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Galaxy Meetup_2018-05 で得られた知見
Meetup 2018-05 - Pitagora-Galaxy Wiki
Galaxy Training の最初でつまづいたときの対処方法
このチュートリアルの最初の手順でデータを取得したときに、データが正しく認識されない。
以下のようなエラーメッセージがでてくるのでそれをクリックする
右端の方にあるAuto detect ボタンを押す
正しく認識されると
１ヶ月前はできていたようなので、何かがかわったとおもわれる。
データライブラリにつっこんであるたくさんのfastqをまとめて１つとして扱いたいとき
解決策1
Get Data の時点でまとめておく
ただし、これで解決できないケースもあるので
解決策2
- まずヒストリーに全部突っ込む
- 「複数のデータセット」に対する操作をチェック
- All を押す。すべてのデータにチェックがはいっていることを確認する
- プルダウンメニューから、「Build Dataset List」を選択する
- 必要な項目を入力する
こっちのほうが汎用的なようだ
Galaxyの設定ファイルの、sampleの話
Galaxyのインストール直後、設定ファイルのサンプルがあるが、幾つかのファイルは .sample だけでなく、.docker_sampleといったような拡張子のものもある。
run.sh で起動するときにどのファイルが読み込まれるかについては、
以下のスクリプトをみると、 .sample が付いたファイルをコピーするということがわかる。
galaxy/common_startup.sh at 8f8dc08a4cbe1490ab12d05909926c928563c743 · galaxyproject/galaxy
