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# System prepended metadata

title: Liste des hyperliens pour seqoia gleaves

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# Liste des hyperliens pour seqoia gleaves 
CC : @Jean-Madelaine @sacha 

## Objectif 

- Créer des liens depuis l'interface de gleaves 
    - Via un menu déroulant 
    - Directement sur les cellules qd c'est possible 


2 catégories de liens : 

- Les liens pour un **variant** 
- Les liens pour un **gène** 


2 types techniques de liens : 

- Les **liens directs** qui peuvent être forgé directement à partir de la définition d'un variant/gène ( chrom, pos, start ...)
- Les **liens indirect** ou il faut parser le resultats d'une API REST pour avoir le lien


# Liens pour un variant 

## dbSNP
- Lien direct 

```
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs213950
```

## varsome

- Lien direct 

```
https://varsome.com/variant/hg38/1-216247118-C-A
```

## UCSC_SNP 

- Lien direct 
```
https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?pix=1243&textSize=12&textFont=Helvetica&hgt.labelWidth=20&hgS_otherUserName=View&hgS_otherUserSessionName=Clinical_SNVs_hg38&hgS_otherUserSessionLabel=Clinical%20SNVs&hgS_otherUserSessionDesc=Assess%20potential%20disease%20contributions%20of%20single%20nucleotide%20variants%20in%20coding%20regions&hgS_doOtherUser=submit&position=chr2:165309174-165309206
```

## UCSC_CNV

- Lien direct

```
https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?pix=1243&textSize=12&textFont=Helvetica&hgt.labelWidth=20&hgS_otherUserName=View&hgS_otherUserSessionName=Clinical_CNVs_hg38&hgS_otherUserSessionLabel=Clinical%20CNVs&hgS_otherUserSessionDesc=Assess%20potential%20disease%20contributions%20of%20structural%20variants%20in%20coding%20regions&hgS_doOtherUser=submit&position=chr2:227376001-22739400
```

## Defaf 
```
https://decaf.decode.com/region/chr6:152148340-152148349
````

## Ensembl 

- Lien direct 
```
http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/View?r=chr1:216247118-216247118
```

## mobidetails

- Lien Indirect 
Prendre le premier resultat 
api_key => générer la clef en créant un compte sur mobidetail

#### Request
```bash
http POST https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/
api/variant/create_vcf_str?genome_version=hg38&vcf_str=1-216247118-C-A&caller=cli&api_key=xxxxxxxx

```
#### Results
```json
{
    "NM_007123.5:c.2276G>T": {
        "mobidetails_id": 97697,
        "url": "https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/97697/browser/"
    },
    "NM_206933.2:c.2276G>T": {
        "mobidetails_id": 7,
        "url": "https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/7/browser/"
    },
    "NM_206933.4:c.2276G>T": {
        "mobidetails_id": 97699,
        "url": "https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/97699/browser/"
    }
}

```

## spliceAI 
- Lien direct 

```
https://spliceailookup.broadinstitute.org/#variant=chr1:216247118-C-A&hg=38&distance=50&mask=0&precomputed=0
```



## gnomAD

```
https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-216247118-C-A?dataset=gnomad_r3
```


## variant validator

- Lien direct 
```
https://variantvalidator.org/service/validate/?variant=1-216247118-C-A&primary_assembly=GRCh38&alignment=splign
```

## Clinvar
- Lien indirect

Il faut récupérer le NC_00001 depuis un autre lien

```
Chromosome 1 NC_000001.11
Chromosome 2 NC_000002.12
Chromosome 3 NC_000003.12
Chromosome 4 NC_000004.12
Chromosome 5 NC_000005.10
Chromosome 6 NC_000006.12
Chromosome 7 NC_000007.14
Chromosome 8 NC_000008.11
Chromosome 9 NC_000009.12
Chromosome 10 NC_000010.11
Chromosome 11 NC_000011.10
Chromosome 12 NC_000012.12
Chromosome 13 NC_000013.11
Chromosome 14 NC_000014.9
Chromosome 15 NC_000015.10
Chromosome 16 NC_000016.10
Chromosome 17 NC_000017.11
Chromosome 18 NC_000018.10
Chromosome 19 NC_000019.10
Chromosome 20 NC_000020.11
Chromosome 21 NC_000021.9
Chromosome 22 NC_000022.11
Chromosome X NC_000023.11
Chromosome Y NC_000024.10
```

```
https://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term="NC_000001.11:216247118:C:A
````



# Lien pour un gène 

## HGNC 

- Lien direct 

```
https://www.genenames.org/tools/search/#!/?query=CFTR
```

## Genecards
- Lien direct 

```
https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=CFTR
```

## Ensembl 

- Lien direct 

```
https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000166341
```

## gnomAD 

- Lien direct 

```
https://gnomad.broadinstitute.org/gene/ENSG00000001626?dataset=gnomad_r2_1
```

## Decipher

- Lien direct 

```
https://www.deciphergenomics.org/gene/CFTR/overview/clinical-info
```

## Gtex

- Lien direct 

```
https://gtexportal.org/home/gene/CFTR
```

## Google 

- Lien direct

```https://google.com/search?q=CFTR```