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# System prepended metadata

title: 超電筆記

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# 超電筆記
## 一些零碎筆記
* 安裝Linux
    1. 安裝虛擬機 virtual box
    2. 在虛擬機中安裝 CentOS
    (1) CPU 2或4
    (2) 記憶體 4096
    (3) 硬碟 100G
    (4) 顯卡記憶體 全開
    (5) 勾 EFI
    (6) ![](https://i.imgur.com/EQgGY4R.png)
KVM: port 連接不同的網段
    (7) 裡面外面連結 用VboxGuestAdditions
    * 出現以下錯誤
  `Could not unmount the currently mounted media/drive (VERR_PDM_MEDIA_LOCKED).`
  ![](https://i.imgur.com/KT6QXED.png)
  上網查
  [VBox Guest Additions ISO can't be mounted because of VERR_PDM_MEDIA_LOCKED](https://superuser.com/questions/760327/vbox-guest-additions-iso-cant-be-mounted-because-of-verr-pdm-media-locked)
  [Cannot install guest additions](https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?f=3&t=38663)
  ->未解決
* LINUX centOS 操作
    * 終端機 查詢檔案裡面的東西
        * vim->
            * /要查詢的字串
            * n->下一筆查詢結果
            * N->上一筆查詢結果
            * vim 目錄樹->外插軟件
        * gedit
            * 當gedit一個檔案時 他會由終端機傳到你的主機上(GUI由你的主機呈現)
    * IP位置
        * 查詢此台網路資訊
        `ifconfig`
    * 詳細網路資料及更改
    指令:vim /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-enp6s0
        則會出現像下面的形式
        `
        TYPE = Ethernet 
        PROXY_METHOD = none
        .....
        `
        比較需要注意的是type=ethernet(乙太網路)
        name=enp6s0
        IPADDR(ip address) = 192.168.1.11(此為舉例)(這張網路卡的位置)
        PREFIX(遮罩網路)=24(也就是255.255.255.0)
        GATEWAY = 192.168.1.1(通訊閘位址)
    * 如果更改網路位址或其他資訊(需要網路重啟)
    指令1:systemctl restart network
    指令2:ifdown enp6s0/ifup enp6s0
    然後再測試網路及與其他機器互連過程
## NFS server/client 互換
* server端要改的東西:
            * systemctl stop rpcbind.service
            * systemctl stop nfs-server.service
            * vim /etc/exports 把
            /isc21 192.168.1.0(0->全部，所以意思就是192.168.1.全網段)/24(網路遮罩)(rw,sync,no_root_squash)
            刪掉
            * vim /etc/fstab (file system table)最下面把
            A05(server台):/isc21[tab]/isc21[tab]nfs[tab]default[tab]0[tab]0
            刪掉
        * 阿如果是client端要改server的話就反過來做就好(須確定有裝server服務)
## 專業名詞
* [弛豫](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%A9%B0%E8%B1%AB%E6%97%B6%E9%97%B4)(Relaxation):達到熱動平衡
 * [疊代](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%BF%AD%E4%BB%A3):**重複回饋過程的活動**，其目的通常是為了**接近併到達所需的目標或結果**。每一次對過程的重複被稱為一次「疊代」，而每一次疊代得到的結果會被用來作為下一次疊代的初始值。 
* [自洽場方法](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%87%AA%E6%B4%BD%E5%9C%BA%E6%96%B9%E6%B3%95):自洽場方法（self-consistent field method, SCF）是量子力學中疊代求解多粒子系統薛丁格方程的基本方法。其基本思想是首先按照某種方法給出波函數的一個估計，然後利用這個估計來計算電子密度，再通過電子密度來得到哈密頓量中與粒子間相互作用有關的項，再進行薛丁格方程的求解得到一組改進的估計。很多情況下，自洽場方法一詞也用於直接指代哈特里－福克方法。
    * FFT mesh(fast fourier transform mesh)->用電腦算傅立葉轉換 => 用sigma算而不是用integral算

## INCAR參數解析
### 一般參數
#### ISTRAT：是否讀取WAVECAR(前次運算獲得的波函數文件)
    0：開始全新運算
    1：接續運算(讀入WAVECAR，計算態密度、能帶、光學性質等情況使用)
    2：接續運算(保持基矢不變的計算中使用)
    3：接續運算(僅讀入上次運算得到的電荷密度與波函數)
#### ICHARG：構建初始的電荷密度
    0：初始的波函數構造
    1：從CHGCAR讀入，並透過原子密度進行線性插值
    2：初始的電荷密度由贋勢決定
    11：讀入自洽的CHGCAR，並運行能帶計算或態密度的非自洽計算
    12：非自洽的原子密度計算
### 自洽計算
#### NELM：允許自洽迭代的最大次數 (默認60)
#### EDIFF：收斂標準(默認 1E-5)
#### ENCUT：贋勢平面波截斷能(默認POTCAR中的INMARK參數)
#### ALGO：電子優化算法
    Normal：blocked Davidson法(IALGO=38)
    VeryFast：RMM-DIIS法(IALGO=48)
    Fast：上面兩種混用
### 弛豫收斂
#### IBRION：離子的移動與弛豫
    -1：離子位置不動
    0：標準的分子動力學模擬
    1：採用準牛頓法優化離子位置
    2：採用共厄梯度法優化離子位置
    3：採用最速下降法優化離子位置
    5：計算Hessian矩陣與體系振動頻率
#### ISIF：是否計算應力及如何結構優化
(當IBRION= 0, 默認為0, 否則為2)
    ![](https://i.imgur.com/g1W0LOD.png)
#### POTIM
    IBRION= 1, 2, 3時，為力的縮放常數，控制離子移動大小(默認0.5)
    IBRION= 0時，為分子動力學運算的時間步長，需手動設置
#### NSW：弛豫的最大次數和分子動力學運算次數(默認0)
#### EDIFFG：離子弛豫收斂標準(默認EDIFF*10)
#### SMASS：分子動力學運算中離子速度(默認-3)
    -3：微正則系綜，總自由能守恆
    -2：初始速度不變，計算總能隨離子位置變化情形
    -1：每NBLOCK次後對初始速度進行縮放
    0 or >0：正則系綜，對溫度進行Nose調控
正則系綜：熱平衡系統中所有可能狀態之集合
微正則系綜：相同能量，粒子數，體積的體系的集合

#### TEBEG：分子動力學模擬的初始速度(默認0)
#### TEEND：分子動力學模擬的末態速度(默認TEBEG)
#### PSTRESS：加入體系的應力張量上的應力大小
### 布里淵區參數
#### ISMEAR：smearing計算方法 (默認1)
    0： Gaussain smearing 法(氧化物、半導體)
    N/1： Methfessel-Paxton order N 法 (金屬)
    -1： fermi smearing 法
    -2：透過FERWE和FERD0設置
    -3：採循環計算確定參數
    -4：沒有布洛赫修正的四面體方法
    -5：有布洛赫修正的四面體方法(K點數>4)
#### SIGMA：smearing寬度 (默認0.2)
    半導體、絕緣體：0.05
    金屬：0.2
## OUTCAR
### 組成
->為最主要的完整輸出，個部分以<---------->分開
    1. 顯示INPUT file(INCAR,POTCAR,POSCAR)
    ex:nearest neighbor distance and analysis of symmetric
    2.結晶,kpoints,及其他體系大小等
    3.Information on the basic set(number of plane waves)
    4.計算所需的內存資訊
    5.疊代計算(每一層疊代都會有能量變化:free energy, energy without entropy，也會有其他資訊如結構最適化中的Eigenvalue,charge and forces以及CPU跑的時間等等)
    6.疊代結束，秀出最終結果，依據計算的項目不同會而不同(position, force, energy)，而最後會有總CPU計算時間
    :notebook: 如要查詢資訊可使用`grep '須查詢資訊' OUTCAR`
### 幾個重要資訊參數
1. 體系的體積 volume
2. 總能 TOTEN (當ISMEAR = -5時，free energy不等於energy without entropy)->計算體系的結合能時，總能為energy without entropy
3. 費米能級 Fermi
## CONTCAR(與POSCAR一樣儲存結構資訊)
->包括前個最後疊代的離子位置
->能做接續下去的動作(=POSCAR)

## OSZICAR
->紀錄疊代過程中能量變化及收斂速度
->影響的重要因素 DAV RMM CG 是電子疊代求解的算法
->被INCAR中的ALGO參數影響
    ALGO = normal -> DAV
    (通常ALGO=fast可解決大部分問題)
->紀錄優化過程(觀察優化過程中能量的變化)

## CHGCAR/CHG(電荷密度文件)

# 論文找尋
https://sci-hub.se/

## 專業名詞
[拓樸結構(空間)](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%8B%93%E6%89%91%E7%A9%BA%E9%97%B4)












