---
# System prepended metadata

title: MBG4421 Uygulama
tags: [mbg4421]

---

---
title: MBG4421 Uygulama
tags: mbg4421
---
# MBG4421 Uygulama - BLAST 2

## Uygulama1: Her çerçevede mesaj

Her bir grup, kendilerine verilen üç tane ingilizce kelimeyi, üç farklı çerçevede ifade edebilecek bir nükleotid dizisi tasarlayacaktır. Tasarlanan dizi, blastx ile bilinen proteinlere benzerlik göstermelidir.

**Örnek**: Verilen kelimeler *APACHE*, *HEIGHT* ve *GYPPED*. 
Bunları kodlayan diziler:
* APACHE: GCTCCCGCGTGCCACGAG [ENSG000001]()
* HEIGHT: CACGAGATCGGTCACACG [ENSG000002]()
* GYPPED: GGCTATCCTCCTGAAGAC [ENSG000003]()

Sonuc dizi:
```
GCT CCC GCG TGC CAC GAG <- APACHE
GCT CCC GCG TGC CAT GAG TAG ATGA CAT GAG ATC GGT CAC ACG TAG ATGA GGC TAT CCT CCT GAA GAC 
                       HEIGHT -> CAC GAG ATC GGT CAC ACG
                                                       GYPPED ->  GGC TAT CCT CCT GAA GAC 
```

* Transeq sonucu [link](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/emboss_transeq/result/emboss_transeq-I20201104-015308-0888-31110405-p2m/out)
* Blastx sonucu
 
:::warning
Maalesef, NCBI BLAST sayfasındaki TBLASTN ile kısa dizilerde sonuç alınamamıştır. O yüzden, bu uygulama için ENSEMBL BLAST sayfasını kullanalım. (**not1**)
:::

* [ENSEMBL BLAST](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast) sayfasına giderek ilk boşluğa protein dizisini yazın
* Altındaki seçenekte "Protein" seçiniz. 
* Database olarak "`DNA Database`-> `cDNAs`" seçiniz. 
* `Search tool` seçeneği otomatik olarak `TBLASTN` olarak seçilecektir. 
* `Sensitivity` için `Near Match` seçilebilir (*Soru:* Farklı opsiyonlar seçildiğinde ne değişmektedir?)

Bu işlemleri yaptıktan sonra seçenekleriniz aşağıdaki gibi görünmelidir.

![ensembl-blast-1](https://i.vgy.me/ovwmCZ.png)

* `General Options` kısmında `number of hits` için 10, `E-value` için 1000 seçiniz (*Soru:* E-value için küçük sayılar daha iyi değil miydi?)
* `Scoring options` veya `Filtering options` kısmında değişiklik yapmanıza gerek yoktur. Derste öğrendiğimiz skor matriksi `Scoring options` kısmından değiştirilebilir.

Bu değişiklikleri de yaptıktan sonra seçenekler aşağıdaki gibi görünmelidir.(*Soru:* BLOSUM90 matriksi, daha uzak benzerlikleri bulmak için mi kullanılır yoksa daha yakın benzerlikleri bulmak için mi kullanılır?)

![ensembl-blast-2](https://i.vgy.me/aAf7Ha.png)

Sonuç bulduktan sonra, `Done: N hits found` butonu veya `[View Results]` linkine tıklayınız.

Genomic Sequence kolonu altındaki `[Sequence]` linkini tıkladığınızda Tblastn sorgusu yaptığınız protein dizisini kodlayan nükleotid dizisini bulabilirsiniz.

![ensembl-blast-3](https://i.vgy.me/QVEhMb.png)

:::info
Lütfen, sonuç tablosundaki diğer linkleri de takip ederek, inceleyiniz. Bu açıklama metni hazırlandığında `Alignment` linki düzgün çalışmamaktaydı.
:::

Aradığınız dizinin genomdaki koordinatı, çevresindeki diziler gibi bilgiler de bu sayfada bulunabilir.

![ensembl-blast-4](https://i.vgy.me/iv2KFW.png)

**not1**: Aynı egzersizi NCBI BLAST sayfasında çözebilirseniz, lütfen sınıf ile çözümü paylaşınız.

### Grup 1

Üyeler:Ali Sina Çevik,Muharrem Metehan Kıvrak
Kelimeler: 
MILLAGE:ATGATCCTTCTTGCTGGGGAA [link](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=ubTA26Ityw5QxWZp-6690198-795423823)
NIGHTS:AACATTGGCCATACAAGT [ENST00000430436](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_Protein?db=core;g=ENSG00000188559;r=20:20389552-20639900;t=ENST00000430436)
PEPPER:CCAGAGCCCCCCGAGCGC [ENST00000275300](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_Protein?db=core;g=ENSG00000146477;r=6:160348378-160452577;t=ENST00000275300)

### Grup 2

Üyeler: EBRU DURUR, Çağla Merve BAYRAM, Taimaa Alsaaour,  Fatma Nihal YETGİN
Kelimer:
YAMAHA :
GEFFEN: GGTGAGTTCTTCGAGAAC [ENST00000389282.8](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;t=ENST00000389282;tl=kfd2qnJl2IInrXOM-6690177-795423590)
CANTED: TGTGCTAACACTGAAGAC 


### Grup 3

Üyeler: Metehan Gazioğlu, Beyzanur Şahin, Çilem Özdemir, Ali Mücahit Güzelsoy 
KelimeleR:
SENEGAL:TAGTGCACCTTCGTTCTCCGA [ENST00000282549](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=4LBDEp4x6O0T4opl-6690069-795421877)
TRAMPED : AGCAGAGCCCTCCCTGAGGAC [ENST00000468662](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=mhnCAt2UqEaKQhbP-6690072-795421915)
~~THWACK:**TTA**CACTGGGCATGTAAA [ENST00000507114](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=Tvse9Jnai8kHGIgE-6690040-795421459)~~
SPARKLE: TCACCAGCAAGGAGACTGGAG [ENST000001732293751](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=bTcVDVHDT6XAWKzn-6690199-795423730)
[Transeq](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-092927-0996-14720242-p2m)

### Grup 4

Üyeler: Beyza Dönmüş, Zeynep Yağmur Karagülleoğlu, Sinan Ünal, Bahar Köklü
Kelimeler: 
NEIGHS: AATGAGATTGGTCATTCC [ENST00000369893 705](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=GDFCutdRLXoidymT-6689958-795420744)
DRILLED:GACCGAATATTGCTAGAGGAC [
ENST00000389484 7767](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=avVSx1hcFxN9ypMr-6690103-795422153)
VERIFY: GTTGAGCGAATCTTCTAC [
ENST00000448069 678](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=b1McyvTy7JSZPHAc-6690137-795423253)
> EMBOSS_001_1
[NEIGHS](ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-092754-0265-95366382-p2m)
>EMBOSS_001_1
[DRILLED](ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-093058-0371-76099888-p1m)
>EMBOSS_001_1
[VERIFY](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-093236-0154-88449600-p1m)
Transeq [link](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-093937-0942-15582610-p2m)
### Grup 5

Üyeler:Mehmet Emin ORHAN, Ata Reisoğlu, Ali Haydar DİNÇALP
Kelimeler: 
MEDICS : ATGGAGGATATTTGTAGT [ENST00000378460](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=iCMVHNe4KMMaSbDy-6690257-795425294)
SWIPED : TCCTGGATCCCGGAGGAC [ENST00000649102](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=4G1Gva4N3mC47Ljx-6690065-795421846)
TICKERS : ACCATCTGCAAGGAGCGCTCA [ENST00000531130](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=2XUDPip9F3VJ7Pf8-6690058-795421674)

Transeq [Link](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-093329-0352-23249860-p1m)

### Grup 6

Üyeler:  Dilan Can, Göksu Irem Gözgücü, Ayşe Yaren HATİPOĞLU
Kelimeler: 
* FICKLE :TTCATTTGCAAGTTGGAG [ENST00000372455](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=aoKIMpaumpaMRlYf-6690165-795423556)
* AFRICA :GCCTTTCGCATCTGCGCC [ENST00000451865](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=5syv2CWRYBfpGM3y-6690098-795422127)
* TRACKER: ACCAGGGCATGCAAGGAGAGG [ENST00000258390](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=Inhk5xTHgFQTdvow-6690148-795423350)



### Grup 7

Üyeler:Büşra Nur Darendeli, Ceren Özdemir, Ayşe Kurt,,,
Kelimeler: 
RIPLEY: CGTATTCCATTGGAATAT [ENSG00000123636.18](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000123636;r=2:159404372-159435553;t=ENST00000472953;tl=7ibdIwEBXNecoX1W-6689993-795420930)
DACTYL: GATGCCTGCACCTACCTA [ENSG00000157353.17](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000157353;r=16:70454595-70468974;t=ENST00000288078;tl=iJil4io1aSUVLYq5-6689998-795420918)
GALLEYS: GGTGCTTTGCTGGAATACAGT [ENSG00000073146](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=rfhYRdGFZzxy6yqV-6690087-795422002)

CGTATTCCATTGGAATATTAGATGAGATGCCTGCACCTACCTATAGATGA GGTGCTTTGCTGGAATACAGT

Transeq sonucu [link](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/emboss_transeq/result/emboss_transeq-I20201104-090537-0200-39185748-p2m/out)


### Grup 8

Üyeler: Mert Kaya:seedling:, Şeyda Aydın, Dilara Erdağı, Fatmanur Sabır 
Kelimeler: 
GRACES: GGCCGGGCCTGCGAGAGC [ENST00000490198](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=gWRsGzZdRHCyhoPo-6690166-795423546)
HIGHLY: TCGACAGCAAATTGTCAT [ENST00000533645](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=MSJII8Ge80Q7NdKE-6690142-795423251)
STANCH: CACATCGGGCACCTGTAC [ENST00000282276](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=MSJII8Ge80Q7NdKE-6690141-795423268)

[transeq](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-091701-0945-95127375-p2m&analysis=output) 
GGC CGG GCC TGC GAG AGC TGAATGA TCG ACA GCA AAT TGT CAT TGAAGCCTGA CAC ATC GGG CAC CTG TAC TGA

### Grup 9

Üyeler: Mert Can Dönmez, Seçil Dülger, Elif Durmaz
Kelimeler: 
FINKED:TTTATCAACAAAGAGGAC [ENST00000619342.1](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000178404;r=17:78890638-78901828;t=ENST00000619342;tl=ojwvne1R8QQFJpzW-6690180-795423600)
TRACED:ACCAGAGCCTGCGAAGAC [ENST00000372770.4](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/Results?g=ENSG00000178404;r=17:78890638-78901828;t=ENST00000619342;tl=sPtUDfJbrKfuThrw-6690185)
PANTRY:CCTGCCAACACTCGCTAC

[Transeq](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-093507-0370-23404688-p2m)

### Grup 10

Üyeler:
Kosar Zad G. Vahdat, Vildan Saraç, Semra Taşdurmazlı
Kelimeler: 
WEARER:TGGGAAGCAAGAGAAAAA [ENST00000261413](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_Protein?db=core;g=ENSG00000113048;r=5:72219403-72320240;t=ENST00000261413)
WHALER:TCTCTCTAAAGCATGCCA [ENST00000539563]
GEHRIG:GGCGAGCACCGCATTGGA [ENST00000352904] 

TGG GAA GCA AGA GAA AAA TAG ATGA TCT CTC TAA AGC ATG CCA TAG ATGA GGC GAG CAC CGC ATT GGA
[Transeq](https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=emboss_transeq-I20201104-091640-0199-97840863-p2m)

## Uygulama2: Ekzon ve başlangıç kodonu tespiti

Aşağıdaki dizilerde ekzon ve çevresine ait diziler bulunmaktadır. Ekzonun başlangıcı (ve bitişi) ve start kodon koordinatlarını bulunuz.

**Dizi1: Grup1 ve Grup6**
```
TTTTAAAATGATAAAATGAAGTTGTCATTTTATAAACCTTTTAAAAAGATATATATATAT
GTTTTTCTAATGTGTTAAAGTTCATTGGAACAGAAAGAAATGGATTTATCTGCTCTTCGC
GTTGAAGAAGTACAAAATGTCATTAATGCTATGCAGAAAATCTTAGAGTGTCCCATCTGG
TAAGTCAGCACAAGAGTGTATTAATTTGGGATTCCTATGATTATCTCCTATGCAAATGAA
CAGAATTGACCTTACATAC
```
* Start kodonu:


*Grup6 Cevabı*: 
[U4YP029S013]
* Ekzon başlangıç ve bitişi: 1-259 	76-80--179
* Start kodonu: 100=ATG
* Stop kodonu: yok

**Dizi2: Grup2 ve Grup7**
```
GGTGTTGGGGGAGGGGGTTCCTTCTCTGCAGGCCCAGGTGACCCAGGGTTGGAAGTGTCT
CATGCTGGATCCCCACTTTTCCTCTTGCAGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCAT
GGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGA
CCTATGGAAACTGTGAGTGGATCCATTGGAAGGGCAGGCCCACCACCCCCACCCCAACCC
CAGCCCCCTAGCAGAGACCTGTGGGAAGCGAAAATTCCATGGGACTGACTTTCTGCTCTT
GTC
```

#### Grup 7 
Exon başlangıç ve bitiş: 119-193 
Start kodonu: AUG - 119
[link](http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=C88q6NYZLGwMYhAC-6690248-795425436)

#### Grup 2
Exon başlangıç ve bitiş: 119-193
[blastx link](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#AXC07656)  

**Dizi3: Grup3 ve Grup8**
```
GGCTGTCTACAGGGAAGGGAGCAGAAAGGGAGGAGGGAGAGAGCAGATATTGCCTATTAT
GCTTTTCCTTCCCAGCTGGAGAAGGCCTCAGCTGTGTCAGACTGGGACTGCTGGTGATTT
TTCTGTAGTTAGAGGGAAACACAAAACGAAGAGCGGCCCACTCCCAGCTTACGCCGATGG
TGAGCCCACCTCTCCTGATCATTAGCGTTGCTGGCACAATTGAATGCAAGCCAGATCATC
TCTTATGGAGACCCGGCAGTACCTCACCTCAGTCTGTGAGTTTTCTCCATGGGAAGGTTG
TGATGGAGTCTCTGGGTAAGGATGATGGATGTGCATGCAGATGGGGTTTTGCAAGCACCT
GTCCTCACTGACAGGGTAGTTGGAGTATTTACTTTAACCCTTCAGCGGATACCAAGGGAG
AGATGGGAGACTTGACGGTGAAACTATTTGATTTCGCACCGCAGTTGTCTTAACAGTAGT
TGTGAATTCTTCTCACTGAGTCTAATTTCTAATTC
```
*Grup3 Cevabı*:
* Ekzon başlangıç ve bitiş: [177-320](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_XP_016865152)
* Start kodonu: 177 
*Grup8 Cevabı*:

* Ekzon başlangıç ve bitişi: 177-320
* Start kodonu:177 (Blastn-CDS FEATURE)


**Dizi4: Grup4 ve Grup9**
```
GTGAATCCAGGACCAGGATGAACCCGGGAATGTTCTCTGCCTCTCACGCCCTATCTTTGG
TTTCCCTGGCTCTAGACCACTCGGCCCTGAGTGCGGCGAGGACCCTGTTTGTGGATGTGG
AGGAGCGCGGGCCGGAGGCCATGGACGTGAAGGAGAGGAAGCCTTACCGCTCGCTGACCC
GGCGCCGCGACGCCGAGCGCCGCTACACCAGCTCGTCCGCGGACAGCGAGGAGGGCAAAG
CCCCGCAGAAATCGTACAGCTCCAGCGAGACCCTGAAGGCCTACGACCAGGACGCCCGCC
TAGCCTATGGCAGCCGCGTCAAGGACATTGTGCCGCAGGAGGCCGAGGAATTCTGCCGCA
CAGGTAAGGACAAGGCCGAGGGGGCGGGCCTCAGGCGCAGGTGAGCTTGGCTCAGGTAGG
CATGGGCTCGGGTGGGCG
```
Grup4 cevapları: ekson başlangıç ve bitiş:74-133
Grup 9:
Ekzon Başlangıç ve bitişi: 74 - 133
Start Kodonu: 60

**Dizi5: Grup5 ve Grup10**
```
CGAGCGGCCGCATCTCGGCGCCTGCGCACTGTGCCCGCGCTCTCAGGCAGCGCCGTTGCG
CGCGGAGTCATCGATCGGCCGACCCCGAGAGGCCCGGTTCCTTTAGGCCGCCTGCCCGCC
TCCAGCTCTCGGGGTCGGCTCCAGGAGGCGCCCTCAGGAGAGGGGCGGGCGCTCTATTCC
AGAGACCGAGTGGCAGGGCGGCCACTGTGGCGGGGCTCTTTCCCCGTTTCGCCTCAGCTA
CCCCTCAGCTCCGGTAGTCGCCAGTCCGGGGTCGTCGCCGTTTGGGGCGGGAGCTGCTCG
GCCCCGCCGCCGTCCCCGTCGCCGCTTCCGGGTCCAGGCCCCTCGGGCCGCCTGCCGCCG
TCATGAGGCTGCGGGTGCGGCTTCTGAAGCGGACCTGGCCGCTGGAGGTGCCCGAGACGG
AGCCGACGCTGGGGCATTTGCGCTCGCACCTGAGGCAGTCCCTGCTGTGCACCTGGGGGT
ACAGGTACGCTGGGGCCGGGGCTGGGCGGCCCGCGGGGAGTGGGGAGTGCTTGGGGTGGG
TGCAGGGCGGGTTGGCGTCATCTGTGGGCTGCAGGCGCG
```
Grup 10 cevabı:
* Ekzon başlangıç ve bitişi: 363-476
* Start kodonu: ATG 363
[ensembl link](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/Blast/GenomicSeq?tl=iyqv6HJ6pPE27rbf-6690297-795426187)

