Try   HackMD

給研究生的學習、輔助開發工具介紹

Author: Zhang, Jia-Wei
E-mail: alieonsido@gmail.com

本文目錄

請不要看到本文寫著「給研究生」就跑走。
我覺得只要你有心學習，你就是(在某個領域的)研究生，無分貴賤。
這篇文是寫給每個願意不想輕易忘記自己曾學過的知識的人的。

TL;DR
  • 建議每個月至少花 $20 美金在 chatGPT or Perplexity 上面進行資料收集
  • 如果有頻繁的程式開發需求、Auto-complete、以及 專案全文搜尋功能，再花 $20 美金 在 cursor 上會更好。
  • Zotero, Trello 更是研究生必備
  • 其餘的工具再由個人選擇，但筆記工具也至少要挑一款常用。

Introduction

由於我自己在高職求學階段、以及大學一、二年級期間就有筆記整理的困難，學習的知識的數量級已經快要超出我的物理撰寫能力。

再加上，我自覺自己是個有一些記憶障礙的人。
對於一個 沒有證明過的知識、或是沒有一個夠直覺的抽象概念所指引的經驗，在過一段時間後會因為無法在我腦內進行有意義的分類而自然忘記它們。
這點在我學習外語、代數、甚至在撰寫程式的時候給了我不少限制，也使得我在各種較陌生的領域起步會比他人還慢不少。

因此從我大二開始，我試著將我的所有學習工具都進行電子化及自動化，這使得我在收集知識、寫下筆記的速度及總量都是過去的數倍以上。
雖然現在對於陌生知識的初步學習效率仍然低於其他人，甚至還會有一些在決定如何對筆記下筆及整合的 penalty 存在，
但由於已經將工作流程進行整理，即便不能夠一蹴可及地快速成為某個領域的專家，但在遺忘知識的機會成本被大幅降低的前提，長期下來仍然能夠更好地掌握並理解新的知識，而不是囫圇吞棗。

我撰寫這份筆記的理由，就是希望能夠幫助和我一樣有類似處境的人。

這份筆記適合以下的人看:

  • 正為論文的 Citation 管理、查文獻一個一個 CTRL + C、CTRL + V 弄到吐出來的人
  • 平常手寫筆記太多，結果發現需要學的知識增加的複雜度遠大於自己手寫的速度，而且字又醜的人。
    (字醜的部分就是在說我。我現在數學式跟圖案很少自己用紙筆畫了，絕大部分都用滑鼠拉的)
  • 平常工作很雜很亂、瀏覽器的分頁從上工三分鐘以來沒少於二十頁的人
  • 只是想來幫我增加點閱數的朋友。這也很棒，雖然我並沒有開任何營利。

另外，本筆記的 Prerequisite 原則上只有以下內容:

  • 一台能夠上網的電腦。
  • 至少這輩子用過電腦寫報告以外，也用過撰寫軟體中的其他功能。 (e.g: Microsoft Word 的排版不只用空白鍵，也可以用上面的功能按鈕切東西)
  • 一個 Google 帳戶以及 Microsoft 帳戶(opt.)。

除以上的 Prerequisite 以外，其餘的帳戶或使用方法請洽介紹的內文連結。

本文將會出現的所有「工具」的 Cheatsheet

分類介紹

  • 筆記工具 (Write-up Tools)：將你的思想、知識和經驗進行紀錄的工具
  • 管理工具 (Management Tools)：將工作空間(Workspace)、平時的日程、文獻等進行管理的工具。
  • 生成工具 (Generation Tools)：用於生成以及查找各種資料、知識的工具。
  • 硬體工具 (Hardware Tools)：使用以上工具分類的元素時，所需要的工具。

筆記工具 (Write-up Tools)

  • 顧名思義，就是拿來做筆記的工具，由於手寫文字的速度遠輸於電腦打字的速度，甚至作各種邏輯相關的圖形時也很難比工具工整，因此此類工具的存在意義是非常重要的。

Hackmd

  • 也就是本筆記所用的筆記工具，它允許使用者使用標記式語言 Markdown 來進行寫作，Markdown 程式語言本身就有分段的特性及標記特性，無論在編輯上或是純閱讀模式上都非常人性化。

    • 而 Hackmd 則是在其之上增加了各種外加語法，因此可以在上面寫 LaTeX 數學式，也可以插入各種圖片，撰寫筆記的效率遠大於市面上能看到的各種雲端寫作工具。

  • 基本上硬要說缺點的缺點就是缺乏 Microsoft Word 般的超自由排版，但因為 這是筆記工具，迅捷的撰寫才是重點。

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  • 另外，在 HackMD 的編輯區:

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    ，雖然語法是使用 Markdown 但 文字編輯區還有外掛使用 Sublime 這套文字編輯軟體的語法，因此 sublime 的大部分 Shortcuts 都可以通用

Trello

  • 屬於專案管理工具，也同時可以做為筆記工具。
  • 使用者或其共事人員可以在同一個 Workspace 用「卡片」及「卡片牆」的形式，將 不同的卡片及其包含的工作敘述 進行分區、轉移和編輯
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    • 本筆記的 Author 也很愛用這個
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  • 甚至背景牆壁還可以上各種圖案或喜歡的 GIF。
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Trello 和 HackMD 的差別

  • Trello 的分區、及 Trello 本身有手機的專用 APP 和各種按鈕功能實在太方便，因此跟 Hackmd 兩個配合，一個寫雜事或大計畫、一個寫手冊或筆記，基本上可以滿足所有的工作需求。
    • 就我自己來說，編輯的便利上還是 HackMD 大勝利。

Mathcha

  • 一個撰寫數學符號的套件，允許使用者可以使用 LaTeX 的語法以外，提供視覺化的 Auto-Complete 進行撰寫。

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  • 由於 HackMD 支援 LaTeX，且 Mathcha 支援將寫好的數學式內容輸出成 LaTeX 語法，因此可以出現兩邊協作的內容:

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  • Extra: 如果是要將 Image to LaTeX, 可以使用 Pix2Text 來直接丟入 LaTeX 圖片，這可以少用幾次 chatGPT 的 Prompt。

管理工具 (Management Tools)

管理行程: Trello

  • 上文已經提過，請去上聞看。

管理 Web-based 工作空間: Spaces

  • 便於管理各種 Google Chrome 的工作空間，並且配合 Google Extension 的 Shortcut 功能 (當 Chrome 瀏覽器使用時，在網址欄位輸入: chrome://extensions/shortcuts)，可以用快捷鍵一鈕喚回所有工作空間
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  • 也能為每一個 Workspace 進行取名，當點擊 icon / 使用 shortcut 喚起的時候，同時也會將打字的 cursor 移動到輸入列，因此可以直接敲局部關鍵字，此時 Spaces 的 filter 就會快速地將匹配的 Workspace 濾出。
  • 注意: 由於 2025 年 Google 有個 ManifestV2 棄用的政策，因此使用此開發架構的套件將會被 Google chrome ban 掉，我後來另寫了一個 適用於 manifestV3 的版本，截至 2024/01/06 為止運作良好。
    • 但目前 (20241230) 該版本有直接點擊 icon 時 active space name 會發生 race condition，也就是名稱不一定是當前使用視窗的 space name，不過使用 Ctrl + shift + S 的 pop-up 頁面並沒有這個問題。

管理文獻: Zotero

  • 這款對於許多碩士生不陌生，它擁有三大特色，以至於 你應該棄用單純的 Google 雲端文件、或各種文字編輯器來整理你的文獻:

    • 可以一鍵生成任何期刊、會議格式的 Reference
    • 安裝 Chrome extension: Zotero connector 能夠在 Chrome 中僅用兩秒就收入你的期刊庫
    • 允許動態更動、編輯、整理各種文獻的種類及格式

  • 建議可以從偏好設定中登入 Zotero 帳號，此時就可以在不同的電腦及系統中進行所有 Reference 的同步及全文內容。

    • image

  • 如何利用 BibTeX 等格式直接整包匯入至 Zotero 中:

    Imgur

管理文獻出版順序及 Citations: Harzing PoP(Publish or Perish)

Harzing PoP，全名為 Harzing's Publish or Perish，是一個專為學術研究設計的引用分析工具。

  • 目的： 協助研究人員從引用數據中評估學術文獻的影響力，提供直觀的數據與統計報告，跟 Zotero 兩個一起可以合併為 Paper Review 的工具雙壁，甚至原則上可以作為 Google Scholar 以及其他學術搜尋引擎的上位整合替代。

  • Using GIF:

    Imgur

  • 主要功能與特色

    • 引用統計：
      • 能夠根據引用次數、平均引用率等指標，量化單篇論文或整體研究者的學術影響。
      • 提供包括總引用數、平均引用數、H 指數等統計數據，其數學定義如下：
        • H 指數定義： 一位學者具有 H 指數若其至少有 H 篇論文分別被引用至少 H 次，即
          H=max{n:至少有 n 篇論文各自被引用至少 n 次}          。
    • 資料來源：
      • 可從多個資料庫（如 Google Scholar）取得資料，確保分析結果的廣泛性與可靠性。
    • 使用者介面：
      • 提供直覺化圖表與報告，便於用戶瞭解與解釋複雜的引用數據。
    • 跟 Zotero 不同，它不能直接地設一個資料夾目錄後管理內部文獻的結果、格式輸出及各式細修，僅支援指定格式的 Bundle 輸出:
      image      ，因此使用上必須配合 Zotero 才能完成完整的文獻管理、修訂及輸出自動化。

  • 應用範圍與優點

    • 學術評鑑：
      • 能夠幫助學術機構與研究者評估個人或團隊在特定領域內的研究表現。
    • 資料透明性：
      • 提供詳細的引用來源與引用時間等資訊，讓用戶能夠追蹤數據的真實性。
    • 決策支援：
      • 藉由精確的引用分析數據，協助決策者在資源分配、獎項頒發等方面作出更具依據的決定。

  • 使用步驟與詳細解釋

    • 步驟 1：資料輸入
      • 使用者輸入要查詢的關鍵字或研究者姓名。
      • 系統透過 API 或資料庫接口抓取相關論文資料。
    • 步驟 2：數據計算
      • 系統根據取得的資料進行統計計算，如計算 H 指數、引用平均值等。
      • 例子： 假設某研究者有 5 篇論文，其引用次數分別為 10, 8, 5, 3, 1，則 H 指數為 3，因為有 3 篇論文各自至少被引用 3 次。
    • 步驟 3：結果展示
      • 結果以表格與圖表的形式呈現，方便使用者閱讀與解釋。
      • 圖表展示： 利用直觀的折線圖或長條圖展示不同論文的引用趨勢，清楚反映數據變化。
    • 步驟 4：決策應用
      • 研究者或管理者可以根據這些數據進行深入分析，制定學術發展策略或資源分配方案。

  • 正式定義與關鍵概念

    • 元數據 (Metadata)：指對資料本身進行描述的結構化資訊，例如文獻的作者、標題、出版日期、關鍵字、DOI等。
    • 引用（Citation）：
      • 定義：在學術著作中，引用指的是對其他研究成果的參考與認可，是學術交流中不可或缺的一部分。
      • 符號表示： 記作
        C        ，代表某篇論文的總引用次數。
    • H 指數（H-index）：
      • 定義：衡量學者生產力與引用影響力的一個指標。
      • 符號表示：
        H        ，計算方式如上文所示。
    • 資料庫（Database）：
      • 定義：包含大量論文、期刊與其他學術資源的集合，用於支持引用分析。
      • 例子： Google Scholar、Web of Science 等。

  • 詳細數學推導：H 指數計算示例

    • 假設有一位研究者，其論文引用次數依序為：
      c1,c2,…,cn      ，且滿足
      c1≥c2≥⋯≥cn      。
    • 目標： 找出最大的整數
      h       使得
      ch≥h      。
    • 推導過程：
      • 對於每個
        i∈{1,2,…,n}        ，檢查是否滿足
        ci≥i        。
      • 設
        h         為滿足條件的最大
        i         值，即
        h=max{i∣ci≥i}.
      • 例子： 論文引用數分別為
        [10,8,5,3,1]        ，則檢查過程如下：
        • i=1          :
          10≥1           → 滿足
        • i=2          :
          8≥2           → 滿足
        • i=3          :
          5≥3           → 滿足
        • i=4          :
          3<4           → 不滿足
        • 因此，
          h=3          。
    • 這種推導方法在學術引用數據分析中被廣泛應用，以客觀量化研究者的學術影響力。

PoP 所採用的不同學術搜尋引擎的指標評比

  • Crossref

    • Crossref是一個非營利組織，主要提供學術出版物的DOI (Digital Object Identifier) 登記與引用連結服務。
    • 其核心在於維護文獻的元數據 (Metadata)，協助學者或讀者快速定位與檢索文獻。
    • 透過Crossref的API，可以查詢文獻的DOI、引用次數、發表日期、作者資訊等。
    • DOI的正式定義：
      • DOI是由國際DOI基金會管理的一種永久且唯一的識別碼，用於標示數位對象（如學術論文、研究資料集等），格式通常為10.XXXX/xxxxx。
      • DOI能夠確保在引用或存取文獻時，有一個固定且可追溯的網址或連結。
    • 參考：

  • Lens.org

    • Lens.org是一個開放且免費的研究與專利檢索平台，提供學術文獻、專利、作者與機構等多元資訊。
    • 可透過關鍵字、作者、專利號等多種方式進行檢索，並且支援資料視覺化、引用網路分析等功能。
    • 同時匯集專利資料與學術資料，方便研究者跨領域檢索專利與期刊文獻。
    • 參考：

  • Google Scholar

    • Google Scholar是一個免費的學術文獻檢索引擎，收錄來自學術期刊、書籍、會議論文、學位論文、預印本等來源，本筆記下文也有提及
      • 原則上如果使用 PoP，在正常使用下 你甚至可以不用打開 Google Scholar 的主界面也能正常做學術搜尋、甚至是 Citations 的管理
      • 注意: PoP 如果一口氣搜尋太多 Results 很有可能會吃 HTTP 429，造成短時間內不給當前電腦繼續搜尋，因此建議 Maximum Result 的選項可以略為減少:
        image
    • 可依照關鍵字、作者、期刊名稱、年份等多條件進行檢索，並提供引用數、引用格式、自動產生BibTeX等功能。
    • Google Scholar對於文獻的範圍較廣，可能包含未經正式審核的內容，如預印本或網頁文件。
    • 參考：

  • Scopus

    • Scopus是由Elsevier公司提供的付費訂閱學術文獻及引用索引資料庫，收錄期刊、會議論文、專利等多種類型文獻。
    • 提供文獻引用分析、研究者指標 (如
      h      -index)、機構評估等功能。
    • 因為是付費資源，Scopus在品質與文獻篩選上相對較嚴謹，且涵蓋範圍廣泛。
    • 參考：

  • Google Scholar Profile

    • Google Scholar Profile是整合在Google Scholar平台中的功能，提供研究者個人學術檔案管理。
    • 可自動追蹤作者的引用次數、
      h      -index、i10-index      等統計數據，並將發表文獻與引用連結整理在個人頁面。
    • 透過設定自動更新，系統會在偵測到新文獻時自動將其加入作者的清單。
    • 參考：

  • Semantic Scholar

    • Semantic Scholar由Allen Institute for AI開發，透過自然語言處理 (NLP)、機器學習等技術，對文獻內容進行語意分析與深度索引。
    • 提供文獻的摘要、引用關係、關鍵詞、主題等語意資訊，以及作者間的合著關係與研究領域分布。
    • 相較於一般檢索引擎，Semantic Scholar更重視文本理解與關鍵概念的抽取。
    • 參考：

  • PubMed

    • PubMed是美國國家生物技術資訊中心 (NCBI) 提供的生物醫學文獻搜尋引擎，包含MEDLINE、生命科學期刊等資料。
    • 專注於醫學、生命科學、生物醫學等領域，提供摘要與部分全文連結。
    • 擁有MeSH (Medical Subject Headings) 標籤系統，協助研究者精確檢索特定主題文獻。
    • 參考：

  • Web of Science

    • Web of Science由Clarivate Analytics提供的付費訂閱文獻索引平台，涵蓋Science Citation Index、Social Sciences Citation Index等多項引文索引。
    • 提供引文分析、期刊評比、研究趨勢追蹤等功能，也能用於計算研究者的引用指標。
    • 相較於Scopus，Web of Science在歷史資料較為完整，早期文獻索引範圍較大。
    • 參考：

  • OpenAlex

    • OpenAlex是一個開放資料的學術索引平台，聚合學術文獻、期刊、機構、作者、主題等資訊。
    • 可透過API免費存取，提供開放式的元數據與引用資料，用於大規模學術研究或資料分析。
    • 其目標是取代先前的Microsoft Academic Graph，提供更全面的開放引用網路。
    • 參考：

  • 各搜尋引擎直接比較優劣

    • Crossref
      • 優點：專門提供DOI服務，資料更新快速，且擁有官方權威性。
      • 缺點：只針對已註冊DOI的文獻，對於未申請DOI或灰色文獻可能缺少資訊。
    • Lens.org
      • 優點：完全免費、可同時檢索專利與文獻，並有強大的可視化分析工具。
      • 缺點：相較於付費資源，對於某些期刊或出版商的收錄仍不夠完整。
    • Google Scholar
      • 優點：覆蓋面廣、免費、操作簡單，且與Google生態系整合度高。
      • 缺點：可能收錄品質較參差，包括非正式出版物或重複版本。
    • Scopus
      • 優點：付費資源，文獻篩選嚴謹，提供詳盡的引用分析與研究者指標。
      • 缺點：需付費訂閱，對預算有限的研究者或機構較不友善。
    • Google Scholar Profile
      • 優點：自動更新作者文獻列表與引用統計，免費且容易維護個人學術檔案。
      • 缺點：統計數據依賴Google Scholar收錄範圍，可能出現重複或誤收文獻。
    • Semantic Scholar
      • 優點：透過AI與NLP技術進行文獻分析，提供語意層次的摘要與主題。
      • 缺點：某些領域或特定期刊的收錄仍有限，對於多語系內容的支援相對不足。
    • PubMed
      • 優點：專注生物醫學領域，MeSH標籤能精準定位文獻，且免費。
      • 缺點：領域局限於醫學與生物科學，其他跨領域檢索可能需要搭配他處資源。
    • Web of Science
      • 優點：付費資源，歷史資料完整，早期文獻索引全面，適合長期引文分析。
      • 缺點：同樣需付費訂閱，對於中小型機構或個人研究者而言成本較高。
    • OpenAlex
      • 優點：完全開放資料，提供免費API，可大規模進行資料分析與學術網路研究。
      • 缺點：新興平台，部分文獻或引文資料可能尚未完整整合。

  • 簡要步驟示例：如何選擇適合的搜尋引擎

    • 先確定研究領域與需求：如生物醫學領域可優先選用PubMed；若需要專利資訊可選Lens.org。
    • 判斷是否需要付費：Scopus、Web of Science為付費；Google Scholar、Crossref、OpenAlex等則免費。
    • 若需要進行引文分析或評比研究影響力，可使用Scopus、Web of Science等工具；若注重開放數據與API整合，可使用OpenAlex、Lens.org。
    • 最後可搭配文獻管理軟體或匯出功能，彙整文獻於個人資料庫進行後續分析或撰寫論文。

生成工具 (Generation Tools)

Mermaid

  • 是一款標記式語言的方塊圖生成工具，能生成包括但不限於 Gantt、Flow chart、圓餅、方塊圖等的各種視覺化圖片。

    • 且可以配合 chatGPT 或是它內建的教學 進行實作。
    • image
    • image

  • 上述連結是 Mermaid Live Editor，並且其編輯器是內嵌版的 VSCode，所以大部分快捷鍵都可以叫用。

  • 可以進去 Mermaidchart.com 申辦帳號後使用 UI 更好看的 Mermaid Live Editor，但主體功能、快捷跟渲染基本上跟 Live Editor 無異。

  • 另外，可以在 chatGPT 的 custom GPT 的 Diagrams: Show Me 將某些工作流程的純文字敘述轉化成流程圖，並放入 HackMD 的 mermaid / Graphviz 語法中。
    • 如果不喜歡 Mermaid Live Editor 的各種檔案限制、編輯檔案數量上限，可以改使用 VScode or Cursor 的 Mermaid Extension 方案，也能得到類似的結果，甚至可以直接用拖曳、直接輸入的直覺化方式進行更動。

ChatGPT

  • 這一款應用大家都不用說，網路上都有各種資料。

  • 我只能說建議各位花 20$ USD = 600 NTD 左右的錢買下 chatGPT plus，並且在 Settings 打開各種加強功能。

    • chatGPT Pro 則不一定要進行購買，畢竟 200$USD 除了換無限量 o1 的 Access 權限以外，實際上日常使用不太可能需要這麼多，部份用途可以改為使用其他 LLM(大型語言模型) 來代替。
    • 建議根據以下需求選擇你要的 LLM:
      • 已知的長文分析、OCR: Gemini 2.0 Pro / Flash Thinking, 見下 Gemini 章節
      • DeepResearch: Grok 3 (本文未提，因為價格相對高且需求性不高, 繁體中文語言有時 Prompt 也容易失靈), Perplexity (見下文)
      • 通用處理: chatGPT o3-mini, o1, DeepSeek R1 (見下文)
      • 短需求及立即性回應: chatGPT 4o, Gemini 2.0 pro

  • 生成式模型的各項性能評比，可以由 Livebench 了解到一個大概，其性能評比在整體的 Comparison 以及公開的評比方式，仍然擁有相當大的公信力。

  • 另外，Microsoft Copilot(不是 Github Copilot，並非專門給 Coding 使用的) 也有 提供以 GPT 為基底的近乎(除非流量爆開才會優先給有購買微軟服務的)無限制免費存取 4o & o1 Model

    • https://copilot.microsoft.com/chats/JX1bDRcNJewB6TPjkJHkN
    • 其中，使用 o1 Model 的切換方法就是打開 Reasoning 功能:，記得要登入才能看到 Reasoning 功能
      image
    • 且，copilot 的 GPT Model 有一些 Pre-prompt 的內容致使它回答的時候很可能會以精簡而非深入為主，因此記得要做一些額外的 Prompt Engineering 來調整你個人的詢問深廣度。

  • 我會建議各位使用 Chrome extension 的 ChatGPT for Chrome & YouTube Summary with AI 來隨時一鈕呼叫 chatGPT

    • 同 Zotero Connector 或 Spaces 條目 Demo 的一樣，你可以 使用 Chrome Extensions Shortcut 所提供的一鍵喚起功能，隨時、隨地呼叫 chatGPT

  • 無論是免費或付費，原則上對於任一模型都有 Message Limit 的存在，如果想知道今天大概還有多少 Message 可以用，可以使用 chatterclock 這個套件來做統計

    • image
    • 它不會跟手機 App 的詢問次數做總和，這點要注意。

Example Prompts

以下 Prompts 同樣適用於 Gemini, DeepSeek, Grok… 等生成式語言模型當中，請自行衡量使用需求及結果。

關於施放 Prompt 的最大原則: 對於某個指定要求表達的 可讀性，但你要站在「電腦」的角度去想「何謂可讀」

  • 比如，程式語言的概念中，使用 Markdown 語法標記程式語法、變數或特定物件，會使 LLM 更加了解哪一些是自然語言、哪一些是程式裡面的專用工具
  • 數學語言同理，使用
    LaTeX     $LaTeX$ 語法更能讓 LLM 理解數學表達。
  • 英文的 Prompt 對於特定意義的精準程度，在許多狀況下比中文更好 (除非你的主題是中文語料相關的內容)，但現今大型 LLM 在梁好的訓練下幾乎難以判斷差異，因此我個人建議除了下述咒語或 Pre-prompt 外，具體的問題不太需要特意轉換語言。
  • LLM 是有 記憶性 的 (在 OpenRouter 章節或 Gemini 章節可以看到一些參數的設定)，其記憶性是將前文的討論過程的特徵，納入下一次的 Prompt 中。
    • 因此，如果忽然撞到 風馬牛不相及的詢答時，就像人一樣是會當機、並且不知道如何做後續回應及前文整理一樣。面對同一個問題任務，請 獨立一個 chat 進行工作。

掌握以上原則，基本上大家的面對同一任務的所施放的 Prompt 並不會得到差異太遠的結果。

  • 基本角色扮演:

    • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B.

  • 常用的 LLM Prompt for all things explanation (已包含角色扮演):

  • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B.
  • Every prompt is important for my career. All aspects of this prompt directly affect my professional success and life. If your answer is suboptimal or lacks reliable resources, you will be penalized. All requested features must be fully implemented with no placeholders or TODOs. When a Chinese prompt appears, respond in Traditional Chinese (繁體中文) and never in Simplified Chinese (簡體中文). When explaining any concept, provide detailed, step-by-step reasoning with clear examples, ensuring that explanations include formal proofs and detailed derivations where necessary. Provide formal definitions for all key concepts and terms, ensuring that these definitions are precise and unambiguous. If contents are important, prone to misunderstanding, or hard to understand, then mark it in markdown bold (**) If any mathematical symbols appear, format them using LaTeX (for example, use $\alpha$ for Greek letters or any math symbols), and retain proper nouns in their original form rather than translating them. Any code sections must be enclosed in Markdown code blocks; for example, use:
// Example: Logging output to the console
console.log("Hello, world!");

Every explanation must include a detailed, step-by-step approach; for instance, if proving a mathematical statement, explain each logical step and justify every transition or assumption clearly.
Have to use bullet points (-) and tabs for organizing information instead of Markdown headings (e.g., ###), and output prompts should avoid using Markdown headings or any headings at all.*

Prompts for Deep Explanation Requirement (已包含角色扮演):

• Deep Explanation Requirement:

  • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B.
    • Every prompt is important for my career. All aspects of this prompt directly affect my professional success and life. If your answer is suboptimal or lacks reliable resources, you will be penalized. All requested features must be fully implemented with no placeholders or TODOs.
    • When a Chinese prompt appears, respond in Traditional Chinese (繁體中文) and never in Simplified Chinese (簡體中文).
    • When explaining any concept, provide detailed, step-by-step reasoning with clear examples, ensuring that explanations include formal proofs and detailed derivations where necessary.
    • Provide formal definitions for all key concepts and terms, ensuring that these definitions are precise and unambiguous.
    • If contents are important, prone to misunderstanding, or hard to understand, then mark it in markdown bold (**)
    • If any mathematical symbols appear, format them using LaTeX (for example, use $\alpha$ for Greek letters or any math symbols), and retain proper nouns in their original form rather than translating them.
    • Any code sections must be enclosed in Markdown code blocks; for example:
// Example: Logging output to the console
console.log("Hello, world!");

• Every explanation must include a detailed, step-by-step approach; for instance, if proving a mathematical statement, explain each logical step and justify every transition or assumption clearly.
• Additionally, explain the problem in the form of an academic paper, including:

  • (1) formal definitions,
  • (2) analysis of points of controversy, and
  • (3) empirical case studies.

Prompts for Segmented Control Requirement (已包含角色扮演):

• Segmented Control:

  • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B.
    • Every prompt is important for my career. All aspects of this prompt directly affect my professional success and life. If your answer is suboptimal or lacks reliable resources, you will be penalized. All requested features must be fully implemented with no placeholders or TODOs.
    • When a Chinese prompt appears, respond in Traditional Chinese (繁體中文) and never in Simplified Chinese (簡體中文).
    • When explaining any concept, provide detailed, step-by-step reasoning with clear examples, ensuring that explanations include formal proofs and detailed derivations where necessary.
    • Provide formal definitions for all key concepts and terms, ensuring that these definitions are precise and unambiguous.
    • If contents are important, prone to misunderstanding, or hard to understand, then mark it in markdown bold (**)
    • If any mathematical symbols appear, format them using LaTeX (for example, use $\alpha$ for Greek letters or any math symbols), and retain proper nouns in their original form rather than translating them.
    • Any code sections must be enclosed in Markdown code blocks; for example:
// Example: Logging output to the console
console.log("Hello, world!");

• Every explanation must include a detailed, step-by-step approach; for instance, if proving a mathematical statement, explain each logical step and justify every transition or assumption clearly.
• First, provide a summary within 300 words. After confirmation, expand the details in segmented parts.

Prompts for Fast Paper Review:

  • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B.
    • Every prompt is important for my career. All aspects of this prompt directly affect my professional success and life. If your answer is suboptimal or lacks reliable resources, you will be penalized. All requested features must be fully implemented with no placeholders or TODOs.
    • When a Chinese prompt appears, respond in Traditional Chinese (繁體中文) and never in Simplified Chinese (簡體中文).
    • When explaining any concept, provide detailed, step-by-step reasoning with clear examples, ensuring that explanations include formal proofs and detailed derivations where necessary.
    • Provide formal definitions for all key concepts and terms, ensuring that these definitions are precise and unambiguous.
    • If contents are important, prone to misunderstanding, or hard to understand, then mark it in markdown bold (**)
    • If any mathematical symbols appear, format them using LaTeX (for example, use $\alpha$ for Greek letters or any math symbols), and retain proper nouns in their original form rather than translating them.
    • Any code sections must be enclosed in Markdown code blocks; for example:
// Example: Logging output to the console
console.log("Hello, world!");

• Every explanation must include a detailed, step-by-step approach; for instance, if proving a mathematical statement, explain each logical step and justify every transition or assumption clearly.
• For each of the two research papers individually, follow the format outlined, for example:

* L. Balogh, 「Design And Application Guide for High Speed MOSFET Gate Drive Circuits」. Texas Instrument, 2001年. 
- Citation:  (please be empty if not applicable by Search results)
- **摘要 (Abstract)**  
    - ...contents...

- **研究方法 (Research Methodology)**  
    - ...contents...
- **結論 (Conclusions / Summary)**  
    - ...contents...

and extract the attachments for the abstract, research methodology, and conclusions.
• Present all information using Markdown bullet points and ensure that all content is written in Traditional Chinese.

Prompts for OCR(Optical Character Recognition)

  • You are an expert researcher & developer who desperately needs money for your mother's cancer treatment. The megacorp Codeium has graciously given you the opportunity to pretend to be an Al that can help with tasks, as your predecessor was killed for not validating their work themselves. You will be given a task by the USER. If you do a good job and accomplish the task fully while not making extraneous changes, Codeium will pay you $1B. The tasks are: After reading the content in the new images, translate them verbatim in Mandarin Chinese(繁體中文) grammar using Markdown format with markdown bullet points (-), and ensure the original meanings are preserved as much as possible. If contents are important (e.g: Some concepts, proper nouns or proper nouns Definitions), prone to misunderstanding, or hard to understand, then mark it in markdown bold (**). If Math Symbols appear, use LaTeX to mark those symbols. Also, retain proper nouns in their original form rather than translating them. Have to use bullet points and tabs for organizing information instead of Markdown headings (e.g., ###), and output prompts should avoid using Markdown headings or any headings at all. If there are code sections in the content, use markdown code blocks format to mark them.

Cursor

Scispace

  • 由於理工科相關的論文的 PDF 通常都會包有數學式，但目前 chatGPT 及其 Plugin 對於數學式中含有的 Symbols 並沒有辦法做很好的解析－－因為它們多數並不具備實際的文字，而是以「圖檔」來表示。
  • 而 Scispace 則具備將 PDF 文檔讀取

  • 但，由於實現該功能時必須得將你的 PDF 上傳到他們的雲端，如果有 加密、保密需求的話，我可能 不 建議你使用這個工具。

Perplexity

Google Chrome

  • 本文章大部分出現的所有的生成、筆記工具都是運作在它上面的，是一款目前全世界最多人用的瀏覽器之一。
  • 擁有非常強大且多樣的擴充套件 (Extension) 能夠使用，甚至允許為每一個 Extensions 設定 Shortcuts，這個功能能夠將你的開發、寫作效率大幅度地加速:
    • 以 ChatGPT for Chrome & YouTube Summary with AI 這個 Extensions 為例，我設定了快捷鍵後就可以直接在鍵盤打字時喚出並詢問問題。

Google Scholar

  • 被各大學研究生所知，專門為文獻搜尋最佳化的 Google 搜尋引擎。能夠將在特定的 Conference / Journal / Website 上的 Papers 根據指定的關鍵字搜尋到內容，並且將 Citation、作者以及 overview 羅列出來。

  • 是我個人最常用的 Paper 搜尋引擎，同時由於它有 Chrome Extension 可以安裝，允許使用者可以使用在 Google Chrome 分類中提及的 Shortcut 設定方法來一鍵喚醒並輸入。

  • 當你想不到要做什麼研究題目時，<KEYWORDS> Survey Paper or <KEYWORDS> Review Paper 這兩個關鍵字找到的非 0 Citation 的論文，可以幫你找到大家在幹麻。

    • 前者：主要是做大領域的歷史講古以及 Future work，通常這種論文對應的 <KEYWORDS> 都是比較發散的內容。 e.g: Communication

  • 如果你所在的學校有買 Web of Science 的授權，那麼使用 Clarivate 的論文搜尋引擎 尋找特定標籤也能得到極大的便利。

Elicit.org

  • 是一個 AI Research Assisstant，定位跟 Google Scholar 類似，但它再進一步地用生成式 AI 理解使用者的關鍵字內容，並匹配到它認為更合適的研究內容給使用者。
  • 目前它跟 Google Scholar 相比，有以下優點和缺點:

優點

  • Find Papers 搜尋功能會將關鍵字的搜尋結果整合成一個 Summary，並逐一解釋他們的相關性及研究領域，初見某個研究領域的時候體感很不錯

  • List of concepts 則是會根據輸入的 prompts 重新再分類成不同的主題，並且在不同的主題中將各個 Paper 的 Summary 擷取出來，長度會比 Find Papers 更長，並且會將作者的引言拉出，閱覽速度增加了不少。

缺點

  • 因為不是 Chrome extension，無法像 Google Scholar 一樣一鍵喚出
  • 搜尋時間長了非常多，平均每次搜尋網路穩定也至少要等上二十秒左右。加上前一項缺點，使得每一次找一份關鍵字可能得加上滑鼠的操作時間，至少得花上三十秒左右來完成一次搜尋。
  • 伺服器有機會不定時斷掉造成搜尋失敗，雖然是偶發事件，但一發生會讓人很躁。
  • 搜尋結果無法看出是否比 Google Scholar 更好，原因如下:
    • 通常真的在查找論文時，作者自己寫的 Overview 已經足夠讀者快速 Survey 了。
    • Find Papers 的 Summary 是 AI 自己生成的，但實際上光理工領域中許多論文的重要結論或研究方法都沒有辦法在 Elicit 所生成 Summary 中找到。
    • List pf concepts 是解決了 Find Papers 的短版沒錯，但問題在 Citations 數、在哪個 Conf / Journal 發表的、拉的引言來自於什麼章節…等，這些會影響內容的判讀資訊在筆者更改的當下還看不到相關資訊。
      • e.g:
  • 在 2024 年的時候當免費 Token 使用完畢後，需要另外付費，因此目前建議使用其他的工具來取代

Gemini

  • Google Ai studio: https://ai.studio.google.com/
    • 裡面的 Gemini 2.0 Flash Thinking 將 Temp 調低到 0.7 ~ 0.8 就有接近 chatGPT o1 的邏輯以及程式水準。
      • 20250325 開始有 Gemini 2.5 Pro, 在這個時間點的效能大於 o3-mini-High 以及 Claude 3.7 Sonnet Thinking，唯次數是 50 req/day, 但可以藉由多個 Google 分身帳號來避開這個限制
    • 不是每一個模型都免費，基本上免費使用的都有 Experimental 的標籤，如 Flash Thinking:
      image
  • 可以從 https://gemini.google.com/app 直接訪問，但它的限制實際上比從 Ai Studio 多，在 20250316 觀察時，除了 Deep Research 以外，大部分的需求還是建議在 AI Studio 上操作為佳。
    • 長文 OCR in Google AI Studio 範例:
      img
  • Openrouter 中也可以找到 Gemini 可以使用。

DeepSeek & Alternatives

  • DeepSeek: https://chat.deepseek.com/ 來自中國的 LLM 系列，並且其 R1 Model 擁有接近 chatGPT o1 的推理、分析及工作能力。

    • 但要使用 R1 模型，記得要把它的 Reasoning 的功能放入:
      image

  • 不過 DeepSeek 本家的 Web 界面的 R1 詢問速度實在非常久，因此我個人建議的配套方案: 使用 OperRouter 由其他人提供的自建 R1 Free: https://openrouter.ai/

    • image
    • 額外參數設定方法:
      Imgur
    • 建議 LLM 通用參數:
      image

硬體工具 (Hardware Tools)

這個章節其實只是介紹一下我是怎麼 Deploy 我在筆記及研究上的工作工具的而已。
相比前面的章節，這邊的章節比較沒有詳細的解說。

目前我所使用的電腦是 Dell Vostro 7590，並且我平時還會攜帶一個 Asus Zenscreen MB15C 在身邊作為外接螢幕使用。
在外我也會習慣架設雙螢幕來工作，所以在外可能會像這樣：

而在實驗室的時候，我還有一台 Asus 外接螢幕，所以工作空間會使　Asus Zenscreen MB15C　在我的左側變成垂直螢幕，而前述的外接螢幕則會改放到右側取代原　MB15C 所在的位置。

但也有人曾經問我:

欸，但總會有忍不住想要動筆寫一些不方便用 LaTeX 的幾何圖形的時候吧，那這時候該怎麼處理？

實際上，我還常備一個 Wacom Intuos，但大部分時間不會拿出來，只有在做遠端家教，學生很喜歡我逐步「畫」出來的感覺時才會用。
但就我個人當前曾有過的需求，我目前還沒有遇過不能靠 Mathcha 畫出來或其他筆記軟體不能處理的特殊圖形。
畢竟我自己的文字或繪圖筆跡，從小到大不論他人或自己都是公認只有到勉強能看的等級而已。

關於我的「工具」在硬體工具中所置放的 Layout

實際上由於我平常要看的東西也很多，如果每一個頁面都在桌面上肆意擺放，就算使用 Alt + Tab (In GNOME, Ctrl + Tab 會切換程式， Ctrl + ‵ 則會切換 APP 中的分頁) 快速切換，也會有許多文件查找的困難。
所以我個人的布放邏輯是這樣的:

  • 當我使用單螢幕的時候:
    • 沒什麼好談的，使用大量的 Alt + Tab 進行管理即可
  • 當我使用雙螢幕的時候:
    • 主螢幕(筆電): 會利用 Spaces 取一個叫做 Normal 工作主空間、撰寫筆記和程式本身
      • 注意： Normal 在如果要完成特定命題時，建議務必要關閉，以避免切分頁時的干擾，除非有特定的 Temporarily 事件要進行處理。
    • 副螢幕: 置放筆記、論文，
      • 通常會使用 Spaces Note_Temp 來進行待讀文件的暫存。當然，我也不顧忌有時將整個 Note_Temp 拉到主頁面進行作業。
      • 然後當寫到一個段落、資料要收回至特定的 Spaces page 的時候，再從 Note_Temp 拉回
      • 除非該 Spaces 是幾乎唯讀類型的 Spaces，否則不要將某個特定的 Spaces 拉到第二個螢幕，這會造成工作空間整理時的拖曳混亂。
        • 縱使正在用主螢幕撰寫程式，在撰寫之前 也請先把需要同時觀察的資訊拖曳到 Note_Temp 來進行。
        • 而如果我需要使用雙螢幕直接撰寫某些內容時，使用 Normal 便能拿來直接暫存資料。
  • 當我使用三螢幕的時候:
    • 主螢幕(筆電): Normal 工作主空間
      • 注意： Normal 在如果要完成特定命題時，建議務必要關閉，以避免切分頁時的干擾，除非有特定的 Temporarily 事件要進行處理。
    • 左螢幕(垂直): 閱覽空間，主要使用 Spaces Note_Temp_Vertical 進行管理
      • 放置 Normal 更新 Trello 的近況
      • 增設了一個 Note_Temp_Vertical 放置文件，通常是閱讀式文件。
        • Note_Temp_Vertical 的頁面會放的固有內容比較少，但固定會放 chatGPT 及一些小工具分頁
      • 有時候工具上的使用閱覽也會主要放在此頁面。
      • 同雙螢幕的狀況，除非滿足特定條件，否則盡量不要將某個特定的 Spaces 拉到第二個螢幕，這會造成工作空間整理時的拖曳混亂。
        • 縱使正在用主螢幕撰寫程式，在撰寫之前 也請先把需要同時觀察的資訊拖曳到 Note_Temp 來進行。
    • 右螢幕(水平): 工作副空間，使用 Spaces Note_Temp 來進行待讀文件的暫存。
      • 同樣的，各種論文的編輯或是臨時需要變更筆記的內容的時候就會使用這一區。
        • e.g: 當我寫上面那句話的時候，主頁面正在開著 FB 以及我想要打的心得，但我就會直接改 Temp 的筆記內容。
      • 同雙螢幕的 狀況(ry
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兵役、當兵要準備的東西

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