# Reunion ADN URN - DataPaper

Lien contenu Data Paper Drive Comue :
https://nc.normandie-univ.fr/index.php/apps/files/?dir=/Partage/GT%20Donn%C3%A9es%20de%20la%20recherche/Offre_de_formation_ADN/data_papers_publications&fileid=5540098
## CR 07/11/2023

ODJ :

- Définir la feuille de route / répartition du travail ?
- Compléter / Amender le support actuel "Data Paper".
- "Opérationnaliser" la formation avec un volet plus "mise en oeuvre"

Description :

Formation prévu, benjamin qui avait fait un support "diffuser ses données avec un datapapers", en visio. Sur chacun des sites, des choses en présentiels. On pourrait faire un présentiel sur URN. Rdvz de Rouen sur les datapapers ca pourrait être çà une formation ou autre chose.

Atelier le 14 mars sur URN

Atelier de réflexion de définition ? Qu'est ce qu'un DataPaper avec un exemple concret issu de la discipline, cela pourrait déjà être intéressant. Atelier de réflexion plutot que atelier théorique.

Atelier peut avoir lieu entre avril et juin sans souci.

Benjamin, listing data papers :

- Université de Caen : 11 (publiés entre 2015 et 2022) / 7 Data in brief - 4 Scientific data
- CHU de Caen : 2 (publiés en 2018) : 2 Data in brief
- Université du Havre : 4 (publiés entre 2016 et 2023) / 3 Data in brief - 1 Scientific data
- Université de Rouen : 9 (publiés entre 2016 et 2023) / 7 Data in brief - 1 Earth System Science Data - 1 Scientific data
- CHU de Rouen : 0

WOS, filtre DataPaper :

- 8 environ : ex Marion Le Texier => https://www.data-in-brief.com/article/S2352-3409(21)00365-6/fulltext

Types de data paper
- sur une thèse
- sur un projet
- lien au PGD

Public existant sur les formations actuelles :
- 1/3 doct
- 1/3 esr
- 1/3 appui

Enjeux/Stratégie autour des Data Papers :
- Doctorant très motivés. Enjeux de l'identification de l'enjeu, le prévoir à l'avance. Qu'est ce qui est intéressant ? Discuté avec Marion LT pour cette question de Data Papers (données de sa thèse) pour des données issues de la thèse => Cas concret très pratique qui peut être intéressant.

Exploiter le volet géographie, Science Carrefour :
- Géomorpho / Science + physique instrumentale, capteurs
- SHS : enquête, etc.

Questionner le flechage, et l'intérêt aussi de faire du data paper pour faire du data paper :
- qualité, originalité ?
- bon endroit pour valoriser ?
- écologie de la donnée => curation en amont, etc. ?
- psychologie et droit contextuel au dépot ? => répondre à une angoisse aussi pour les doctorants.
- quand déposer ?
- adapter à la discipline

=> repartir des questions et du vécu des doctorants ?

Sur la définition :

- "Données" => trop vague, fait peur, donc recentrage sur le "jeu de donnée" peut être => Il a été joué, une donnée est une relation (ref Varenne).
- Datapaper => Dataset => Jeu de données est peut être le plus consensuel => Contexte/Règles/Méthode, c'est une entité propre.
- Question des formats.

Pour le volet inscription : informations de bases, mais peut être aussi ajouter un volet plus orientée "données ?" ? ou d'avoir une idée de ce qu'ils entendent par un "Data Paper" ?

Organisation pratique, modalité pour la réponse au 15 novembre :
- matinée : retour d'expérience labo, réflexion sur le data paper
- après midi : atelier, échange autour des données avec les doct.

Blocage des semaine 15 avril / lundi 13-17 mai pour la formation

Intervention CBasquin :
- Ministère passeport pour la science ouverte => Quelque chose là dessus.
- Intervention générale sur les "Data Paper" en interdisciplinaire, les définitions, slide de Benjamin ?

+ notre ? ou intervenants ?

**Todo :**
- Date
- Titre

### Slides Actuelles

- [name=Sébastien]
- General
- Problématique du public cible : Comment on peut réintegrer les différences entre disciplines sur ce volet DataPaper ?
- PLus de biblio à faire sur le sujet : Zotero ?
- Exemplifier le processus avec un exemple : PGD à un Data Paper ?
- Data Paper vs Notebook ? Ou se situe la limite exactement ?
- Slide 9 : Définition :
- Je pense qu'il faut creuser beaucoup plus le volet définition, un peu comme l'inrae dans [cette formation](
https://ist.inrae.fr/produit/data-papers-formation/)
- Pas très fan de la définition de Le Deuff, critiquable : *« Le principe du data paper est celui de décrire ~~un processus de recherche qui aboutit à la production de~~ données [...] ~~Le data paper décrit donc~~ les méthodes ~~scientifiques développées~~ pour obtenir ces données, ~~les méthodologies appliquées~~ ainsi que les outils utilisés »
Le Deuff Olivier, « Une nouvelle rubrique pour la RFSIC : Le Data Paper », Revue française des sciences de l’information et de la communication, 2018, no 15.*
- Slide 10 : la réponse donnée est celle à la question : "à quoi sert le data paper ?", non "Qu'est ce qu'un data paper ?"
- Slide 11 :
- Slide 22 :
- Bof, si on peut éviter de citer Elsevier ;)
- [name=Raphaëlle]
- General
- les objectifs différenciés % slides de la sensibilisation :
- un atelier pratique
- identifier ce qu'est une donnée de recherche pour chaque participant
- déterminer les enjeux de sauvegarde, d'archivage et de diffusion des données
- élaborer une stratégie de publication d'un *data paper*
- atelier vs sensibilisation
- sensibilisation centrée sur
- l'explicatif (qu'est-ce ? comment ?)
- des éléments d'une chaîne d'identification de "processus" : pgd, métadonnées, publication data paper
- atelier a vocation à
- identifier la problématique "données" de chaque participant
- proposer un cheminement sous la forme de questions qui viendront alimenter les 3 processus : pgd, métadonnées puis data paper
- mettre à disposition un espace d'échanges sur les pratiques
- un exemple de sommaire <a name="sommaire"></a> :
- qu'est-ce qu'une donnée ?
- une typologie d'ouverture/fermeture de la donnée
- modéliser/"discourir" sur la données (que sont les métadonnées ?)
- des outils & processus pour décrire, sauvegarder/[archiver](https://renatis.cnrs.fr/10e-cfe-renatis-les-archives-scientifiques/) & partager ses données de recherche (pgd, mcd, plateformes)
- un data paper pourquoi ? (exemples / retour d'expérience)
- publication & data paper : stratégies différenciées
- description de data papers & structures

- processus de publication du data paper (dépôt des données, review, temporalités, choix de revue etc.)
- des méthodes ou chaînes de traitements à rejouer (ouverture sur les notebooks)

## Réunion du 7/12/2023

### zotero

chaire écriture numérique & manuels (chaîne éditoriale pandoc) :
https://ecrinum.gitpages.huma-num.fr/manuels/introduction-a-zotero/
https://debogue.ecrituresnumeriques.ca/saison-01/seance-09-zotero-avance/
https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/manuels

inrae
http://science-ouverte.inrae.fr/fr/offre-service/formations/open-class/open-class-zotero-avance
http://science-ouverte.inrae.fr/sites/default/files/2023-07/OpenClass_ZOTERO_Mars-2021.pdf
### données & articles de données
une formation "généraliste" qui inclut la question des données :
https://debogue.ecrituresnumeriques.ca/
- types de données (dans le processus de recherche scientifique)
https://debogue.ecrituresnumeriques.ca/saison-02/seance-06-sauvegarder/#2-quelques-principes-pour-la-sauvegarde-de-nos-donn%c3%a9es

- repartir de [cette formation](
https://ist.inrae.fr/produit/data-papers-formation/) ?

### forme de l'atelier

- témoignage l'après-midi

### Document de présentation de l'atelier *data paper*

#### Titre

Publier un *Data paper* : enjeux et méthodes à travers l'exemple de l'UMR IDEES

#### Objectifs pédagogiques

- un atelier pratique
- identifier ce qu’est une donnée de recherche pour chaque participant
- déterminer les enjeux de sauvegarde, d’archivage et de diffusion des données
- élaborer une stratégie de publication d’un data paper

#### Prérequis 
- [name=Raphaëlle] todo/draft
questionnaire à renseigner lors de l'inscription
- version doctorant-e
- version EC
- version CR
- version ingénieur-e

#### Description

- [name=Raphaëlle] todo/draft

#### Programme

- Matinée :

- Présentation générale Claire Basquin (30 mn)
- Infos générales ADN, Passeport pour la SO, ...
- Positionnement UMR / ADN => questions & pratiques qui motivent cette journée
- Présentation de témoins :
- Question posées
- Pourquoi publier un jeu de données de thèses ?
- Quel entrepôt choisir ?
- Pourquoi écrire un *Data Paper* ?
- Témoins :
- Marion Le Texier (données socio) (30 mn) + temps d'échange (30 mn)
- ? issu de la géomorphologie pour avoir un autre type de DP ?

- **Pause**

- Après-midi : cheminement sous la forme de questions qui viendront alimenter les 3 processus (pgd, métadonnées puis data paper)
- qu'est-ce qu'une donnée ?
- une typologie d'ouverture/fermeture de la donnée
- modéliser/"discourir" sur la donnée (que sont les métadonnées ?)
- des outils & processus pour décrire/documenter, sauvegarder/[archiver](https://renatis.cnrs.fr/10e-cfe-renatis-les-archives-scientifiques/) & partager/diffuser ses données de recherche (pgd, mcd, plateformes)
- un data paper pourquoi ? (exemples / retour d'expérience)
- publication & data paper : stratégies différenciées
- description de data papers & structures
- processus de publication du data paper (dépôt des données, review, temporalités, choix de revue etc.)
- des méthodes ou chaînes de traitements à rejouer (ouverture sur les notebooks, codes, logiciels)

#### Date

On attend le retour de Marion en Janvier

#### Durée

journée

#### Lieu

- MdU le matin ?
- learning lab IUT l'après-midi ?
https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/873114?lang=fr

#### Animation

Groupe mixte compétences : Doctorant.e.s / Ingé&ESR

Claire, Sébastien, Elisa, Raphaëlle

## Todo :
- Marion :
- Poser la question pour la durée de l'intervention
- Discussion en amont de la journée pour janvier
- géomorpho :
- Todo : mail équipe géomorpho (Dominique, Damase, etc.)
- Limesurvey :
- Réunion présentielle en collaboratif

---

## Réunion du 25/01/2024

Offre doctorale :

- Données de la recherche
- HAL / SYGAL Elisa va reprendre
- Problème de lisibilité sur les formations.
- En cours de transition, nouvelle personne au niveau du Pole Etude Doctorale.
- Accès BU aux infos, programme des formations via Sygal. Pole Etude Doctorale va versé aussi dans SYGAL. Outil de Suivi pour les BU. Accès aux différents documents sur toute la chaine. Ines Perez Ramos nouveau contact, maison doctorat, offre formation doctorale.

Journée Data Paper :

- WOS => Web of Science => 8 environ

Angle pour "data-paper" lié :
- Type de données (instrument, collecte web, logiciel, etc.)
- Nature "datapaper" attendu (court, long, avec analyse, sans analyse, etc.)

### Info DataPaper UMR

#### Dataset thèse / shs

**Marion**

https://www.data-in-brief.com/article/S2352-3409(21)00365-6/fulltext

#### Dataset Instrument Terrain

**Carole Nehme :**

https://www.earth-system-science-data.net
https://essd.copernicus.org/preprints/essd-2023-364/
https://doi.org/10.5194/essd-10-1-2018
https://www.nature.com/sdata
https://www.nature.com/search?journal=sdata&subject=geography

**Stoil :**

- Exemple 1: En 2021, j'avais fait quelque chose qui pourrait ressembler en partie à un data paper. L'idée c'était de synthétiser une base de données de spectres de minéraux purs mais enrobée d'une étude des matériaux de construction antique: https://journals.openedition.org/baefe/3278

- Exemple 2: C'est plus au stade de la conceptualisation, mais je réfléchis comment valoriser une base de données stratigraphique (environ 250 carottes et ~4500 unités stratigraphique, X, Y, Z, texture, couleur, dureté etc.) dans un delta, que j'avais synthétisé à partir des travaux antérieures et complété par des nouvelles données de terrain en 2019.

**Dominique :**

Pas vraiment de data paper stricto sensu pour moi, mais on a récemment publié un papier en géoarchéologie, et dans les SOM, il y a pas mal de données brutes analytiques (données labo). Je ne sais pas si cela peut t'aider...ou rentrer dans ce que tu recherches comme exemple....

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0277379123002664

Appendix A. Supplementary data
The following is the Supplementary data to this article:
Download : Download Acrobat PDF file (10MB)
Multimedia component 1.

Il y a de plus en plus de papiers incluant des SOM avec les données brutes qui ont servi aux analyses (stat, carto ou autres)

**Damase:**

merci pour la relance... Pour ma part, je voudrais publier une base de données; mais ce n'est pas encore prêt...

En revanche j'ai "publié" quelque chose qui ressemble à un datapaper récemment en tant qu'éditeur de la revue Quaternaire (non sans mal d'ailleurs): https://journals.openedition.org/quaternaire/17525 Il s'agissait de donner accès aux jeux de données utilisés dans plusieurs papiers du même numéro ou du numéro antérieur de la revue. Le papier utilise entre autres Nakala et des dépôts plus spécialisés. Je ne sais pas si cela peut intéresser...

#### Plateforme + données

Emmanuel santé
https://journals.openedition.org/rfst/1939

Armelle geoviz archéo (données ?)
https://journal.caa-international.org/articles/10.5334/jcaa.81#abstract

#### Web

Sébastien R & Alexandre C dans Cybergeo Data Paper (https://journals.openedition.org/cybergeo/28929)
https://journals.openedition.org/cybergeo/36478#bodyftn9

#### Progedo ?

A voir si cela a un intérêt

#### Questionnement(s)

- La question du jeu de données qui implique tout support, et la base de données qui impliquent une structure. Pas tout mélangé
- Jeu de donnée est plus intéressant de part le fait qu'il prééexiste au data paper, dont réarticuler peut être le concept autour de l'existant
- Question de la légitimité qu'il faut balayer aussi
- Stratégie de publication / Enjeux lié à la discipline

Partager / Publier / Valoriser ?
Collecte / Production / Diffusion ?

Partage est une intention. Valoriser est accrocheur.

Tour de table des gens qui viennent ?

Question transversale : Qu'est ce qu'un jeu de données ? Discussion entre intervenants.

Structurer des témoignages sur la base d'échanges en amont/ grille en amont.

Pourquoi de la journée en introduction, exemple très différents au sein du labo.

- La collecte ?
- Pourquoi publier ? Sous quel forme ?
- Comment publier, dans quels stratégie, comment çà s'est présenté ? où ?
- Retour/Retombées direct ou indirect
- Reflexion méta aussi sur le retour du "Data Paper" alors que cela existe déjà finalement ? Evaluation sur le quantitatif, et le qualitatif ? => faire du data paper pour faire du data paper ... requestionne

## logistique
- [x] IUT learning center : formation d'usage prévue le 7 mai à 11h (Raphaëlle & Elisa)
- [x] intitulé : Publier et valoriser ces données de recherche : enjeux et méthodes à travers des témoignages de l'UMR IDEES
- [x] durée, 9h - 18h avec 9h - 9h30 pour l'accueil café
- [x] Communication via SCD après le 22 mars
- [x] Limesurvey adresse URN : https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/217793?lang=fr - voir module inscription scienceconf : https://atelierdatapaperadn.sciencesconf.org/
- [x] Resa salle kfé : en face du learning lab / fait
- Café / CROUS ? qui paye ? ADN

## Après la journée

### quelle attestation de formation

### modalités de diffusion des supports / vidéos

- dépôt HAL PDF collection journée
- web-tv umr-idees

### Courriel de remerciements [Elisa]

direction/Saphire, direction/IUT, chargé de mission, SCD, direction/intervenants DSI, direction irihs, direction/intervenants UMR :heavy_check_mark:

[e-mail] ,[e-mail], [e-mail],[e-mail],[e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail],[e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail]

:heavy_check_mark: Chers et chères collègues,

Par ce petit message nous voulions encore vous remercier chaleureusement pour votre participation et votre contribution au succès de cette journée d'études. Merci encore aussi à Cédric Houssier et Vincent Bonamy pour la visite du Data-Center, qui je crois a beaucoup plu aux collègues.

Nous vous tiendrons informé-es des suites données, notamment la publication de la captation et les résultats de l'enquête de satisfaction des participant-es. Pour rappel, vous trouverez les infos sur la journée ici :
https://atelierdatapaperadn.sciencesconf.org/
Nous ferons également un petit compte-rendu aux collègues du réseau de l'Atelier de la Donnée Normandie, et nous vous le partagerons.

Bien cordialement,
l'équipe d'animation

### Courriel aux participantes [Elisa]

:heavy_check_mark: [e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail],[e-mail]

:heavy_check_mark: Chers et chères collègues,

nous vous remercions d'avoir participé à la journée ADN dédiée aux "data papers".
Pour ceux et celles qui l'ont demandée, vous recevrez l'attestation de formation sous peu.
Nous vous invitons à répondre au questionnaire de satisfaction que vous trouverez ici :
https://enquetes-ng.univ-rouen.fr/index.php/464248?lang=fr
Nous vous tiendrons informé-es des suites de la journée, notamment la mise à disposition des supports et des interventions.
Enfin, Vous trouverez l'offre de formation de l'ADN ici :
https://science-ouverte.normandie-univ.fr/donnees-de-la-recherche/offre-de-formation/
Restant à votre disposition,
Bien cordialement,
l'équipe d'animation

### Courriel aux intervenant-es [Sébastien]

[e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail], [e-mail]

Chers et chères collègues,
nous vous remercions de votre contribution à la journée d'étude "data paper" de l'ADN. Pour valoriser les travaux réalisés lors de cette journée, nous souhaitons procéder au dépôt et à la diffusion des supports et de la captation vidéo de votre intervention.
Pour cela nous sollicitons votre autorisation :
- pour que nous réalisions un dépôt pdf de vos supports sur HAL dans le cadre de la journée,
- pour le droit à l'image vous concernant pour la publication de la vidéo de la captation (à destination de la web-tv umr idees et pour un lien url à partir de la page scienceconf de la journée).

### Todo :

- [x] Courrier remerciements
- [x] Document droit à l'image https://drive.univ-rouen.fr/smart-link/45e0e94e-abf3-4666-acb9-70f20f7f6309/
- [ ] Courrier intervenant-es
- [x] Courrier participant-es
- [ ] Dépot photos sur le drive
- [ ] Dépot de l'audio sur le drive
- [ ] Dépôt WebTV UMR avec Saphire
- [ ] Courrier envoi liens aux intervenants + participant-es de la présentation sur WEBTV
- [ ] CR et perspectives à discuter pour la réunion ADN 24
- [ ] Transformer le programme en html avec lien PDF + Vidéo
- [ ] Déposer les PDF sous HAL une fois que l'on aura statuer le 24
- [ ] Retour bilan questionnaire pour le 24 mai
- [ ] Ajout des logos "Ouvrir la science" + Ministère partout dès que ADN
- [ ] Inscription catalogue ED ?

Réunion du 24 :
- Compte rendu pour nous et l'ADN sur la journée
- Retour général (inscrits, absents, etc.)
- Retour questionnaires satisfaction
- Retour présentation et questions posées
- Création d'une collection HAL pour le dépot des papiers/présentations durant les journées, niveau régional ?
- Accord intervenant pour remobiliser les exemples déjà montrés, avoir un pool de témoins, de présentations que l'on se partage (bibliothèque zotero ?)
- Perspectives :
- Lien reconnaissance parcours avec les Ecoles doctorales
- Canevas pour rendre plus générique, témoins, ambassadeurs ce modèle de formation "retours d'expérience", idem pour la vidéo
- Réflexions 2024-2025

## CR 17/06/2024

- retour sur la journée du 13 mai + points en suspens : publis de la journée (Scienceconf, HAL, etc.), attestations de présence, résultats de l'enquête, etc.
- programme de formation et projets 2024-2025 : nouvelles formations, journée d'études, etc.
- infos sur la mise en place du "guichet unique" rouennais (logigramme)
- infos sur la mise en place de l'entrepôt RDG rouennais
- retour Elisa sur le séminaire RDG à Poitiers (4-6 juin)

Discussions/Points d'informations :

- référent données ? guichet ? => GT 4 AD => ils sont en train de créer un rapport de préconisation, accompagnement des ateliers sur la création d'un réseau => Kit Ambassadeur
- Elisa rejoint le GT6, Anthony le quitte et garde le GT formation => Centre de référence thématique
- Open Access Week, journée référents HAL à Rouen, ils en discuteront demain
- Vincent Roy, Christelle, enquete pour faire un point 0. En cours. Vincent nous as offert en public restreint les résultats de l'enquete => 78 réponses, 41 E/C, 37 Doctorant :
- numéro 1 : publication
- numéro 2 : partager données de la recherche
- numéro 3 : mettre en ligne ressources pédagogiques (Saphire peut-etre)
- numéro 4 : partager les codes sources
- Gouvernance Science Ouverte :
- Christelle + Vincent => travaille bien porte bien feuille de route
- Feuille de route prochain CA avec un des axes sur cette enquetes
- Création de l'entrepôt : Vincent Bonamy a pas spécialement été vers RDG. Cafouillage un peu entre les deux. Il aurait fallu faire la demande d'espace institutionnel => Option 1 entrepot local ou Option 2 RDG, Option 3 espace RDG puis on ira ailleur. ADN on va faire le 2. La personne qui gère çà c'est Sylvain C. qui est mis là par la DRV. Officiellement c'est lui. Administrateur RDG. Sur la partie curation / administration => tout est ouvert mais on a pas réussi à caler => SCD qui gérerais l'"Administration / Curation" ?
=> Faire un GT ou il y a tout le monde pour discuter de cette question de gouvernance ?
- Charte SO serait sur la page SCD ...
- [Logigramme portée par Nicolas/Nawal](https://hal.science/hal-04021859v1), on leur a répondu qu'on pouvait pas valider le doc car pas de SO. Déposé dans HAL. Le GT fonctionnait super bien jusqu'à ce qu'il se passe plus rien.
- DPO a lancé journée des référents
- Sur la curation ? Face métier avec une méthodologie à trouver
- Demande de T.Urn => attend entrepot, métropole dépot donnée avant fin juin.

- Prochaine formations ?
- Forge logicielle, logiciels
- S-Ouverte / Sécurité, IA
- Rédaction scientifique
- Format de données
- Claire :
- Sensibilisation générale
- Entrepots
- Identifiants chercheurs HAL => Claire Leboeuf
- ADN : Accompagnement projet financés
- Ateliers pratiques sur une thématique proposé par le laboratoire ?
- forge logicielle => 1/2 journée ; 1 journée ; 3h
- curation / format données / métadonnées
- JE / Conférence ? => Décliner la forme JE sur un autre fond avec un appel à communication ? => 1 journée ? Marcello en invité ? => https://www.editionsladecouverte.fr/eloge_du_bug-9782355222238 > Transcription ? => LITIS sur double composante Informatique / SHS => Thème à définir, avec Litis, plutot en fin d'année

- retour-enquête :
- 7 répondant sur 13 connecté
- module utile : retour d'exp
- module à développer : atelier
- module qui a moins intéressé : dataverse
- 4 personnes : ateliers à la demande, échanges de pratique => type MSH, ingénieur pôle qui font atelier doctorant mensuel 1/2 journée, recoivent les doctorants, exposent leur problématique, et ensuite coaching/orientation avec accompagnement technique prononcé parfois. Possibilité de convier aussi des IG en fonction des thèmes.
- 2 personnes aller plus loin sur les métadata / entrepot

- Vidéo webtv
en cours
- HAL Supports
en cours

Sur les choses qui restent à faire :
- Science conf => html à f
- Depot HAL
- Faire tourner l'enquete sur "les sciences ouvertes"