# 「大數據平台建置與開發服務_第二階段」

## 壹、 本案需求

### 一、 研究案例管理平台
一、 研究案例管理平台
(一) 系統登入整合
1. 系統登入方式整合院內SSO認證機制，帳號權限由院內資料庫中權限管理表讀取，透過SSO帳號之燈號進行帳號權限功能限制。
2. 權限管理表中資訊包括燈號、權限、聯絡電話、EMAIL、姓名、職稱等所需之資訊欄位。
3. 院方提供網址及SSL憑證供研究案例管理平台使用。
4. 系統新增病歷檢索超連結，提供尚未提出申請案例之使用者開啟病歷檢索進行資料查詢。
(二) 系統申請流程功能擴充
1. 申請研究案例時申請者為SSO登入之帳號使用者，並可額外設置聯絡人(例如研究助理)的姓名、連絡電話與Email，系統發送相關通知時信，一併通知申請人與聯絡人。
2. 申請者填寫申請案例後，可送出案例申請或暫存申請資料，送出申請後可取得申請案例號(申請案例分為三種類型，自行查詢案例資料清單、自行提供案例資料清單、管理者提供案例資料清單)。
3. 申請案例未上傳申請文件與核可公文時僅能使用暫存功能，暫存或送出申請後可下載申請資料內容的電子檔(PDF)文件。
4. 案例資料清單自行查詢之申請案可透過超連結開啟病歷檢索系統(使用申請案例號作為網址參數開啟)，於病歷檢索系統上透過查詢取得研究案例資料清單，確認無誤後送出完成案例清單資料申請，研究案例管理平台將定時自動取得案例清單資料，進入後續申請案例審核作業。
5. 案例資料清單自行提供之申請案在送出申請時需已上傳手邊既有的研究案例清單資料CSV檔案，CSV檔案需符合研究案例管理平台範本格式，確認申請資訊都已填寫並附上相關檔案後可送出案例申請。
6. 管理者介面中申請清單顯示已送出的申請案，分為三種申請案類型:
甲、 案例資料清單自行提供，可檢視相關申請資料與檔案，管理者審核通過後進入影像資料處理作業。
乙、 案例資料清單自行查詢，可檢視相關申請資料與檔案，管理者審核通過後仍需等待系統取得申請者透過病歷檢索查詢之案例資料清單，申請案例才會進程至影像資料處理作業。
丙、 案例資料清單由管理者提供，可檢視相關申請資料與檔案並可點選超連結開啟病歷檢索系統(使用申請案例號作為網址參數開啟)，管理者審核通過後仍需等待系統取得管理者透過病歷檢索查詢之案例資料清單確認無誤後送出清單申請，申請案例才會進程至影像資料處理作業。
7. 研究案例管理平台定時排程查詢申請中案例的類型，並依據兩類型(案例資料清單自行查詢與案例資料清單由管理者提供)撈取網路磁碟機中病歷檢索系統端所產生的案例資料清單CSV檔案(CSV檔依據研究案例管理平台之CSV檔範本格式)進行解析並儲存至研究案例管理平台資料庫中進行後續影像資料處理作業。
8. 管理者審核申請案時，若申請者自行提供案例資料清單CSV檔案或研究案例管理平台已取得申請者自行查詢之案例資料清單CSV檔案，則申請案例資料中可下載案例資料清單CSV檔案，供管理者進行審核，管理者可依申請案例的資料與申請文件等資訊決定申請案例是否通過審核。
9. 病歷檢索系統與申請者所提供之案例資料清單CSV檔案的欄位包括病歷號與REQ兩個欄位，匿名病歷號為UUID，研究案例管理平台取得案例資料清單CSV資料後會先查詢並轉換為原始的病歷號，寫入平台資料庫中供後續影像處理作業使用。
10. 管理者審核通過後並已取得案例資料清單，影像處理程式即開始進行影像資料的蒐集與匿名處理作業，完成後將影像原始檔上傳至雲端空間(S3)並提供連結給申請者下載。
11. 病歷檢索系統中產生除了案例資料清單CSV檔(檔名為申請案號)以外的附加檔案儲存至雲端空間(S3)資料夾中(資料夾名稱為申請案例之案號)，研究管理平台提供雲端空間連結供使用者下載附加檔案。
12. 管理者可使用綠色通道功能，新增案例取得申請案例號後可透過超連結開啟病歷檢索系統，透過查詢取得案例實際資料清單，確認無誤後送出申請，病歷檢索系統完成資料後放至網路磁碟機，可跳過審核程序直接開始進行影像資料處理作業，完成後通知申請的管理者取得檔案下載連結。
13. 新增管理者資料統計功能，可查詢時間區間內各狀態的案例數量，供管理者掌握系統內各申請單的處理狀況。
14. 管理者可於影像處理完成之申請案例中查詢未正確轉換UUID與無法取得影像之案例資料清單紀錄。
15. 已通過審核的申請案例並且完成案例資料清單的處理作業後，可於案例資料中檢視目前最新的已取得影像進度百分比與錯誤的案例資料數量，影像進度百分比計算方式為已取得的影像資料筆數/案例資料清單的總筆數，失敗量為無法正確轉換UUID或無法取得影像的資料數目。
16. 申請案例介面新增影像TAG匿名介面，申請者可針對各項TAG進行匿名方式的選擇，管理者審核申請案例時可檢視並修改設定值，後續醫療影像匿名模組將依據TAG匿名設定值進行對應處理。

### 二、 醫療DICOM影像去識別化作業模組:DICOM Tag 匿名部分，依照研究案例管理平台中管理者最後批核之條件提供需要TAG需要處理的方式進行以下作業
(一) 可對DICOM影像中Private Tag進行移除
(二) 可對DICOM影像中Public Tag進行
1. 移除TAG
2. 更換內容值
3. 取其HASH值進行替換
4. 可對日期欄位進行調整，如改為該年度第一日、當月第一日等
(三) 可對每個研究專案提供專屬的去識別化作業設定。
(四) 經去識別化之DICOM影像，無法被申請者逆推回原影像屬性值。
(五) 依據DICOM part 15基本應用層級保密規範，對影像進行去識別化，可供匿名欄位至少包含如下: Instance Creation Date、Instance Creation Time、Instance Coercion DateTime、Study Date、Series Date、Acquisition Date、Content Date、Acquisition DateTime、Study Time、Series Time、Acquisition Time、Content Time、Accession Number、Referring Physician's Name、Referring Physician's Address、Referring Physician's Telephone Numbers、Referring Physician Identification Sequence、Study Description、Series Description、Physician(s) of Record、Physician(s) of Record Identification Sequence、Performing Physician's Name、Performing Physician Identification Sequence、Name of Physician(s) Reading Study、Physician(s) Reading Study Identification Sequence、Operators' Name、Operator Identification Sequence、Patient's Name、Patient ID、Patient's Birth Date、Patient's Sex、Other Patient IDs、Other Patient Names、Other Patient IDs Sequence、Patient's Age、Patient's Size、Patient's Weight、Patient's Address、Patient's Telephone Numbers。

### 三、 FHIR 資料整合模組
(一) IBE FHIR 資料整合模組:可將院內系統現有的以下整合介面獲取數據後轉換FHIR JSON匯入FHIR Server，具備訊息傳輸統計儀表板，可及時掌控數據傳輸狀態與流量
1. 成人重症ICU 呼吸器數據，可擷取以下數據並匯入FHIR Server
呼吸器參數
Measurement Time
VentilatorType
mPaw
Ppeak
RRHZsetActual
MVsetActual
VTe
FiO2set
PCL
PEEPEPAP
RRHZset
Ti
ApneaInterval
HP
HighRate
LMV
VentilatorMode
Senstivity_p
IES
Cdyn
RI
LOW_VTE

2. 成人重症ICU 生理監視器量測數據，可擷取以下數據並匯入FHIR Server

生理監視器參數
Measurement Time
ABPd
ABPm
ABPs
CVPm
EctSta
HR
Perf
PPV
Pulse (ABP)
Pulse (SpO2)
PVC
RhySta
RR
SpO2
NBPd
NBPm
NBPs
Pulse (NBP)

3. 成人重症ICU 生理監視器警報數據，可擷取以下數據並匯入FHIR Server
生理監視器警報參數
警報事件時間
床號
警報事件內容
警報事件備註

(二) IBE 儀器數據報表中心:建置儀器數據報表中心，使用者可透過網頁將資料整合模組所獲取儀器數據輸出至外部檔案(Excel, CSV,HTML)，可提供臨床研究數據獲取用途
1. 成人重症ICU 生命徵象量測數據報表
 查詢時間區間生命徵象量測數據
 查詢特定病患生命徵象量測數據
 查詢結果輸出CSV或Excel
2. 成人重症ICU 生命徵象警報統計報表
 查詢時間區間生理監視器警報
 查詢特定病患生理監視器警報
 查詢特定病房生理監視器警報
 警報嚴重程度分布統計
 警報類別分布統計
 警報數量趨勢統計
 查詢結果輸出CSV或Excel
3. 成人重症ICU 呼吸器數據報表
 查詢時間區間呼吸器數據
 查詢特定病患呼吸器數據
 查詢結果輸出CSV或Excel

### **四、 研究病歷檢索系統 by 絳儀, 5/16**
**(一) 進階查詢**(參考朱博SA與使用者回饋資訊), [TrinetX](https://www.youtube.com/watch?v=EgydY7U7uNQ)
1. 診斷查詢:
(1) 增加選擇限制主診斷選項。
(2) 增加「符合下列任一診斷」、「符合下列所有診斷」選項。

2. 藥品查詢:
(1) 當有輸入診斷時，增加「有得過上述疾病且用過以下藥品」或「有得過上述疾病或用過以下藥品」。
(2) 增加「符合下列任一藥品」、「符合下列所有藥品」選項。

3. 檢驗查詢:
(1) 當有輸入藥品時，增加「有用過上述藥品且做過以下檢驗」或「有用過上述藥品或做過以下檢驗」。
(2) 增加「符合下列任一檢驗」、「符合下列所有檢驗」選項。
(3) User選擇檢驗項目後, 可再drilldown 顯示部位, 並勾選部位(ex: 檢驗項目為”血”, 部位有3種: Blood、Plasma、Serum)。
(4) User也可以查詢部位, 畫面一樣會先顯示檢驗項目, 下一層才顯示部位。

4. 結果呈現:
資料分析圖表改為顯示男女比例。
並依照使用者需求提供以下圖表呈現:
(1) 男女比例直條圖(上下堆疊)。
(2) 男女比例對照圖(左右對照)。
(3) 男女比例圓餅圖。

5. 資料輸出:
(1) 當使用者有輸入病歷號或上傳病歷號方式查詢，輸出的資料不需去識別化。
(2) 增加使用者可自行設定要下載的資料。
ex1:同時時使用 A,B,C,D,E 五種藥品，只要下載 D,E 兩種藥品的使用紀錄。
ex2:查詢檢驗收費碼其中包含多項檢查，只需要白血球報告資料。

6. 介面友善:
(1) 各疾病前面呈現一個箭頭，點選箭頭後可展開下一層。
(2) User勾選任一疾病，該疾病會自動跑過來右邊的box(或可點選該疾病的大項目(ex: Diabetes)，該疾病下的所有子項目會一併跑到右邊的box)。
(3) 右邊box的每一疾病右上角有一個小叉叉，按下叉叉後，右邊的疾病會消失，左邊box內的該疾病會自動改為未勾選的狀態(該疾病的大項目亦同)。
(4) 上述作法Drug及Lab Data亦同。

7. 資料介接: 6/1 by Wallis
(1) URL:提供簡易查詢、進階查詢、管理者清單、統計結果URL供申請平台連結(使用者或管理者之權限由申請平台維護管控)。
(2) API:提供影像申請清單、使用者匯出資料清單API供申請平台呼叫使用。

(二) 全文檢索
依據數據中心後台資料(病摘、手術紀錄、檢查報告、門診SOAP)已整理之表格內容，提供單一或多個關鍵字進行全文檢索，找出符合的ICD或PCS共病病人。 5/19 by Wallis

(三) 其他就醫紀錄
依據數據中心後台資料，增加開放查詢如下表格資料內容
1. 護理紀錄(給藥、醫囑)。
2. 生命徵象。
3. 檢驗結果值。
4. 開刀房。
5. 健檢等資料檢索。

(四) 表格欄位查詢
依據數據中心 BDCMETA 設定之表格欄位開放查詢，DATATYPE 呈現文字輸入或日期元件，日期元件需有起迄日。
Ex.查詢病房、部科、異常值。

(五) 醫師歷史資料、醫師個案快速檢索
1. 提供使用者個人歷史資料清單功能，方便檢視歷史紀錄。
2. 依據數據中心後台資料，事先整理醫師所屬病人疾病群組，以提供醫師我的最愛個案快速檢視。

(六) 病人360度一覽
1. 依據數據中心後台資料，提供個案基本資料、關鍵資料、對照項目與病患歷程資訊檢視功能。
2. 關鍵資料、對照項目、病患歷程資訊依實際需求討論後呈現。
EX.關鍵資料:脈搏、血壓、血醣、醣化血紅素。
EX.對照項目:生活習慣、特定藥品。
EX.病患歷程:依據病人就醫期間以折線圖方式呈現醣化血紅素的院內平均值與病人數值。

5/18, philps:

5/18, Sky:

(七) CP4D介接
1. 配合原廠或系統整合人員進行模組資料之串接整合。