# User Guide - NTU BDSRC EDU System (中文版)

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- 如果你遇到任何問題，請聯繫 [e-mail]
- 登入系統後請立即修改你的密碼。（請參考「使用者設定」章節）
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除非是在你的資料夾內，否則不要修改任何其他檔案。
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## Overview

### 什麼是終端機(terminal)？
終端機是一種基於文字的介面，讓我們能與作業系統互動。我們可以不透過圖形介面（你平常看到的彩色桌面）完成各種任務。不同的作業系統給它不同的名字，例如：
- **macOS**: terminal.app
- **windows**: PowerShell, CMD
- **Linux**: Terminal （如果你使用桌面環境，可以用滑鼠右鍵打開）

### 如何存取運算資源？
總共有 3 台伺服器可使用（目前 node01 無法使用）。你可以透過 IP 位址 140.112.176.246 連線到 EDU 伺服器，這會預設連到 master 節點。若要進入其他節點，必須另外指定連線的 port。

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- **本地端(Local machine)**: 你手邊自己的電腦
- **遠端 (Remote machine)**：你透過網路存取的伺服器
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## SSH 連線
SSH 是一種遠端存取協定，允許你透過終端機連上任何遠端設備。不過，它不像 Windows 桌面那樣提供圖形化介面。

# 在終端機輸入：
## SSH 語法（連線 master）
ssh <username>@140.112.176.246 -p 2211

## 如果出現一些奇怪的錯誤訊息但其實能連上
ssh -o LogLevel=ERROR <username>@140.112.176.246 -p 2211

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**當你連上 master 之後**，如果發現有太多人使用同一個節點（可能讓程式變慢），你可以再從 master 進一步連線到其他節點：

# 在終端機輸入：（必須先連上 master）
## 連到 node02
ssh node02

## 連到 node03
ssh node03

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要結束 SSH 連線，可以輸入 exit，或是使用 ctrl-D、ctrl-C。

## 使用者設定

### 修改密碼
在 master 上輸入以下指令，並輸入目前密碼，就可以修改密碼。
（其中 <KEYWORD> 會提供給你課程的老師, <username>是你的帳號名稱(一般為你的學號)）

ldappasswd -x -H ldap://192.168.0.11:389 -D "uid=<username>,ou=Student,ou=<KEYWORD>,ou=Courses,dc=BDSRC,dc=edu" -W -S

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***只能在 master 節點修改密碼***
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### 常用工具
伺服器的終端機內有幾個軟體可以啟動：

# Stata17
/homes/source/stata/stata
    
#Stata19 (新版)
/homes/source/stata19/stata
 
#Stata19 (新版，可容納變數量較多)
/homes/source/stata19/stata-se


# Python
python3 <filename>.py

# Julia 
julia

#R
R

如果要啟動 GUI（圖形介面）版本，請先在你的電腦安裝 X server：
* Linux: 通常已經內建
* Mac: 安裝 XQuartz
* 安裝：https://www.xquartz.org/
* 在該版本頁面按「XQuartz-2.x.x.pkg」即可下載
* Windows: 建議安裝 Mobaxterm（內建 X server 與遠端檔案系統） (mobaXterm 教學: https://blog.csdn.net/qq_44074697/article/details/118544904)
設定範例
, 或另外安裝 [VcXsrv](https://blog.csdn.net/luohaitao/article/details/147120849)

# before using the gui version use "-X" to activate X server at local side
ssh -X <username>@140.112.176.246 -p 2211
ssh -X node02

# Stata17/IC 2GB memory limited 
/homes/source/stata/xstata
    
# Stata19/IC 2GB memory limited (新版)
/homes/source/stata19/xstata

# Stata19 (新版，可處理較大數據)
/homes/source/stata19/xstata-se

### 檔案存取控制

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你的檔案可能對其他人看到。若要避免這種情況，必須設定存取權限。不過如果資料不敏感，可以忽略。
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檔案權限有三種：r (讀取)、w (寫入)、x (執行)

#### 檢查檔案權限

# Example
ls -l test.txt

# Output
-rw-rw-r-- 1 ryan ryan 0 九 2 14:58 test.txt

# or you can use `getfacl`
getfacl <filename>

範例：權限 -rw-rw-r-- 可解讀為：
- 是否為資料夾：-（若是資料夾會顯示 d）
- 擁有者：rw-（可讀寫）
- 群組：rw-（群組內的人可讀寫）
- 其他人：r--（只能讀取）

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rw- 對應二進位 110，十進位就是 6。所以 -rw-rw-r-- 可以表示為 660。
如果要設定權限成 rwxr-x---，可以輸入：

chmod 750 <filename>

:::

#### 修改檔案權限

# Syntax
chmod <setting> <target name>

# Example: add execute permission for yourself.
chmod u+x <filename>

# Example: Take away other's rwx permission
chmod o-rwx <filename>

#### 修改資料夾權限

# Syntax
chmod -R <your setting> <dir name>

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u：自己
o：其他人
g：群組內成員
+：增加
-：移除
=：直接指定
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#### Further info on File Permission
- https://www.redhat.com/sysadmin/linux-file-permissions-explained
- https://www.geeksforgeeks.org/how-to-set-file-permissions-in-linux/

## VS Code 遠端編輯
你可能不想每次修改程式碼都要傳檔案到伺服器。這時候可以直接用 VS Code 編輯遠端檔案，比較方便，同時也可以使用jupyter notebook編輯。

可至[VScode官網](https://code.visualstudio.com/download)下載符合自己作業系統的安裝檔

1. 安裝 Remote Development、Remote - SSH、Remote Explorer 擴充套件


2. 開啟遠端視窗


3. 連線到 Host


4. 新增 SSH host > Configure SSH Hosts


5. 選擇要存放設定的檔案（通常選第一個即可）


6. 編輯設定：

# Format for master
Host <master name (Whatever you like)>
    HostName 140.112.176.246
    User <your user name>
    Port 2211
# Format for other nodes
Host <node name (Whatever you like)>
    HostName node02
    User <your user name>
    ProxyJump <master name>


7. 建立連線

8. 第一次連線時選擇 Linux

9. 輸入密碼

10. 打開檔案系統
11. When you are using jupyter notebook (.ipynb file), make sure you select correct kernel to compile your code.
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如果是 Jupyter notebook (.ipynb)，請確認你選擇正確的 kernel 來執行程式碼。
（第一次需要安裝擴充套件，Python / Julia / R 依需求安裝）
or

安裝 python 擴充套件

Julia 用戶需先在終端機上(terminal)執行：

/opt/julia-1.10.5/bin/julia -e 'using Pkg; Pkg.add("IJulia")'

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12. happy coding!

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在 Jupyter notebook 裡也可以直接安裝套件：
- Python：!pip install <套件名稱>
- Julia：using Pkg; Pkg.add("<套件名稱>")
- R：install.packages("<套件名稱>")

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## 基礎 Linux 教學
https://www.geeksforgeeks.org/linux-tutorial/