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# System prepended metadata

title: Untitled

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### 25 mai 2020

+ Gestion des PC avec compte générique suite au passage nlle infra
  + 4 machines qui bloquent les comptes
    + compte ipc (TapeStation) -> compte générique avec connexion automatique
    + compte gep (PC de Gilles Renom) ->
    + compte ohem (VM de Laurent Crombez) ->
    + compte gem (PC mystère) ->
  + de nouveaux blocages OHEM et IPC
    + Romain nous annonce qu'IPC n'est pas bloqué
  + on contacte Françoise
  + demander les logs à Romain 
    

+ Validation des congés 
  + ToDo (MAF) 

+ Laurent Castera, proposition FHU 
  + ToDo (MAF) 

+ Interne en FST bioinfo
  + **Augustin**
    + Accueil dans le bureau de Martin
    + Récupérer la machine dite de Hugo qui sert actuellement de rebond.
      + Françoise/Sébastien W. pour configurer de nouvelles adresses CIBLE pour le VPN

        | PROTOCOLE | IP_VPN       | IP_CIBLE_A_SUPPRIMER | IP_CIBLE_A_UTILISER (HOSTNAME)       |
        |:--------- | ------------ | -------------------- | ------------------------------------ |
        | SSH       | 10.240.6.155 | 10.9.206.114         | 10.49.26.130 (dev.bioinfo.chrul.net) |
        | RDP       | 10.240.6.181 | 10.9.206.100         | 10.49.27.22 (VWP253CHR)              |

  + **Pierre-Yves** 
    + Accueil dans le bureau de Céline
    + Quels outils de filtres pour les WES ?
        + A discuter avec Julie

+ Travaux dans la salle 'Novaseq'
  + 2 Machines de rebond
  + Installer les 2 machines si nécessaires dans le bureau bioinfo

+ Alissa
    + Utilisateurs Lillois  : ok
    + Utilisateurs Amienois : ?
    + Planning : attente des creneaux de Jonatan (Agilent)
    + Degré de partage entre les deux sites à discuter
    + Données de démo pour la training
        + Somatic (Hémato ?)
            + Trio WES de MPB possible (Tumeur, Normal, Métastase)
        + trio germline
            + Thomas ?
    + GLPI -> Formation Nourdine ?? (SSA)

+ Pipeline constit gatk4 (CHA)
  + Distinguer les reads modifiés (readgroups) : ok
  + Tests de non-regression à l'étude (Tonio/Fabrice)
  + Bug multiqc, Hsmetrics parfois ne sont pas affichés : ok
  + prêt pour une release (3 mois de test déjà passés)

+ Cluster, nouveaux noeuds (CHA, SSA, CDM)
    + Version Ansible avec Slurm dockerisé : ok
    + mise en place de la gestion des jobs via une BDD : ok
    + Lien avec AD pour le lancement des jobs : ok
    + Tests à faire #ToDo 

+ VSPHERE (SSA)
  + Attente date pour réunion (relance) (CDM)

+ Reseau STHD
  + pour l'agrégat de lien des D30
    + Relancer Nathalie, pas de nouvelle... (FBO)
  + Attente du retour de Fred M. pour obtenir le code PPI (FBO)
    + Passer par Matthieu Meilhac (FBO)  
  + Relancer Thomas Seite pour la pose de la fibre (CDM)
    +  attente numéro de PPI 

+ Compte su DSI (SSA)
  + Pour installer des logiciels sur les postes DRN
    + Relancer Françoise

+ Dragen sur cluster
  + Tests d'un lancement d'un `docker-slurm-worker` sur le serveur Dragen (CDM)

+ Design Vérificator
  + Refactorisation du code à faire
  + Interface PHP à faire
  + test dans le container CHUL 

+ Points Hémato
  + Visualisation des BAM
    + OpenCravat est la solution ?
      + nécessite un connecteur Anatole/OpenCravat (VCF propre) (FBO, CHA)

+ Analyse WGS PP 
  + réunion cette semaine 

+ ONCOCNV (oncotum)
  +  Validation d'ONCOCNV pour la routine
  +  Nécessite la mise en place d'une interface PHP

+ CNV Pour Cathy sur tumeurs (EAG)
  + Réunion semaine du 8 juin.


### 18 mai 2020

+ Gestion des PC avec compte générique suite au passage nlle infra
  + rejoint le problème des machines ou l'utilisateur est admin
    + changement de date pour passer les kits.
  + faire un script qui monte ppcbm, script executable mais non lisible par tout à chacun
    + tester (SSA)

+ Validation des congés
  +  Émilie AIT YAHYA : 23/07 – 12/08
  +  Fabrice BONTE : Début Septembre
  +  Christophe DEMAY : 14/08 - 06/09
  +  Chadi SAAD : 03/08 – 21/08
  +  Simon SALECKI : du vendredi 13 juillet au mardi 31 juillet inclus
  +  Martin : du vendredi 17/07 au 12/08
  + Envoyer l'information (SSA)

+ Scanner de lames et IA
  + Information reçue mais nous ne sommes pas impliqués

+ Laurent Castera, proposition FHU

+ Interne en FST bioinfo
  + PC

+ Alissa
  + Contacter Mikaëla et Sébastien Agilent (EAG)
    + Formation
    + Organisation
    + Contrôle des analyses ?
      + quota
      + type d'analyse ?
  + Contacter utilisateurs Lille
    + qui sont les 5 utilisateurs ? Passer par MPB
  + Contacter utilisateurs Amiens  
    + impliquer au max Nourdine
  + GLPI primordial !
  + Communiquer avec les porteurs du projet sur l'arrivée d 'Alissa '

+ Dragen (EAG)
  + Obtenir un devis / une démarche Typhaine Godefroy et Leo Hutinel
  + Fred M et F. Hoonorst en cc
  + Tenir informé TB.

+ Cluster, nouveaux noeuds (CHA, SSA, CDM)
  + Inclure dans notre cluster : nécessite
    + Vieille version ubuntu
    + Compiler une version de slurm
    + Accès physique
  + Réunion cette semaine (CHA, CDM)
  + Garder la dynamique de Cyrille

+ VSPHERE (SSA)
  + formation prévue par cyrille
    + le relancer
  + attention, accès à toute les VM du CBP
  + faire une sauvegarde instantanée : pas les droits
  + faire une copie (notamment pur la VM phenotips)
  + Faire une réunion dédiée (CDM)

+ Reseau STHD
  + pour l'agrégat de lien des D30
    + Suivre le dossier porté par Nathalie (réunion équipe DRN ce lundi)
    + relancer NAthalie dès mardi ! (SSA, CDM)
  + se tenir informé auprès de Michel pour le planning (FBO, SSA)
  + Relancer Thomas Seite pour la pose de la fibre (CDM)

+ Compte su DSI (SSA)
  + Pour installer des logiciels sur les postes DRN
    + Relancer Françoise

+ Design Vérificator
  + mettre au propre l'exemple de conflit avec SureDesign (version de RefSeq)
    + exemple du design de Claire-Marie
    + 30 régions différentes entre les deux versions de SureDesign (avec quelques mois d'écart)
    + signifie que les NMs dans SureDesign sont mis à jour sans traçabilité
    + A traiter pour fin septembre (CDM, EAG)
  + Refactorisation du code à faire
  + Interface PHP à faire


+ Points Hémato
  + pas de nouvelles bases de données à intégrer
  + Attente du retour de Sandrine sur les champs à intégrer
  + Les bugs relevé ont été corrigés/validés
    + reste le problème de la notation HGVS discordante SeqNext/VEP
      + HGVSc mal annoté, on ne sait qui a raison
        + en attente des positions génomiques de ces régions
    + attente d'exemple d'insertions pour valider la nomenclature.
  + Gestion des panels multiples
   + Traitement en cours
  + Visualisation des BAM
    + OpenCravat est la solution ?
      + Automatisation des bam/bai
      + intérêt de lister les variants (type IGV report)
      + nécessite un connecteur Anatole/OpenCravat (VCF propre) (FBO, CHA)
      + issue en cours de Chadi auprès de OpenCravat

+ Visualisation et tri des variants
  + Comment avancer ?
    + Quel cahier des charges ?
    + On teste les outils ?
      + D'abord OpenCravat ? intérêt du besoin concomitant avec le besoin hémato de visualisation

+ isilonAutoCopy BAM/UBAM
  + necessite une mise à jour de l'isilonAutoCopy historique
  + Faire les 2 en //
  + EN Juin !

+ mise à jour des windows (SSA)
  + 2 machines à JdF
  + serveur SeqNext peut-être

+ GLPI
  + former Nouredine (SSA)

+ WGS PP
  + Réunion Anatole Unleashed semaine prochaine (EAG, FBO)
  + Réunion de rendu (qualité) le 28 mai.

+ MSG logiciels/matériels (FBO)
  + Lui envoyer la liste des matériels (SSA)

+ Compte IPC bloqué (SSA)
  + Pourquoi le phénomène réapparait ?
  + mot de passe avec trop d'erreurs bloque l'accès
    + communiquer le problème aux utilisateurs
    + retour vers nous dès l'identification du problème

+ CNV Pour Cathy sur tumeurs (EAG)
  + Mantis en cours.
  + Prendre connaissance du dossier.

+ FHU Rouen
  + Gleaves / Rennes
    + Trop d'inconnu : cahier des charges, volonté open source, mode de fonctionnement, ...
  + Wings : Attente pour fin mai d'un retour.
  + Alissa
  + Avant tout définir les besoins
    + Faire une matrice de comparaison des outils (BIO)
    + Faire une réponse à Laurent (MAF)

