---
# System prepended metadata

title: 19th Workflow Meetup まとめ(8/14)

---

19th Workflow Meetup まとめ(8/14)
================================

2019-08-13(Tue) から 2019-08-16(Fri)
10:00 - 19:00 まで。
初日のみ、大阪は１２時から

# 全体

- ラップアップ時の議論
    - 今後ワークフローのバージョン管理や、メンテナンスが重要になってくるだろう

# 個別

## 石井(理研)

- KEGGTranslator の CWL化した。
    - CircleCI のテストをつけた
    - [manabuishii/keggtranslator\-cwl: KEGGtranslator](https://github.com/manabuishii/keggtranslator-cwl)
- LiveShare がなかなかよかった。
    - gitで一緒に作業した人をコミット時に `Co-authored-by` に、追加してもらえる
    - [VSCode Live Share で、いろいろ試した \- Qiita](https://qiita.com/manabuishiirb/items/9789e2445ec74d131719)
- 仮想マシンのスナップショットをとる時間が、セットアップにかかる時間を超える可能性がある
    - 保存しておくより、スクラップアンドビルドの方が、速く安いかもしれない。

## 西田

- KEGGtranslator のCWL化を学習
    - 石井さん 丹生さん あざす
    - まだ手元でtestさせてもらえてないので明日やります
- KEGGtranslator のbioconda recipeを作成中
- https://github.com/ddbj/human-reseq/tree/master/Workflows を参考に 何々2何々.cwl をchainさせるworkflowも作りたい

## 正村
- 昼前はSPARQLthon83で発表するためのプラニング。
- 午後は論文を片っ端から確認。
- 「心と体の免疫学ー腸内細菌の働きを中心にー」(参考のPDF)で出てきたKarolinska Instituteの“Normal gut microbiota modulates brain development and behavior”などの参考論文のabstractとconclusionを読み、何が実際今の時点で知られているかというのを調べた。
- Visual Studio Codeのトライもした!
　　- VScode Live Share の Sign in の時に PC の TimeZone が狂っているとログインに失敗するという問題に遭遇したが解決した
  　　- https://github.com/MicrosoftDocs/live-share/issues/310

## 大田

- DAT2-CWLの原稿のrevise
  - 強いタイトルが思いつかない
- 原稿の中で使う Workflow のテストをするぞ
  - `cwltool https://github.com/path/to/workflow.cwl https://github.com/path/to/workflow.yml` をおもむろにターミナルにコピペするだけで動いてほしい
    - input data とかを fetch する部分も全部workflowに入れる必要があり若干めんどい


## 丹生 (NII)
- CWL live coding
    - CWL 化の対象は [KEGGTranslator](http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/doc/index.html)
    - ツールのコンテナ化も行った
    - [雑に始めるCWL](https://qiita.com/tm_tn/items/4956f5ca523f7f49f386) 方式
    - ライブコーディングの共有は VSCode の Live Sharing (+ Live Sharing Audio) を使用
        - 21世紀感がすごい
        - これさえあれば遠隔地でもライブコーディングに参加できる！
            - 参加人数上限がどのくらいなのかが気になる
        - パラダイムシフトが起きそう
        - いくつかバグっぽい挙動も見つけたが、実現されている UX を考えると些細な問題
    - 動画を取ってみた
        - 後でアップロードしたい
        - サイズが6GBくらいになりそう。Youtube にアップロードすればいい？
- DAT2-cwl の作業
    - ネットワーク絡みのツールが含まれているワークフローは不安定であるという認識を新たにした
        - ftp サーバーにデータを取得するステップが失敗し続けている

## 坊農（DBCLS）
- CWL live codingに初参加
    - audio sharingに感動
    - データのライセンス問題
- single cell RNA-seqデータ解析のお勉強

## 小野（＠自宅）
- 本来なら会場に参加する予定だったが風邪のためエア参加
- CWL live codingにはVSCode経由で参加
    - 今回はLive Sharing Audio経由で音声でのコミュニケーションも可能に
    - VSCode左上の、Audio Call Participantsがなぜか表示されない（Shared Terminalsとか他のは見える）
        - そのためなのか（？）mute設定ができなかったので咳き込みが音声として共有されることに・・・
        - 再度入ってみたら、みれたので問題なし
    - VSCode上でブラウザ（GitHubページ画面など？）も見れれば完璧ではないかと思う
- Pythonのシンプルなスクリプトをcwltool経由で動かすことができた
    - Dockerの扱いがわからず、そこらへんは今後の課題