# CR COPIL 15/12/2023

:::info
Présent.e.s :
- Raphaëlle Krummeich
- Sébastien Rey
- Konrad Hinsen
- Nicolas Sauret
- Hugues Pecout
- Pierre Poulain
- Nicolas Roelandt
- Nicolas Rougier

Excusé.e.s :
- Emilien Schultz
- Sacha Hodencq
:::

:::info
Lien vers le précédent CR de l'AG : https://hackmd.io/2SlaRwI8TResHbBux4zWCg
:::

# ODJ

- AAP JE 2024
- Actions du GT
- Futur webinaires 2024

## AAP JE 2024

### Rouen

- APPEL : https://irihs.univ-rouen.fr/fr/article/lancement-de-lappel-projets-2024-de-lirihs
- Dossier déposé :
https://hackmd.io/@gtnotebook/H1zBpS0Vp/edit

=> résultat de l'AAP en janvier

- financements possibles
appel MSH Paris-Nord - fin 2024
UMR Géographie-Cité
CIST / Labex Dynamite
APP Paris 8 (contrainte région parisienne, deadline 21 décembre)
GDR Groupe calcul / MAGIS / MADICS ?
Prises en charge labo, aide en tant que telle
RZINE (3000€ / an) = CIST

- Lieu
Institut des Systèmes Complexes
Institut Henri Poincaré, Paris (https://www.ihp.fr/fr/salles-et-services)
Amphi Bienvenüe (200 places) - Université G. Eiffel - voir N.Roelandt
Amphi à Condorcet

- Calendrier
septembre/automne 2024 (?)
Deux demi-journées

- Programme :

A déterminer, assez large pour que tout le monde puisse participer.
Prévoir du temps autour de la journée d'étude pour écrire un bout de "position paper".

---

## Actions du GT (2023 - 2024)

### [X] Digithum 12/10/2023 (Raphaelle & Seb)

Atelier DigitHum à l'ENS Ulm le 12 octobre dernier
- https://digithum.huma-num.fr/atelier/2023/
- https://shs.hal.science/halshs-04298803

### [X] DoraNum (Hugues)

Doranum sur le Notebook : https://doranum.fr/2023/12/05/2-nouvelles-ressources-doranum-programmation-lettree-et-notebook/

Commentaire de Raphaelle sur le support : https://hackmd.io/mZaj7F4fRO6iicSiw7VNmw

Encore modifiable, retours possibles.
Bulle d'informations sur le GT, faire un petit texte de présentation rapidement.
On a pas la main sur les supports, uniquement sur le contenu. Ils utilisent genialy, très utilisé dans le secondaire.

3 modules : programmation lettrée, notebook, et ils en voulaient un sur Notebook + forge logicielle. Appel a participation si quelqu'un intéressé : ex RZine / Digital History ? Konrad dit qu'il y a pas de matériel sur les forges dans l'introduction à gitlab dans le MOOC Recherche Reproductible. Vidéo de cours d'Arnaud Legrand. Peut être quelque chose à récupérer par la bas.

### [X] Rencontres Humanum Rouen (Hugues, Raphaelle, Seb)

CR (WIP) : https://hackmd.io/6cMBr7JJSUSFkRYRyWVHdw
HN-Lab ne peux pas porter l'infra de Vulcain, recherche d'autres partenaires ?
Rejet dans les DSI et HumaNum d'utiliser Kubernetes (pas de moyen humain pour maintenir: problème de recrutement)

Connecter Stéphane Pouyllau (HN Lab / Vulcain) avec Nicolas Thiery ([e-mail], Paris Saclay) pour le projet [Candyce](https://candyce.org/) (infra)
- infra réglée reste à maintenir
- proposer l'usage de vulcain dans le GT, voir comment l'infra résiste

Guillaume Lemaitre (ingé INRIA) pour le MOOC Scikit-learn :
- aspect pédagogique sur la plateforme FUN
- aspect infra : OVH prete des serveurs avec Kubernetes. Kubernetes, une des seules solutions scalables.

Suggestion de basculer dans [JupyterLite](https://github.com/jupyterlite/jupyterlite) et [webR](https://docs.r-wasm.org/webr/latest/) (P. Poulain) => fonctionne dans le navigateur mais pour des jeux de données légers

H. Pécout: avant de monter le consortium, élargir la communauté du GT Notebook entre les disciplines

Débat local vs global : sortir du "magique" pour inciter à réfléchir

K. Hinsen: Mouvement vers les *Sciences gateways* : très facile et très rapide d'accès, beaucoup de soutiens et de financements, le logiciel est caché pour démocratiser l'accès au prix que les gens se savent pas ce qu'ils font.

Journées HumaNum (dates ?) : présenter le GT, étape avant consortium qui est un projet en soit.

Raphaëlle Krummeich: l'infra impacte toute la recherche, les données sont centrales. Comment est-ce que ça impacte HN et le HN-lab ?

N. Sauret: Connecter Nakala pour accèder aux données depuis un notebook Vulcain/Callisto

N. Roelandt : PEPR 'Ville durable - Batiments innovants' (univ. Eiffel) - compétence kubernetes en cours d'acquisition

Pierre: cluster de calcul scientifique classique (ssh) + rstudio/jLab pour configurer l'allocation de ressources (SLURM). Ils sont passés à [Open on Demand](https://openondemand.org/) : l'utilisateur accède à une interface avec un paramétrage des ressources (nbre de processeurs, RAM, durée du calcul) avant de lancer un JLab ou Rstudio. Solution alternative à Kubernetes + SLURM.

Pour info, vidéos d'Arnaud Legrand sur git, GitHub et GitLab :
- [Démystifions Git, Github, Gitlab (1/3) : Notion d’historique](https://www.youtube.com/watch?v=iub0_uVWGmg)
- [Démystifions Git, Github, Gitlab (2/3) : Travailler à plusieurs](https://www.youtube.com/watch?v=4xsd8jHyVpk)
- [Démystifions Git, Github, Gitlab (3/3) : L’écosystème Git](https://www.youtube.com/watch?v=5EFyKBF1wWw)

### [X] Ateliers écosophie du numérique (collectif EVEille)

https://www.misha.fr/agenda/evenement/ateliers-ecosophie-du-numerique-session-2023-2024

Ateliers, repartir du système UNIX. Mettre pied à l'étrier des collegues littéraires : VIM / Shell. Connection à faire, atelier 30/11, question du langage, "exprimer en langage naturel la commande opéré par le shell" = rendre intelligible le code, ou des représentation de données = entrée intéressante aussi pour le Notebook. Poser question de l'expression en langue naturelle.
Rejoint le *literate programming* mais ce n'était pas écrit mais énoncé.

### [X] Envoi Newsletter 08/01/2024

titre de ce lien ? https://hackmd.io/2SlaRwI8TResHbBux4zWCg#MAIL-newsletter-2024

Ecriture collective :
- Actions passés rédaction par chaque membre porteur,
- Actions futures, répartition de la rédaction
- Liens intéressants 2023 peut être ajouter une partie lien ou tout le monde abonde.
- Zotero

### [X] Participation Réseau Recherche Reproductible (Grenoble 26 au 28 mars 2024)

Réunion à 10h, N. Rougier nous donnera les infos.
Présentation du GT
Copil en Mars, 1 personne par GT pour être dans le COPIL du réseau
Plusieurs groupes de travail, formation Recherche Reproductible
GT Notebook existe déjà donc ça pourrait être l'ocas de faire la pub de la journée fin 2024 = Présenter le travail du GT et l'ouvrir à plus de personnes = Faire le pont entre les différentes communautés

Montage d'un atelier ?

### [X] intervention de Konrad - vidéos des OpenSciencesDays disponibles
Toutes les vidéos :
https://videos.univ-grenoble-alpes.fr/recherche/open-science-daysuga-2023/
Celle de Konrad : https://videos.univ-grenoble-alpes.fr/video/28492-ethique-et-reproductibilite-dans-la-diffusion-des-resultats/

---

## Webinaires 2024

Périodicité du webinaire: 1/ mois à compter de février-mars 2024

### Proposition Raphaelle :

> [name=Rey] Je te laisse compléter @RaphaelleK , tu avais écris des choses il me semble sur un doc :)
> [name=Raphaëlle] oui, il s'agit de questionner le langage (naturel, informatique, sémiotique) et sa "traduction" à l'aide ou dans un notebook au moyen d'exemples.
> Un premier texte complexe (WIP à travailler) figure en amont de la proposition de webinaire :
https://hackmd.io/yeXt7jzHTxy9K6WAABjdOQ?view
> Un second explicite le projet de manière simple et courte. Il s'agit du paragraphe suivant, dans la réponse à l'AAP de co-financement de colloque, que je reprends ici :

*En 2024, le GT organise sa première journée d’études fondée sur une double question relative au langage : celui, informatique, du code, exécuté dans le notebook et son environnement, et celui explicité dans une langue (le français, l’anglais) ou par l’image (visualisation) par exemple, en lien avec les diverses fonctions épistémiques des notebooks étudiés.
En d'autres termes, il serait possible d'appréhender le sens d'un fragment de code par un "rendu" de son exécution au sein d'un notebook, voir, à contrario, de comprendre une formalisation mathématique ou une visualisation de phénomènes complexes par une lecture/écriture/exécution empirique de code dans un notebook.*

2 approches du notebook:
- rendre intelligible du code
- comprendre un formalisme mathématique par l'exécution de code : traduction en utilisant le code Parce que l'on comprend le code, on comprend la formulation mathématique
- comprendre ce que le code fait aux données par une visualisation des résultats du traitement (& proposer un "discours" sur celles-ci)
- etc. (autres cas d'usage de "traduction")

Sébastien R.: Ouvrage [stats bayesienne](https://www.routledge.com/Statistical-Rethinking-A-Bayesian-Course-with-Examples-in-R-and-STAN/McElreath/p/book/9780367139919): critique beaucoup de formules mais pas d'implémentation en code donc fournit équations et code R associé, réduction d'ambiguité, multiples implémentations des formules maths. Complément Pierre Poulain, contact potentiel qui traduit très rapidement les formules en code pour son enseignement pour une intervention en webinaire

Konrad H. : [Are We a Model or a Document?](http://code.fed.wiki/view/are-we-a-model-or-a-document)
- Ward Cunningham, inventeur du wiki
- réflexion sur le wiki fédéré
- difficulté à garder un accès simple à l'information tout en gardant l'arborescence et les liens visibles/accessibles

Raphaëlle K: [Epistémologie du modèle - Des Humanités syntaxiques ? Nicolas Sauret](https://www.sens-public.org/articles/1287/)

Mots problématiques car polysémique selon les disciplines:
- modèle
- language

Croisement entre Foucault et Kubernetes au sein du GT ?

Alimenter la perception des données, place du notebook entre les données et le papier (*data paper*)
https://hackmd.io/T_-VP3dKS_adR0ylnnejhg
- Qu'est-ce qu'un article scientifique ?
- Qu'est-ce qu'une donnée ?
- Quelle est l'articulation que fournit un notebook entre la donnée et l'article scientifique

### Proposition Konrad :

> [...] une proposition pour un futur Webinaire : on devrait inviter quelqu'un du "Journal of Digital History", qui à ma connaissance est le seul journal scientifique qui utilise Jupyter (avec plein d'extensions) comme format de soumission pour ses articles, et qui a une plate-forme technique assez sophistiquée pour la publication : https://journalofdigitalhistory.org/

<details><summary>éléments techniques : list of most important links</summary>

- Docker Desktop
- Jupyter Notebook
- Github Desktop
- JDH jupyter stack in Github
- JDH repository in Github for Python
- JDH repository in Github for R code
- JDH Zotero group
- When using R code, activate the R kernel
- Installation guide for Anaconda, if you’re using it instead of Docker
- Getting started in Markdown
- Basic syntax in Markdown
- Extended syntax in Markdown the extended syntax.
- Chicago style citation guide
- License Type CC-BY or CC-BY-NC-ND
- Run a local preview or with the public Github notebook here
- Experiment with the fingerprint
</details>

>co-fondée par F. CLavert :
https://www.c2dh.uni.lu/data/historian-cultures-epistemology-and-methodology-history-digital-age-culturhist
> https://hal.science/hal-03251449

=> prendre contact : réalisation (jupyter) & acceptation dans la communauté

avec Emilien S.

### Proposition de Pierre :
> Open on demand - démonstration : https://openondemand.org/

Système récemment déployé sur le cluster de calcul de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB)

---

## Divers Organisation
- le site web du gt (voir notamment le nom de domaine, l’organisation générale etc.)
- reprendre la base de connaissances (en lien avec Zotero), qui repartirait sur une écriture org/org-roam.
- alimenter au fil de l'eau
- en markdown mais pas avec les outils habituel => revenir vers org-mode
- https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/nix/wiki-pandoc-nix/#home
- rester sur hackmd et en markdown avec forge ? ZK
- Trouver un moyen de meler les deux approches (Collaboratif Codimd/Hackmd vs Asynchrone Git/Forge) sans changer les outils des uns et des autres.
- Sur ces deux volets ci-dessus, nous pouvons nous organiser en parallèle via le gitlab.
- la charte : https://hackmd.io/bkJ4M0ZwRPyE-7nS9bKEJA
- un article de position du GT sur le notebook, ébauché ici :
https://hackmd.io/T_-VP3dKS_adR0ylnnejhg?view