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國網台灣杉一號使用經驗 - mcdlee

tags: COSCUP2020 中階 RB105

歡迎來到 https://hackmd.io/@coscup/2020 共筆

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請從這裡開始

自我介紹

  • 高雄榮民總醫院核子醫學科醫師
  • 2006 接觸 Linux (Ubuntu)
  • 2009 接觸 OpenStreetMap
  • 受自由軟體文化浸泡入味的醫療人員

還願

  • 2019/9/10 Facebook 貼文

核子醫學

  • 將放射性同位素應用於臨床用途（不同於直接使用放射線進行醫療）
    • 簡體檢驗
    • 影像診斷
    • 治療
      • 破壞目標細胞、腫瘤

碩士論文

  • 蒙地卡羅模擬進行釔-90放射栓塞治療的輻射劑量分布
  • 使用亂數來解決很多計算問題的演算法
    • 確定演算法是算出機率。蒙地卡羅是在一個虛構的環境直接跑跑看，在這個虛構的環境拼命丟骰子

Beta ray 的命運

  • 減速過程中將能量留到經過處

Monte Caarlo Simulation 的角色

GATE(GEANT4 application for tomographic emission) 為開源的蒙地卡羅模擬軟體

  • 計算物質分佈、輻射劑量

暴力

  • 需要很快的電腦進行運算

本來的作法

  • 原價屋買的電腦（~60000NTD）

Ubuntu 的世界很單純

  • 只要系統是 Ubuntu 安裝就不困難
    • 教學文章複製貼上，dependency 就裝好了！
  • 用 ssh 連結筆電和主機（主機放在家裡的機櫃）
  • 用 scp 傳檔案
  • 用 tmux 管理 session
    • 辦公室開完工作後回家看進度
    • server沒關掉session就不會死掉
    • 可分割視窗同時開多個終端機（下指令、看產出、同時做很多實驗）
  • 運用 command > log.txt 把輸出留下來並監控進度
    • 用 tail 命令看log
  • 就這樣順利畢業了

去年和今年有研究計畫

  • 觀察病患的治療效果
  • 申請醫院的研究計畫，有錢就要花掉不然會被追殺
    • 經費不能買硬體，但廠商不給租借
    • 改用台灣杉

台灣杉

  • 要使用 ssh 登入的話要申請主機帳號
  • 國網中心 iService
  • 論文成果須登錄
  • 除密碼外要使用 OTP 驗證
  • 要自己灌軟體在家目錄（不像 Ubuntu 的世界很單純，系統是 RedHat）
  • 可以使用 scp 和 sftp（要過 OTP）
  • 可以使用 tmux 的分割視窗功能但不能延長 session

安裝方式

  • ROOT→GEANT4→GATE
  • CMAKE要什麼就裝什麼
  • 主機提供的 CMAKE 版本太舊要用自己編的

收費方式

https://iservice.nchc.org.tw/nchc_service/nchc_service_qa.php?target=54

  • 使用到計算叢集的計算節點才收費
  • 購買額外的儲存空間要收費
  • 如果是科技部計畫直接打1折
  • 收費非每月結算用預付卡

提交 job 的方法

  • 把要運算的資料和 script 準備好
  • 加上一個執行它的 bash script
    • 要寫架構需要的特殊註解指定運行時間上限等細節
  • 記得 dos2unix
  • chmod u+x foo.sh
  • qsub foo.sh

運算效能

  • 運算時間從 20 小時變 42 小時，可能是 CPU 時脈造成
  • 並行、GPU 運算待利用

肯定體驗

  • 客服親切
  • 中文文件且持續更新

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