Galaxy Meetup_2018-05 で得られた知見
=========================

[Meetup 2018\-05 \- Pitagora\-Galaxy Wiki](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Meetup_2018-05)

# Galaxy Training の最初でつまづいたときの対処方法

[Galaxy Training\!](http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-strands/tutorial.html)

このチュートリアルの最初の手順でデータを取得したときに、データが正しく認識されない。

以下のようなエラーメッセージがでてくるのでそれをクリックする


右端の方にあるAuto detect ボタンを押す

正しく認識されると


１ヶ月前はできていたようなので、何かがかわったとおもわれる。

# データライブラリにつっこんであるたくさんのfastqをまとめて１つとして扱いたいとき

## 解決策1

`Get Data` の時点でまとめておく

ただし、これで解決できないケースもあるので

## 解決策2

1. まずヒストリーに全部突っ込む
2. 「複数のデータセット」に対する操作をチェック
3. All を押す。すべてのデータにチェックがはいっていることを確認する
4. プルダウンメニューから、「Build Dataset List」を選択する
5. 必要な項目を入力する

こっちのほうが汎用的なようだ

# Galaxyの設定ファイルの、sampleの話

Galaxyのインストール直後、設定ファイルのサンプルがあるが、幾つかのファイルは `.sample` だけでなく、`.docker_sample`といったような拡張子のものもある。

`run.sh` で起動するときにどのファイルが読み込まれるかについては、
以下のスクリプトをみると、 `.sample` が付いたファイルをコピーするということがわかる。

[galaxy/common\_startup\.sh at 8f8dc08a4cbe1490ab12d05909926c928563c743 · galaxyproject/galaxy](https://github.com/galaxyproject/galaxy/blob/8f8dc08a4cbe1490ab12d05909926c928563c743/scripts/common_startup.sh)