# 22th Workflow Meetup まとめ(11/27)

2019-11-27(Wed)
10:00 - 19:00 まで。
大阪、東京同時開催

大阪：理化学研究所、A棟 3階 303会議室
東京：理化学研究所、15階、会議室1

## 次回は、東京の会場がNII,大阪はいつもと同じ

2019-12-16(Mon)
10:00 - 19:00 まで。
大阪、東京同時開催

大阪：大阪会場：理化学研究所、A棟 3階 303会議室
東京：国立情報学研究所(NII)、2005 講義室1 (20階)

案内はこちら
- [20191216 · manabuishii/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/manabuishii/workflow-meetup/wiki/20191216)

## 次次回について

2020年1月は、10日金曜日か、31日金曜日を検討中
（1/10金は遺伝研の会議のため参加できない人が多いかも・・？ by 八谷）

## pitagora

12/9(理研東京事務所),12/12(福岡)

# 全体

- Advent Calendar やってます。業務に支障のない範囲でよろしくお願いいたします。
- [Workflow Advent Calendar 2019 \- Qiita](https://qiita.com/advent-calendar/2019/workflow)
- ワークフロー一般はこちら
- 自作のワークフローや、街までみかけたワークフローなど。さいきょうのわーくふろーはこれだ
- ワークフローシステムの適用に関しては適材適所
- ネガティブからポジティブまで意見をひろくもとめつつ、運用におけるTIPSや、失敗談なども募集中
- [Common Workflow Language \(CWL\) Advent Calendar 2019 \- Qiita](https://qiita.com/advent-calendar/2019/cwl)
- [Common Workflow Language](https://www.commonwl.org/) 一般はこちら。
- ツール定義や、小さなTIPSなどで、簡単な感じで大丈夫です。
- [Galaxy Advent Calendar 2019 \- Qiita](https://qiita.com/advent-calendar/2019/galaxy)
- Galaxyに関する、公共レポジトリの紹介とか
- 参考
- [バイオインフォマティクス Advent Calendar 2019 \- Qiita](https://qiita.com/advent-calendar/2019/bioinfo)
- 残りわずか！！

- biohackathon-europe.org のレポート
- CWL Live Coding using VSCode Live Share
- 今回は、CWLはすぐに書けた
- fatlas2.Rのための、Dockerイメージを作るところでハマった。
- Rの依存ライブラリがあったが、これをインストールするのに苦労した。
- ビルド時間が大変だった

# 個別

## 石井

- biohackathon-europe.org のレポート
- CWL Live Coding Live Share
- お題は、[manabuishii/workflow\_benchmark: A benchmark of benchmark workflow](https://github.com/manabuishii/workflow_benchmark)
- 本当のオリジナルは、[kokitsuyuzaki/workflow\_benchmark: A benchmark of benchmark workflow](https://github.com/kokitsuyuzaki/workflow_benchmark)
- docker build 時にも squash できることを、丹生さんに教わった
- ただしまだ experimental
- CIでは注意！

## 西田

CWLとは無縁のことやってます

### 画像解析ワークフロー
- bioimage informatics は素人だが 来年2月までに所属ラボ用のそのワークフローを構築することを計画
- データは細胞内1分子自動観察システム由来の画像
- 画像解析ワークフローの環境構築・試行
- ワークフロー記述言語・実行の場 : Python・jupyter notebook
- 画像ビューア : [napari](https://github.com/napari)
- 定量手法 ?
- モデリング scikit-imageその他?
- Kota Miuraさんの教育資料 http://wiki.cmci.info/ を見てしこしこ学習

### ネットワーク解析ワークフロー
- [2019 Season of Docs : Replacing GUI control tutorials to Jupyter Notebook and R Markdown](https://developers.google.com/season-of-docs/docs/participants)
- [Cytoscape Automation: empowering workflow-based network analysis](https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1758-4)
- ワークフロー記述言語・実行の場 : R・RStudio, Python・jupyter notebook
- 定量データ DEG, enrichment analysis とかを STRINGとかに統合して可視化するみたいなワークフロー
- ビューアは Cytoscape Desktop
- [Link to my work](https://github.com/nrnb/gsod2019_kozo_nishida)
- 今報告書書く段なのですが，今になって必死の更新してます...
- PythonよりRの方がREST APIクライアントがよくできてる
- もしご興味あれば次回以降でトークさせてもらいます
- アドベントカレンダー最終日にこれ紹介させてもらうことにしました https://qiita.com/advent-calendar/2019/workflow

## 丹生
- Advent Calendar の記事を一つ書き終えた
- しかしワークフローとは関係ない記事: https://qiita.com/tm_tn/private/7f966c38f6f9a3820565
- CWL Live coding
- いきなり `zatsu-cwl-generator` は諸刃の剣
- 初学者に触らせるにはマジカルすぎる
- 盲信するべきものではない (だって**雑**だもの)
- README にその旨書くべきかもしれない
- （石井追記：長谷川さんありがとうございました！）

## 長谷川
- 初参加　上司の粕川は来月参加予定。
- Visual Studio Codeをインストールし、Live codingを体験する。
- CommandLineToolの作成、実行、テストも体験する。

## 谷沢
- バクテリアゲノム解析 (NGS解析読本の内容) cwl化して暫定公開
- https://github.com/nigyta/bact_genome/tree/master/cwl
- 鈴木さんに動かしてもらった
- testの書き方学んだので試してみた
- rice-reseqパイプラインのcwl化作業中
- [RapDB](https://rapdb.dna.affrc.go.jp/genome-wide_variations/Analysis_workflow_for_detection_of_genome-wide_var.html) のワークフロー
- ddbj/human-reseq参考に実装
- bwa ~ gatkくらいまでできた
- ddbj/rice-reseqのように公開したい
- 完成したら野生種イネ600件の変異解析を回す予定

## 藤野
- 今移植しているワークフローのドキュメントを [Read the Docs](https://genomon-cwl.readthedocs.io/en/latest/index.html) に作成中
- CWL ファイルに書いたのと同じことをドキュメントに再び書くのは二度手間なので自動生成を試みた (https://github.com/tafujino/Genomon-CWL/blob/master/docs/Rakefile)
- それとは別に八谷さんと打ち合わせして、ワークフロー（上とは別）に実データを流すテストの方法を検討

## 鈴木
- [バクテリアゲノム解析 (denovo アセンブリ ~ アノテーション) のワークフロー](https://github.com/nigyta/bact_genome/tree/master/cwl)を谷沢さんに教えて頂き実行した

# https://github.com/nigyta/bact_genome/tree/master/cwl/test
pip install cwltool
git clone https://github.com/nigyta/bact_genome
cd ./bact_genome/cwl/test/
mkdir OUT
cd OUT

cwltool ../../workflow/assemble_and_annotation.cwl --coverage 120 --genome_size 0.04 --fastq1 ../test_R1_001.fastq.gz --fastq2 ../test_R2_001.fastq.gz --threads 3 --dfast_cpu 1

- [第42回日本分子生物学会年会](https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/)[ポスター](https://drive.google.com/open?id=1UGe8K43dycY7aGl8pNXxewfnbE6bGA0_)
- 【慶應GSC事業】の教員（Chiho Iwataniさん）と高校生（Matsuhira Miriさん）とミーティング
- [「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」](https://www.medsi.co.jp/products/detail/3708)の3章 実践編（3.3 系統樹作成）の学習
- [統合TV〈分子系統樹推定法:理論と応用〉](https://twitter.com/leeswijzer/status/1194852374193393664)の紹介

## 八谷
- 街で見かけたワークフロー：大島紬の工程@奄美大島
- NIG個人ゲノム解析環境でのヒトゲノム解析：藤野さんと打合せ
- 検討事項（１）CPU vs. GPU -- parabricks
- 検討事項（２）GRCh37 vs. GRCh38
- 検討事項（３）bwa mem default vs. bwa mem -T 0
- その後、大規模計算
- スカイプ打合せ、、、