# **Análise Filogenética MrBayes**

**1. Montagem do arquivo `.nexus`**

* Gerando um arquivo de alinhamento `.fasta` no MEGA:

Abra o arquivo `.fasta` criado manualmente a partir das sequências editadas no **Sequencher** no **MEGA X**:
Clique em **Align**:
Alinhe as sequências utilizando o algoritmo **ClustaW** 
Clique em **Align DNA**
Clique em **OK**
E **OK** novamente sem fazer nenhuma alteração
Aguarde o processo de alinhamento concluir e exporte o alinhamento em formato `.fasta`: **DATA > EXPORT ALIGNMENT > FASTA FORMAT**
Salve o arquivo de alinhamento no local desejado com e renomeie para **XXXX_aligned**

* Transformando o arquivo `.fasta `em `.nex`

> Abra o programa **PGDSpider2**
Em **Data input file** selecione o formato `FASTA`
Clique em **Select imput file** e selecione o seu arquivo `XXX_aligned.fasta` gerado no **MEGA X**
Em **Data output file** selecione o formato `NEXUS`
Clique em **Select output file**
E dê um nome para o seu arquivo: (Sugiro acrescentar `_nexus` no final do nome do arquivo)
Clique em **Convert** na parte inferior da tela
Clique em **Apply** e seu arquivo `.nexus` será criado
Saia do PGDSPider clicando em **Quit**

* Editando o arquivo `.nexus` no **TextPad**

Abra o arquivo `.nex` no **TextPad** clicando com o botão direito e selecionando **Open with TextPad**
Copie as informações abaixo, cole no início seu arquivo `.nex` e substitua o **XX** pelas informações presentes no seu arquivo

#NEXUS
begin data;
	dimensions ntax=XX nchar=XX;
	format datatype=dna missing=? gap=-;


Delete todas as informações desde o **#NEXUS** (maíusculo) até a palavra **MATRIX**
Coloque **MATRIX** em mínusculo: **matrix**
Delete no final do arquivo tudo escrito a partir de **BEGIN SETS**

BEGIN SETS;
  TaxSet pop_1 = 1-76;
  TaxPartition populations=
    pop_1:1-76;
END;

No final do arquivo coloque a palavra **END** em minúsculo e salve o arquivo.

**2. Rodando o MrBayes**

Copie o seu arquivo nexus para a pasta do **MrBayes**
1. **PAUP**
* Abra a pasta **MrBayes** na área de trabalho
* Abra o programa **Paup4**
* Mude o diretório de trabalho para a pasta do MrBayes:
`File > Change Directory Default > Selecione a Pasta MrBayes na área de trabalho`
* Na parte inferior da tela digite:
`execute XXX.nex`
> OBS: no lugar de XXX coloque o nome do arquivo (Ex: Thyrinteina_aligned_nexus.nex)
* Após a confirmação de leitura do arquivo digite:
`execute mrmodelblock.nex`
* Feche o **Paup4**.

**2. PROMPT**

* Abra o **PROMPT** na pasta do MrBayes
* Copie o comando abaixo e cole no **Prompt**
`mrmodeltest2_32bit.exe <mrmodel.scores> saida.txt`
> OBS: Para colar no **Promp**t é só clicar com o botão direito do mouse

* Aperte `Enter`
* Quando aparecer a mensagem: `Program is done.` feche o **Prompt**.

3. **Saida.txt**

* Abra o arquivo `saida.txt` na pasta do **MrBayes**
* Role até o final do arquivo e procure a seguinte informação:
* Copie essa informação desde **BEGIN** até **END;**
* Abra seu arquivo `.nexus` no **TextPad** e cole a informação no final do mesmo
* Salve o arquivo e feche em seguida.

**4. MrBayes**

* Abra o programa **MrBayes** (`MrBayes3.2.7 > bin`)
* Copie o arquivo `.nexus` para a mesma pasta (`bin`)
* Digite o comando:
`execute XXX.nex`
> OBS: coloque no lugar de XXX exatamente o nome do arquivo
* Pressione `ENTER`
* 

* Coloque o nome do taxon do **outgroup** de acordo com seu arquivo `nexus` digitando:
`outgroup XXX`
> Onde **XXX** é o nome da sequência do **outgroup**
* Pressione `ENTER`
* **Copie** a informação abaixo e **cole** no **MrBayes**

mcmc ngen=20000000 samplefreq=10000 printfreq=10000 diagnfreq=10000
	standard deviation below 0.01
	no need for more generations

O programa começará a rodar a filogenia e irá apresentar o tempo total que vai gastar para terminar:

Quando terminar digite:
`sump`
Aguarde o programa terminar e digite:
`sump burnin=250`
Quando terminar digite:
`sumt burnin=250`
E após finalizar:
`exit`

**PRONTO! VOCÊ TERMINOU DE RODAR, AGORA É SÓ EDITAR A IMAGEM**

**5. Gerando a imagem**
Para gerar a figura abra o arquivo `.tre` no programa **FigTree**
Selecione o seu arquivo `.tre` e clique em **OK**
Ajuste a aparência da imagem:
Ajuste o tamanho e a fonte dos táxons:
Insira a confiabilidade dos nós:
Ajuste a espessura e tamanho da fonte da barra de escala:
Exporte o resultado em **PDF** e acrescente `.pdf` no final do nome do arquivo

AGORA É SÓ EDITAR A IMAGEM NO **INKSCAPE**