# 106-2 生態學(II) 補充教材

textbook range: chapter 16 community structures

計算生物多樣性指數時，除了使用 Excel 公式計算，也可以使用 [R](http://www.r-project.org) 來計算。請先安裝好 [R](http://www.r-project.org) 以及 [RStudio](http://www.rstudio.com)。以下為 R 計算的範例：

以下範例計算兩個林分(forest stands)的組成

| 物種 | F1 林分株數 | F2 林分株數 |
| ------ | ---------- | ---------- |
| 水冬瓜 | 2 | |
| 黃杞 | 1 | |
| 稜果榕 | | 2 |
| 厚殼桂 | 4 | 3 |
| 天仙果 | 3 | 5 |

相對豐度的定義為：

$$p_i = \frac{n_i}{N} $$

# f1 森林有四個物種
# f2 森林有三個物種，其株數分別為 2, 1, 4, 3 以及
# 2,3,5
f1 <- c(2,1,4,3)
f2 <- c(2,3,5)
# 計算相對豐度(relative abundance)
# sum() 代表把 f1 向量(vector，可視為數列)
# 中每個元素總和相加
f1_ra <- f1/sum(f1)
f2_ra <- f2/sum(f2)

f1_ra
f2_ra
# 或是使用 vegan package
library(vegan)
diversity(f2, index = 'simpson')