###### tags:`Corail 3D` `Science` `Design` `plateforme` `exposition` `anthropocène`

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# Corail 3D - Réunion

## 0- Avant propos

Ce document de travail soutient le développement du projet ***Corail 3D***.

***Corail3D*** opère un croisement entre d'une part, les technologies 3D (fabrication additive, micro-environnement 3D, lithographie, réalité virtuelle, tomographie à rayon X, ect.) et l'étude du corail. Ce projet a été initié par l'Axe Santé/Environnement du LAAS-CNRS qui cherche à promouvoir des recherches nouvelles en lien avec l'environnement lors d'une première journée d'étude le 20 janvier 2020.

:::info
Voici une [**présentation en ligne**](http://eliserigot.com/content/CSI/CORAIL3Doct2020.html#/) qui revient sur la genèse du projet et les pistes de collaborations évoquées. La suite du document expose les premières expérimentations du projet *Bibliothèque 3D du Corail* à travers d'échantillons de squelettes de *Lophelia* & *Madrepora* étudiés par Franck Lartaud.
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## 1 - Réunion du 23 octobre 2020 [en ligne]

:::info
Lien [**Jitsi de la réunion**](https://jitsi.laas.fr/corail3D)
Lien de la [**présentation**](http://eliserigot.com/content/CSI/CORAIL3D23102020.html#/) de la réunion
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#### ++Contexte :++
Le but de la réunion est de cibler et affiner les questions scientifiques de manière plus précise & partager les intérêts de chacun.e. En effet, comme chacun.e vient de champs et de disciplines différentes, nous ne portons pas tous les mêmes zones d'importance dans le projet, il importe que nous ayons en tête les compétences et les points de vigilance entre nous pour que la collaboration soit fructueuse.

#### ++Déroulé :++
1. Présentation du contexte et de la première réunion
2. Le projet *Corail 3D*
3. La *Biliothèque 3D des coraux*
4. Les pistes en cours de discussion
5. Discussion ouverte (tour de table)
6. Méthode de travail

#### ++Présent.e.s :++

* **Edwige Armand**, Enseignant-chercheur à l'INP de Purpan, Culture et Art, *Toulouse*
* **Lysiane Lagadic**, designer-chercheure indépendante, Oxamyne, *Paris*
* **Anthony Masure**, dir. recherche HEAD - Genève, Haute école d'art et de design, *Genève*
* **Elise Rigot**, Designer-chercheure, dotorante à LLA-CRÉATIS et LAAS-CNRS, *Toulouse*
* **Jean-Marc Larré**, ingénieur IDEA - Informatique : Développement, Exploitation et Assistance, LAAS-CNRS, *Toulouse*
* **Laurent Malaquin**, chercheur ELIA - Ingénierie pour les sciences du vivant, LAAS-CNRS, *Toulouse*
* **Christophe Thibault**, chercheur ELIA - Ingénierie pour les sciences du vivant, LAAS-CNRS, *Toulouse*
* **Bastien Venzac**, Post doc. ELIA - Ingénierie pour les sciences du vivant, LAAS-CNRS, *Toulouse*
* **Christophe Vieu**, Pr. ELIA - Ingénierie pour les sciences du vivant, LAAS-CNRS, Toulouse
* **Denis Tribouillois**, ingénieur réalité virtuelle, CNRS, StromaLab, *Toulouse*
* **Paul Duru**, enseignant-chercheur GEMP, Groupe d’Études sur les Milieux Poreux, Institut de Mécanique des Fluides IMFT, *Toulouse*
* **Alain Paris**, Pr., MCAM Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, CNRS-MNHN, *Paris*
* **Isabelle Domart-Coulon**, Maîtresse de conférences, MCAM Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, CNRS-MNHN, *Paris*
* **Franck Lartaud**, Laboratoire d'Ecogéochimie des Environnements Benthiques, LECOB, Sorbonne Université, Observatoire Arago, *Banyul-sur-mer*
* **Lorenzo Bramanti**, Laboratoire d'Ecogéochimie des Environnements Benthiques, LECOB, Sorbonne Université, Observatoire Arago, *Banyul-sur-mer*

#### ++Tour de table++
> *Positionnement, zones d'importance, points de vigilances, éléments pertinents à partager pour le projet*
> Comment souhaitons nous travailler ensemble ?

* **Anthony Masure**: Est-ce que l'interface fera croire que ce seront des vrais coraux ? Comment gère-t-on la 3D en temps réel sur le navigateur ? Par rapport aux questions écologique, est-il possible d'avoir une approche low-tech sur la plateforme ? Est-ce qu'on pourra voir toutes les données ? Si oui comment ?
* **Jean-Marc** : Nous devons prioriser les éléments du cahier des charges pour poser les jalons et définir des priorités, qui se feront en fonction de vos besoins.
* **Christophe Vieu** : Nous cherchons à toucher le citoyen à travers des expériences. Quel discours aura-t-on sur ces organismes ? La vision de l'artiste me parait essentiel là-dedans.
* **Edwige Armand** : Confronter les enjeux disciplinaires Art/Science est important. Un défaut potentiel artistique ou du design, ce serait la seduction. Il faut faire attention à cette tentation de séduire visuellement. Le corail est un objet très beau. Le propos, et l'intention artistique doit être clarifiée, la pensée artistique doit être clarifiée. Attention à la didactique, qui évince la complexité de l'objet. Cet objet, 3D (l'impression 3D de réplicat de coraux), comment l'agrémenter de discours écologique. La mollesse du discours serait dommageable, ne pas tomber dans la flatterie esthétique, ce ne serait pas suffisant. La complexité de l'ecosystème est difficile à matérialiser. D'où la nécessité du projet artistique. A partir du corail, se déploie des échelles beaucoup plus grande. La possition où l'on propose de ne pas intervenir, de ne pas agir (en terme de techno-solutionisme), cela en dit beaucoup plus. C'est un axe d'intention à mettre en lumière.
* **Christophe Vieu** : On a une reflexion en cours. Avoir une expérience sensible. C'est peut-être naïf. Mais pour se sentir investi(e), il faut *se sentir corail soi-même*. Un but de l'exposition ça pourrait être :"*on est le corail*"". On défend *ce que l'on aime*. Voyager à l'intérieur. Que la personne en face, puisse habiter le corail. Ref. *Manières d'être vivant* (Morizot, 2020), à l'origine des *Furtifs* (Damasio, 2019). Discours sensible, et écologique. Aspects sensibles, en combinant technologie, science & art.
* **Edwige Armand** : Le donner à voir, se limiter à voir, cela ne suffit pas. Comment cette image ne suffit pas. Nous devons trouver la bonne démarche.
* **Lorenzo Bramanti** : On utilise beaucoup le parallèle entre coraux et les forêts, *Des forêts faites d'animaux*, anneaux de croissance des arbres, problème de l'espèce ingénieur, peut-être que cette forêt peut parler à un grand public ?
* **Lysiane Lagadic** : A qui on destine la plateforme ? Pas que le grand public ? Aussi pour les chercheurs. Cette bibliothèque constitue un patrimoine commun pour les générations futures (intérêt de se rapprocher de l'Unesco ?). Relation inter-espèces situées dans des milieux qui sont en évolution dans l'avenir. La plateforme, d'un côté peut être très technique pour les chercheurs. Tandis que l'exposition peut toucher un public. On peut imaginer une exposition sensible puis petit à petit monter en complexité. Du squelette au tissus mous. Multiplicité d'êtres en inter-relations permanante.
* **Christophe Vieu** : Il y a de la recherche à faire de ce point de vue là.
* **Edwige Armand** : Autre système sémiobiologique, *Comment pensent les forêts ?* (Kohn, 2017) Dans tout cet écosystème du corail.
* **Elise Rigot** : Laisser de l'espace dans ce projet au deisgn et à l'art pour rendre sensible, visible, perception pour une *autre* histoire du corail avec le temps et les outils pour le faire.
* **Franck Lartaud** : Cette question d'échelle avec un point de vue un peu global, la question de l'hydrodynamisme (les paramètres microfluides qui peuvent influencer les dynamismes) D'un point de vue conceptuel, on a des problématiques scientifiques et de recherches :
* On a observé une micro-porosité sur les coraux, observer ça en 3D ça peut être très intéressant pour voir comment c'est affecté. Mise en place de briques. Toutes les images qu'on a aujourd'hui ce sont souvent des images en 3D. De la forêt jusqu'à l'échelle micro-métrique.
* TomoX / VR : On peut rentrer dans le corail, et est-ce qu'on pourrait avoir un modèle 3D avec tout le marquage qui représente un instant T (ligne calcéine par ex.) du corail ?
* **Denis Tribouillois** : Techniquement : c'est une image multicanaux, on peut analyser plusieurs images. On peut voir des marqueurs de différentes couleurs.
* **Isabelle Domart-Coulon** : Le squelette est opaque, on ne pourra pas voir la ligne calcéine pendant la croissance, car la masse de calcium va se superposer.
* **Laurent Malaquin** : Technique de marquage spécifique > Paul ? Agents de contrastes qui permettent de refaire ce qu'on fait en photonique ?
* **Paul Duru** : Si on scan un corail vivant ? Possible en Tomo X ? Est-ce qu'il est possible de nourrir le corail avec quelque chose de radio opacifiant ? On peut faire de la tomo X sur un corail vivant ? Les aspects multi-imagerie sont complexes. Différencier ce que l'on peut faire sur un corail vivant avec les tissus mou et sur un corail mort.
* **Edwige Armand** : A quoi le corail est-il sensible ? Par exemple, la perception du végétal au phénomène sonore. Si vous deviez penser comme un corail a quoi serions-nous sensible ?
* **Lorenzo Bramanti** : Le corail vit dans un milieu marin. Il est sensible à toute chose dans un milieu marin : *courant* (nourriture), *accoustique* (son), *lumière* (dépend de l'espèce), *température*. Environnement chimique car c'est un animal qui ne peut pas bouger ?
* **Franck Lartaud** : Ils ont l'air d'être assez sensible aux *vibrations*, quand on fait trop de bruits à côté d'eux, ils rentrent dans leurs calices.
* **Edwige Armand** : C'était pour répondre à la question de Christophe pour pouvoir se mettre à la place de.
* **Isabelle Domart-Coulon** : Je m'intéresse à l'aspect de la *sensibilité du corail comme être vivant*, de quel *sens* est-il doué ? On étudie la réponse finale de tous un tas de processus physiologique qui se voit qu'avec un comportement. Tous les processus qui vont conduire à ces changements de comportements, si les polypes se contractent et tous cela c'est une boite noire. Ce qui m'intéresse c'est de comprendre quelles sont les voies physiologiques qui contrôlent cette perception. Choisir un stimulus mécanique et voir comment la larve le perçoit. Ces processus fondamentaux ne sont pas étudiés. En essayant de déchiffrer des voies métaboliques avec des collaborations avec d'autres laboratoires [...]
* **Paul Duru** : Ce qui me manque c'est un *état de l'art transdisciplinaire* (comment se fait la croissance, etc.). Quel lien avec des aspects design et le grand public ? Comment on peut apporter une nouvelle vision sur l'imagerie 3D à travers cette exposition ?
* **Dennis Tribouillois** : Pour moi, l'enjeux du projet est de trouver le juste milieu entre une plateforme scientifique (trop complexe) et la vulgarisation. Il faudra bien séparer les differentes parties de la plateforme et la partie grand public (expositions,etc.) en des expériences différentes.
* **Alain Paris** : Nous sommes dans un foisonnement à l'image de l'écosystème corallien, je ne suis pas sûr d'avoir tout suivi, tout compris, la transposition au niveau de l'art et du design, je ne suis pas sûr de tout bien percevoir. Ce qui est important, au délà d'une vraie volonté d'écoute réciproque, il y a à approfondir sur ce qu'on entend plus clairement de termes, de vocable, sur ce qu'on entend les uns et les autres, cela pose le problème de la vitesse d'évolution du projet. L'approche plus modulaire semble plus efficace dans un premier temps. Nous devons faire des choix sur notre organisation pour avancer. Je proposerai une évolution par module. Pour les choses techniques qui nous concerne. Il ne faut pas oublier des échanges plus large, sur une journée, se voir, prendre le temps de se rassembler. Le projet est au long court, et cela me plait bien.
* **Christophe Vieu** : Une partie modulaire sur une problématique scientifique + particulière. Et régulièrement, le croisement de tout cela, pour se tenir informé.
* **Laurent Malaquin** : Des projets spécifiques et vertue d'avoir aussi des réunions + collective. Intérêt pour l'art & le design. *Comprendre et transmettre le vivant en interaction constante avec son environnement*.

#### ++Prise de note au fil de la réunion++

* **Isabelle Domart-Coulon** : Dispositif de médiation au sein de la galerie de l'évolution (MNHN) qui pourrait accueillir l'exposition avec une sélection, faire un lien entre des notions de *parenté* et d'*évolution*. (À discuter en novembre). Partage du projet : [**Cabinet de curiosté 3D**](https://cabinetdecuriosites3d.mnhn.fr/fr)

* **Laurent Malaquin** : Modèles de micro-environnements, fabrication de modèles nano-structurés, aspect d'analyse bio-moléculaire, modèle bio-mécaniques ; voir quels sont les impacts de ces paramètres sur la culture du corail. Action concrète avec Isabelle Domart-Coulon.

* **Christophe Vieu** : ouverture des savoirs-faire du laboratoire aux questions de biologie du corail. Sur la spectrométrie de masse, on s'est apperçu que l'on développait des choses qui ont de l'intérêt pour la mécanosensing des larves coralliennes. + Travail sur la croissance des coraux : comment on peut modéliser la façon dont le squelette corallien peut croître ? Comment les atteintes environnementales modifient la croissance du corail ?

* **Laurent Malaquin** : Comment l'environnement physique modifie la croissance du corail ?

* **Lorenzo Bramanti** : Etudier la morphologie, quelle est la capacité de vos technologies pour avoir des mesures précises à partir de vos données 3D ?

* **Laurent Malaquin** : Tomographie de résolution env. 10 microns, Scanner 3D échelles du micromètre, Capacité d'analyse en microscopique à coupler avec la 3D. L'équipe a une bonne connaissance sur les micro-structurations, 100nm-100µm.

* **Lorenzo Bramanti** : Il faut définir ce qui fait les paramètres de reconstruction qui seraient utile au modèle de croissance des coraux.

* **Paul Duru** : on a des techniques d'analyse qui permettent de décrire de manière fondamentale l'architecture du réseau.

* **Isabelle Domart-Coulon** : imagerie de fluorescence sur des planula, logiciel & modèle de visualisation 3D, retravaillé sur ImageJ, difficile de faire des mesures sur les images 3D qui sont des photographies.

## - Proposition : Organisation en groupes de travail
Plusieurs groupes de travail semblent émerger de cette réunion :
1. Culture
1. Croissance
1. Perception

Chacun de ces groupes de travail contribue au projet plus global de *Bibliothèque 3D des coraux* et devient un lieu d'échanges, d'écoute et de mise à disposition mutuelle de méthodes, savoirs-faire, outils et ressources.

* **Culture** vise à étudier comment le corail, et notamment les larves se comportent selon le micro-environnement / le milieu dans lequel elles sont mise en culture.

* **Croissance** vise à étudier des modèles de croissance de façon mathématique ou expérimentales à l'aide d'outils de scans 3D à multi-résolution.

* **Perception** vise à étudier comment on peut rendre visible, perceptible, disible, le corail et ses enjeux actuels.

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Au delà de ces groupes de travail qui peuvent engager des actions à court terme sur des groupes de personnes plus restreints, il reste opportun de conserver des sessions de travail collectives pour partager les avancées, les idées, les besoins avec l'ensemble des acteurs.
Un alias commun (mail) et un espace de partage de documents seraient intéressants
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:::warning
Nous devons trouver des outils qui nous permettent de partager des informations dans le groupe, se tenir informé dans avancement en cours et mettre à bien le projet Corail 3D. Exemples : réunion bi-annuelle, espaces partagés, rapporteurs de groupe de travail, compte-rendus, ect.
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## - Ressources

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Vous pouvez partager ici des sources (articles, ouvrages, sites web, inititatives).
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Lien [**Mur Are**](https://www.are.na/elise-rigot/corail-3d) veille pour la *Biblothèque 3D des coraux*

**Articles :**
* L. Chapron, N. Le Bris, X. Durrieu De Madron, E. Peru, P. E. Galand et F. Lartaud, « Long term monitoring of cold-water coral growth shows response to episodic meteorological events in the NW Mediterranean », Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, 2020, p. 103255
* Jian Gao, Katherine B. Louie, Philipp Steinke, Benjamin P. Bowen, Markus de Raad, Ronald N. Zuckermann, Gary Siuzdak et Trent R. Northen, « Morphology-driven control of metabolite selectivity using nanostructure-initiator mass spectrometry », Analytical chemistry, vol. 89, no 12, 2017, p. 6521–6526
* Franck Lartaud, Vincent Mouchi, Leïla Chapron, Anne-Leïla Meistertzheim et Nadine Le Bris, « 36 Growth Patterns of Mediterranean Calcifying Cold-Water Corals », in Covadonga Orejas et Carlos Jiménez (dir.) , Mediterranean Cold-Water Corals: Past, Present and Future: Understanding the Deep-Sea Realms of Coral, Cham, Springer International Publishing, 2019, p. 405‑422
* Ai-Ping Pang, Yongsheng Luo, Chunpeng He, Zuhong Lu et Xiaolin Lu, « A polyp-on-chip for coral long-term culture », Scientific Reports, vol. 10, no 1, 2020, p. 1–9
* J. Perrin, D. Vielzeuf, A. Ricolleau, H. Dallaporta, S. Valton et N. Floquet, « Block-by-block and layer-by-layer growth modes in coral skeletons », American Mineralogist, vol. 100, no 4, 2015, p. 681‑695
* Sergio Rossi, Lorenzo Bramanti, Andrea Gori et Covadonga Orejas, « An overview of the animal forests of the world », Marine Animal Forests: the ecology of benthic biodiversity hotspots. Springer, Cham, 2017, p. 1–28
* Orr H. Shapiro, Esti Kramarsky-Winter, Assaf R. Gavish, Roman Stocker et Assaf Vardi, « A coral-on-a-chip microfluidic platform enabling live-imaging microscopy of reef-building corals », Nature communications, vol. 7, no 1, 2016, p. 1–10
* Daniel Wangpraseurt, Shangting You, Farooq Azam, Gianni Jacucci, Olga Gaidarenko, Mark Hildebrand, Michael Kühl, Alison G. Smith, Matthew P. Davey et Alyssa Smith, « Bionic 3D printed corals », Nature communications, vol. 11, no 1, 2020, p. 1–8
* Wendong Zhang, Xuge Fan, Shengbo Sang, Pengwei Li, Gang Li, Yongjiao Sun et Jie Hu, « Fabrication and characterization of silicon nanostructures based on metal-assisted chemical etching », Korean Journal of Chemical Engineering, vol. 31, no 1, 2014, p. 62–67

**Ouvrages :**
* T.J. Demos, Decolonizing Nature: Contemporary Art and the Politics of Ecology, 2016
* Matthew P. Greving, Gary J. Patti et Gary Siuzdak, Nanostructure-initiator mass spectrometry metabolite analysis and imaging, ACS Publications, 2011
* Donna J. Haraway, Vivre avec le Trouble, Vaulx-en-Velin, Les Éditions des mondes à faire, 2020
* Jaap A. Kaandorp et Janet E. Kübler, The algorithmic beauty of seaweeds, sponges and corals, Springer Science & Business Media, 2001
* Eduardo Kohn, Comment pensent les forêts: vers une anthropologie au-delà de l’humain, Zones sensibles, 2017
* Baptiste Morizot, Manières d’être vivant: enquêtes sur la vie à travers nous, Éditions Actes Sud, 2020
* John Edward Norwood Veron, Corals of the World, 2000

**Autres :**