---
# System prepended metadata

title: DEMO. Biotech

---

# DEMO. Biotech

План:
- зав'язка
    - страшна історія про COVID-19
    - ми - вчені-біохіміки, котрі на початку 2020 розшифрували РНК цього вірусу
    - наша задача - зрозуміти, з чим ми маємо справу і звідки цей вірус взявся
- біохімія РНК/ДНК
    - рибоза
    - ланцюжок з рибози та фосфору
    - рибоза без одного оксигену (деоксирибоза)
    - ланцюжок з деоксирибози та фосфору
    - піримідини: цитозин, тимін, урацил. Що між ними спільного?
    - пурини: аденін, гуанін, кофеїн, сечова кислота. Що між ними спільного?
    - насаджування пуринів та піримідинів на деоксирибозний ланцюжок
    - ДНК: фосфорно-дексирибозний ланцюжок з Ц/Т піримідинами та A/Г пуринами
    - РНК: фосфорно-рибозний ланцюжок з Ц/У піримідинами та A/Г пуринами
    - фантазія: а що якщо замість Г був би кофеїн?
- пошук по фрагменту, це легко зробити навіть через Google Docs
- пошук по фрагменту в великих ДНК. Це вже не так легко зробити, бо файли РНК дуже великі
    - показати як в пайтоні робиться пошук в рядку
    - показати як в пайтоні можна зчитати файл у рядок і потім в ньому робити пошук
- мутації в ДНК. Пошук по рядку більше не працює, потрібен інший спосіб
    - що таке мутація
    - відстань Геммінга між двома однаковими рядками
    - відстань Геммінга можна використати для пошуку кількості мутацій
    - алгоритм як порахувати відстань Геммінга
    - рухоме вікно по ланцюжку РНК, підрахунок відстані Геммінга для всіх можливих позицій
    - серед усіх підрахованих відстаней шукаємо найменшу
    - якщо "найменша відстань"/"довжину невідомого РНК фрагменту" < 5%, то ми знайшли кандидата
- мутації в ДНК. Що робити, якщо мутація додала нуклеотид, а не просто змінила
    - алгоритм Левенштейна. Посилання на код в вікі https://uk.wikipedia.org/wiki/Відстань_Левенштейна
    - (?) ліба textdistance. Установка, імпорт, використання
    - демонстрація мутації з додаванням нуклеотиду
    - демонстрація на реальних РНК (перші 10 символів)
    - спроба знайти відстань Левенштейна в лоб, на весь геном. Чому не працює? скільки часу потрібно щоб воно закінчило? Як оцінити?
    - підрахунок відстані левенштейна
     
     
Посилання:
- http://www.let.rug.nl/~kleiweg/lev/
- простий коронавірус https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MK303625.1?report=fasta
- ковід https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3?report=fasta
- Rosalind --- великий банк задач, http://rosalind.info/problems/tree-view/