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# System prepended metadata

title: Bioinformatique médicale

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# Bioinformatique médicale


## INFORMATIQUE
### Informatique théorique
- Comment representer l'information ?
    - Théorie de l'information 
        - Bit / octet / ADN / Entropie de Shannon 
        - L'ADN une sequence numérique
- Comment tranformer l'information ?  
    - Machine de Turing 
        - Algorithme, Complexité algorithmique, calculabilité
- Comment fonctionne un ordinateur ? 
    - Architecture X86 
        - Mémoire, CPU, disque dur ...
- Comment construire un programme ? 
    - langage de programmation
        - Intérpreter
            - Python, R ...
        - Compiler 
            - ASM, C, C++, Rust 
        
### Informatique pratique 
- Gnu/Linux
    - Histoire
    - Système d'exploitation
    - Distribution
- Le Shell 
    - Généralité
    - Système de fichier
        - Arboresence Linux 
        - Manipulation des fichiers 
        - Droit d'accès 
    - Flux de données 
        - Lire un fichier (cat)
        - Filtrer des données (grep, regexp)
        - Modifier des données (sed / awk)
        - Flux de redirection 
        - Gestionnaire de workflow 
- Réseau
    - Couche OSI/Protocole réseau 
        - TCP/IP
        - HTTP, SSH, FTP
        - Sécurité informatique
        - Transfert de ficher 
- Base de données 
    - Relationnelle 
        - Mysql : Langage SQL  
    - Non relationnelle
        - NoSql : MongoDB
- Gestionnaire de version (git)
- Documentation
    - Lire la documentation
    - License Libre ( GPL)
    
## STATISTIQUE
### Généralités
- Théorie des probabilités 
- Variable aléatoire et distribution 
    - Loi continue
    - Loi discrête
    - Loi des grands nombres : Théorème central limite
### Statistique descriptive
- Estimateur ponctuel et d'interval
    - Moyenne, means, quantile, variance,  kurtosis 
    - Representation des données 
### Statistique analytique
- Frequentisme 
    - Test d'hypothèses 
    - statitstique d'un test 
    - p-value ( p-hacking)
    - Principaux test 
- Inférence bayesienne
    - Vraisemblance et crédence 
    - Bayes Factor 
    - Dire que c'est bcp mieux que le frequentisme :D 
## MACHINE LEARNING
- Base en mathématique
    - Algèbre linéaire ( vecteur, matrix, linéarité)
    - Calcul infinitésimaux
    - Fonction objectif et minimisation
- Apprentissage supervisé 
    - Régression
    - Classification
- Apprentissage non suppervisé 
    - Réduction de dimension 
    - Clustering
    - Mixture Gaussian et logique flou

## ANALYSE DU SIGNAL
- Généralité
    - Transformation de Fourrier / Wavelet 
- Analyse 1D 
    - ECG , EEG 
- Analyse 2D 
    - Images 

## GENOMIQUE 

### Algorithmie des séquences 

- Algorithmie des séquences 
    - Alignement local & global 
    - BWA 
    - phylogénie 

### Bioanalyse 
- Technologie en biologie moléculaire
    - Méthode de génotypage
        - PCR, Puce, GWAS 
    - Méthode de séquençage
        - Sanger, NGS 
- Analyse des données NGS 
    - Généralité : plusieurs stratégie 
    - En diagnostic
        -  Fastq
        -  Alignement SAM/BAM/CRAM
        -  Calling VCF 
        -  Intérpretation des données variants 
            -  outil de prédiction 
            -  Banque de données 
        -  Application : Hémato, Anapath...
    -  Autre stratégie 
        -  Transcriptomique
        -  Protéomique
        -  Epigénomique
        -  Hi-C 
        -  Métagénomique
        -  Single Cell


- genetique des population
    - Hardy & Weidenberg
    - Inférence haplotypique 
    - Epidémiogénétique 
    - Evolution des génomes 


## A CLASSER 


# Application en médecine 

ECG, EEG => Analyse du signal (https://cardiologs.com/? Kévin U)
Convolution => detection de motif dans une une image 


#Python 

- format de fichier en medecine
- fasta, dicom ...
- a ( ncbi )



Pharmacologie : 
- PHarmacocinétique 

Cardiologie: 
ECG 

Radiologie : 
signal, IA 











