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# System prepended metadata

title: 25 de Outubro de 2021

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# 25 de Outubro de 2021

* Acesso ao Kahuna via login node
  * `ssh benilton@kahuna.iqm.unicamp.br` (VPN, não precisa estar no servidor)
  * Submeter tarefas usando qsub, porém, quem submete é o Cromwell
  * `qstat -u benilton`
  * Filas
      * Bigmem - 1 servidor com 1TB, 64 CPUs
      * Allnodes - N servidores com 40 GB (?), 48 CPUs (?)
* Estrutura de arquivos no Kahuna
  * ~/bioinf
      * bin - programas (GATK, picard)
      * code - repositório do GH
      * etc - configuração do Cromwell
      * raw - arquivos FASTQ
      * ref - arquivos de referências
      * res - arquivos de processamento
      * tmp - arquivos do Cromwell (`cromwell-execution`)
      * var - arquivos do banco de dados (MySQL)
* Preparar arquivos
  * Exemplo de JSON de entrada (https://github.com/broadinstitute/warp/blob/develop/pipelines/broad/dna_seq/germline/single_sample/exome/test_inputs/Scientific/D5327.NA12878.json)
  * Copiar arquivos do servidor para o Kahuna
  * Baixar arquivos de refencia (`~/bioinf/ref/hg38`)
  * Copiar arquivos uBAM do servidor
* Workflow por amostra
  * Repositório: https://github.com/labbcb/macrogen-exomes
  * WholeExomeSingleSample, https://github.com/broadinstitute/warp/releases/tag/ExomeGermlineSingleSample_v2.4.6
  * Processar como genoma completo até o GVCF
  * Criar um WDL que chama o pipeline para multi-amostra
* Workflow JointGenotyping
  * Como genoma completo
  * Executar na Neuroimagem, pedir acesso ao Brunno

* WholeExomeMultiSamples
    * WholeExomeSingleSample (sub-workflow)
        * (uBAM) Alinhamento
        * MarkDuplicates
        * VariantRecalibration
        * ApplyRecalibration (BAM final)
        * VariantCalling (GVCF)

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_Quem é você!?_

```
while (condição) {}

while (1) {

    if (condição) {
        break;
    }
}

do {} while (condição)
for (var; adição; condição) {}

for (var in list) {
    var
}
```
