- [x] ASR : [e-mail]
- [x] IDEES Rouen : [e-mail], [e-mail]
- [x] MAGIS : [e-mail]
- [x] Datapaper shs : [e-mail]
- [x] Ecosophie : [e-mail],

[objet] Webinaire du gt notebook #5 - Journal of Digital History (JDH), revue d'articles à couches multiples - mardi 02/04 de 13h30/14h30

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

Cette cinquième édition du webinaire du GT Notebook, première de l'année 2024, verra **l’équipe éditoriale du Journal of Digital History présenter l’histoire et les choix techniques & éditoriaux de la revue**.

Lancé en décembre 2020 par la publication d’un premier appel à articles, le [*Journal of Digital History*](https://journalofdigitalhistory.org/en) repose sur la notion d’article à couches multiples (*multi-layered article*), permettant aux auteurs et autrices de présenter les résultats de leur recherche (couche narrative), d’exposer leurs méthodes numériques, code compris, de manière réflexive et critique (couche herméneutique) et, quand cela est possible, de publier le jeu de données utilisé (couche données). L’implémentation des articles à couches multiples a requis la mise au point d’une plateforme de publication dont le cœur – l’environnement d’écriture des auteurs et autrices – sont les carnets de codes (*Jupyter Notebook)*. Notre présentation sera centrée sur cet usage des *Jupyter notebooks*, leur rôle dans notre infrastructure et les difficultés que nous avons rencontrées pour les adapter à un tel usage académique.

Intervenant·es :
- Elisabeth Guérard est développeuse pour le *Journal of Digital History*.
- Frédéric Clavert est professeur assistant en Histoire européenne contemporaine et *managing editor* du *Journal of Digital History*.

*N'hésitez pas à relayer l'information dans vos réseaux !*

---

Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce [formulaire](
https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/719751?lang=fr)

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici ([humanum gitlab page work in progress](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/)) ou là ([groupe humanum gitlab](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook)).

Pour rappel, le gt Notebook à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2024, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc. Les vidéos des précédentes sessions sont disponibles au fil de l'eau sur la [chaîne Canal-U TV du GT notebook](https://www.canal-u.tv/chaines/gt-notebook/).

Cette annonce est également relayée sur le réseau français Recherche Reproductible (https://www.recherche-reproductible.fr/), une initiative nationale que l'on vous invite évidemment à suivre :)

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

### Webinaire 6 (2024)
- [x] PR RN-FR [e-mail]

- [x] DH [e-mail]
- [x] gtdonneesinterreseaux : [e-mail]
- [x] GT données recherches : [e-mail]
- [ ] geotamtam : [e-mail]
- [ ] UMR Caen / Le Havre
- [ ] Devlog : [e-mail]
- [ ] Sydre : [e-mail]
- [ ] ASR : [e-mail]
- [ ] IDEES Rouen : [e-mail], [e-mail]
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[objet] Webinaire du gt notebook #6 - Episciences overlay journals et NepHAL+ & les données au sein de la revue JTCAM - mercredi 30/05 de 14h à 15h

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

Cette sixième édition du webinaire du GT Notebook, verra **la présentation des dernières évolutions de la plateforme Episciences pour l'évaluation et la publication des jeux de données et des logiciels, avec l'exemple de la revue hébergée JTCAM.**.

Episciences est une plateforme de publication de revues en accès ouvert de type "diamant" (sans frais d'accès, sans frais de publication). Une des particularités de la plateforme est le modèle de publication dit *overlay* qui lui permet de publier des contenus avec des services construits au-dessus des archives ouvertes et entrepôts de données. Le projet nepHAL+ d’Episciences a pour objectifs de moderniser l'infrastructure technique d'Episciences, créer une solution modulaire de *peer review* permettant de prendre en charge les prépublications, jeux de données et logiciels de la recherche. Le projet est adossé à l’infrastructure de recherche HAL+ qui repose sur la complémentarité des trois plateformes du CCSD. Cette solution sera ainsi liée à HAL, réutilisable par Sciencesconf.org et disponible sous une licence libre - comme tous les développements issus d'Episciences. Les partenaires du projet sont DARIAH, Inria et Software Heritage.

Un exemple de développement dédié aux jeux de données de la revue diamant JTCAM (Journal of Theoretical, Computationnal and Applied Mechanics), hebergée sur Episciences, sera présenté par Guillaume Anciaux, enseignant-chercheur associé au LSMS (*Computational Solid Mechanics Laboratory*) de l'école polytechnique fédérale de Lausanne.

Intervenants :
- Raphaël Tournoy est ingénieur en développement logiciel au Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD UAR 3668 CNRS-INRAE-Inria)
- Guillaume Anciaux est enseignant-chercheur associé au LSMS (Computational Solid Mechanics Laboratory) de l'école polytechnique fédérale de Lausanne.

*N'hésitez pas à relayer l'information dans vos réseaux !*

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Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce [formulaire](https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/719751?lang=fr)

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici ([humanum gitlab page work in progress](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/)) ou là ([groupe humanum gitlab](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook)).

Pour rappel, le gt Notebook à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2024, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc. Les vidéos des précédentes sessions sont disponibles au fil de l'eau sur la [chaîne Canal-U TV du GT notebook](https://www.canal-u.tv/chaines/gt-notebook/).

Cette annonce est également relayée sur le réseau français Recherche Reproductible (https://www.recherche-reproductible.fr/), une initiative nationale que l'on vous invite évidemment à suivre :)

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

### Webinaire 7 (2024)
- [x] PR RN-FR [e-mail]
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- [ ] UMR Caen / Le Havre
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[objet] Webinaire du gt notebook #7 - Jupyter Notebooks et Calcul Intensif (HPC) - vendredi 04/10 de 12h30 à 14h

Chères et chers collègues,

*Ce message étant diffusé largement, veuillez nous excuser pour les réceptions multiples.*

Pour cette septième édition du webinaire du GT Notebook, nous avons décidé de faire un focus sur **l'execution des Notebooks dans un environnement HPC**.

Ces dernières années, avec - entre autre- le développement rapide et soutenu du Machine Learning et de la Data Science dans de multiples disciplines, de nouvelles communautées avec de nouveaux besoins se sont manifestés auprès des équipes d'ingénieur·e·s dans les centres de calculs.

Ces usages s'appuient sur le format Notebook (Jupyter, etc.), or celui n'est pas/n'était pas historiquement conçu pour un usage sur des clusters. C'est ce qui a poussé **plusieurs équipes d'ingénieur·e·s à développer des solutions pour déléguer les calculs réalisé dans les Notebooks**, en intervenant soit au niveau de la cellule, soit au niveau du Notebook lui-même.

Nous aurons la chance d'écouter et de discuter avec des ingénieurs spécialistes de ces questions au sein de différents [mésocentres](https://www.mesonet.fr/) régionaux, chacun sur 15/20 minutes :

- **Bernard CHAMBON** est ingénieur en développement logiciel au Centre de Calcul de l'IN2P3 (CC-IN2P3, UAR6402 rattachée à l’IN2P3). Il a mis en place et est responsable de la plateforme des notebooks Jupyter. Il présentera une solution avec Dask dans un environnement Slurm.
- **Benoist Gaston** est ingénieur HPC au sein de l'équipe calcul du CRIANN (Centre Régional Informatique et d'Application Numériques de Normandie).Il est rattaché au CCFR (Centre de Compétence HPC, HPDA et IA) du projet EuroCC qui accompagne les entreprises et le secteur public dans l'usage du HPC. Il nous présentera le service Jupyter mis en place sur le nouveau supercalculateur (Austral) du CRIANN.
- **Pierre-Antoine Bouttier** est ingénieur de recherche CNRS en ingéniérie logicielle, actuellement directeur adjoint de l'UAR GRICAD. Sa présentation détaillera comment GRICAD, à travers des services dédiés ou via l'usage des supercalculateurs, offre des possibilités pour travailler avec les bloc-notes Jupyter.
- **Ludovic Courtès** est ingénieur de recherche à Inria Bordeaux. Il a fondé Guix il y a plus de 10 ans et travaille sur l'usage de Guix au sein d'environnement de calcul haute performance via le projet [Guix HPC](https://hpc.guix.info/). Il présentera [Guix-Jupyter](https://gitlab.inria.fr/guix-hpc/guix-kernel), un noyau Jupyter basé sur Guix qui vise à fournir un environnement d'exécution contrôlé et réellement reproductible pour les blocs-notes Jupyter.

Vous trouverez plus de détails sur chaque présentation à l'adresse suivante : https://hackmd.io/@gtnotebook/SJ3ahvHaR/edit

*N'hésitez pas à relayer l'information dans vos réseaux !*

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Pour vous inscrire, merci d'indiquer vos coordonnées (nom, prénom, courriel) dans ce [formulaire](https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/719751)

La séance a lieu en ligne sur BBB, en simultanée un chat sur le rocket-chat d'Esup (https://rocket.esup-portail.org/) Vous recevrez les différentes informations la veille du webinaire.

Pour prendre connaissance des activités et des futurs du gt notebook, c'est ici ([humanum gitlab page work in progress](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/site_quarto/)) ou là ([groupe humanum gitlab](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook)).

Pour rappel, le gt Notebook à le plaisir de vous proposer une série de webinaires pour 2024, l'objectif est d'explorer cet objet complexe que sont les notebooks, et cela au travers de ces différentes facettes : histoire, épistémologie, écriture, reproductibilité, plateformes, avantages et limites pédagogiques, interactivité, etc. Les vidéos des précédentes sessions sont disponibles au fil de l'eau sur la [chaîne Canal-U TV du GT notebook](https://www.canal-u.tv/chaines/gt-notebook/).

Cette annonce est également relayée sur le réseau français Recherche Reproductible (https://www.recherche-reproductible.fr/), une initiative nationale que l'on vous invite évidemment à suivre :)

Espérant vous accueillir nombreux et nombreuses,

Bien cordialement,

Pour le GT Notebook,
Sébastien Rey-Coyrehourcq & Raphaëlle Krummeich

# Web TV Canal U
- le nom et l'acronyme de votre chaine : groupe de travail notebook - gt notebook
- un logo : <img src="https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/site_quarto/-/raw/master/img/2023_logo_GT_notebook_dark_version_01.png" width="100px"/>
- une courte présentation: Le groupe de travail Notebook s’est consitué autour d’un projet d’atelier documenté et reproductible réalisé le 3 décembre 2021 à l’IMEC. Il s’agit de présenter les enjeux et problématiques du Notebook, pris comme un objet complexe au sein du cycle des données de la recherche. Le collectif émerge d’un appel à contribution lancé dans le cadre des Rencontres Huma-Num 2021 par le HN Lab sur la question de l’écriture exécutable, réinterprétée au sein du collectif comme problématique associée au literate programming.
- un mail de contact pour la chaine : [e-mail]
- le nom et le mail du responsable legal ainsi que sa fonction et son institution de rattachement : => https://www.canal-u.tv/user/23294/abonnement , UMR IDEES, IR Université de Rouen

# Eléménent pour les slides "présentation GT" [WIP]

- Genèse : Construire en interdisciplinarité un atelier reproductible pour la sensibilisation aux Notebooks, un objet complexe dans le cycle de vie de la donnée.

- Manifeste [Work in Progress](https://hackmd.io/bkJ4M0ZwRPyE-7nS9bKEJA?view):

:::info
Nous sommes vigileant·es à ce que ce lieu soit et reste inclusif de toutes les communautés, de toutes les pratiques, de toutes les initiatives, dès lors qu'elles respectent quelques règles communes. Celles-ci ne vous surprendront pas si venez de l'ESR. Nous réflechissons à l'écriture d'un manifeste du gt.
:::

- Objectifs :
- Interdisciplinarité : parce que cela se construit dans le dialogue et dans la durée :)

- Axes de réflexions et de veille (WIP) autour du Notebook
- Epistémologie de l'objet et des pratiques autour de l'objet
- Ecosophie, un engagement réflexif et critique vis à vis des pratiques du numérique
- Litératie(s) Numérique(s), pour (re)-penser l'écriture (enjeux, pratiques, etc.) au prisme de la machine et de son contexte
- Reproductibilité, comme un axe transversal de réflexion et horizon

- Mise en oeuvre au sein d'Actions, conçues et portées par les volontés des membres du GT :
- liste de diffusion
- sous-groupe(s) par axe d'intérêt
- webinaires d'une heure mensuel, CR et enregistrement
- opérationalisation
- veille sur les outils, les plateformes,
- élaboration d'une base de connaissance
- réalisation de supports et d'ateliers de sensibilisation reproductibles
- (WIP) Une journée annuelle de discussions/retranscriptions des GT ?

**Welcome Aboard !**

# Webinaires
- [Webinaire 0](https://hackmd.io/-lt1lerKQEW9rankt7e7_Q)
- [Webinaire 1](https://hackmd.io/fDeVEcoBSaii1Mfxj8NxJw)
- [Webinaire 2](https://hackmd.io/pyviWF97QAm_tHQ8wjuJcw)
- [Webinaire 3](https://hackmd.io/C4NGtozFSheSAErkNceGQQ)
- [Webinaire 4](https://hackmd.io/VkQvqZaKTM-guMlyqK8MIg)