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title: Edição de árvores filogenéticas no Figtree
tags: [PPG Evolução e Diversidade, Sistemática Filogenética]

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title: 'Edição de árvores filogenéticas no Figtree'
disqus: hackmd
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![](https://i.imgur.com/3mtdFLZ.jpg)

Edição de árvores filogenética no Figtree
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## Conteúdo

[TOC]

## Download do Figtree

1. Visite o site https://github.com/rambaut/figtree/releases
2. Baixe o arquivo **FigTreev.1.4.4.zip (Win)** ou **FigTree_v1.4.4.tgz (Linux)**

![](https://i.imgur.com/1FjQYzs.png)

3. Descompacte o arquivo. Entre na pasta descompactada e execute o arquivo FigTree.exe (no Linux vá para lib>FigTree.jar). O programa executável se abrirá como abaixo.

![](https://i.imgur.com/9QRZeCK.png)


## Edição de árvores 1

1. Abra o arquivo **.tre** resultado de sua análise filogenética. 

![](https://i.imgur.com/N1mYTr0.png)

2. No canto esquerdo há diversas ferramentas que podem ser utilizadas para edição das árvores. Em **Layout** é possível alterar o formato da árvore.

p. ex.

![](https://i.imgur.com/DkAfv7Z.png)


3. Em **Appeareance > line weight** é possível alterar a espessura das linhas.

![](https://i.imgur.com/wteXoY8.png)

4. Em **trees > transform branches** é possível homogeinizar o tamanho dos ramos.

![](https://i.imgur.com/kPPTfY7.png)


5. Em **tip labels** é possível aumentar o tamanho dos nomes dos terminais.

![](https://i.imgur.com/3bGldwf.png)


6. Em **branch labels** é possível observar os valores de bootstrap, caso a árvore seja resultante de uma análise de bootstrap. (*Veja mais em Edição de árvores 2 - Bootstrap*)

7. Em **scale bar** é possível aumentar o tamanho da escala, ou até mesmo retirá-la ao desmarcar a caixa.

![](https://i.imgur.com/NdjrfQa.png)

8. Muitas outras opções de edição são possíveis no FigTree permitindo editar a árvore para publicação. É possível mudar o estilo da fonte, cores da fonte e ramos. Por exemplo, em **Layout > Curvature**, é possível suavizar a borda dos ramos, deixando mais curvos ou mais retos. 

![](https://i.imgur.com/muIVIzP.jpg)

## Edição de árvores 2 - Bootstrap

1. Abra o arquivo **.tre** resultado de sua análise filogenética. 

2. Abra também o arquivo resultante da sua análise de bootstrap. O Figtree perguntará qual nome você quer dar para os valores que estão embutidos na árvore. Insira um nome abreviado, p. ex. **"btp"** e dê ok.
![](https://i.imgur.com/gVgocYh.png)

3. Sua árvore de bootstrap será aberta.

![](https://i.imgur.com/fFp3GTv.png)


4. Vá em **branch labels** e selecione a caixa. Em **display** selecione o nome abreviado dado anteriormente para o bootstrap. Os valores serão exibidos nos ramos.

![](https://i.imgur.com/WuUfB5i.png)

**OBS.: ATENÇÃO, ESSA NÃO É A SUA ÁRVORE VERDADEIRA, ELA FOI CALCULADA SOMENTE PARA O BOOSTRAP. ESSES VALORES DE BOOTSTRAP DEVEM SER INSERIDOS NA SUA ÁRVORE RESULTANTE DA ANÁLISE FILOGENÉTICA.**

5. Para inserir os dados de boostrap na sua árvore verdadeira abra a mesma no Figtree. 

6. Você precisará clicar em cada um dos ramos correspondentes que possuem suporte de boostrap.

![](https://i.imgur.com/583Tpq8.png)


7. Depois clique em **Annotate** na barra de tarefas superior. Uma nova janela se abrirá. Insira o valor de bootstrap correspondente para aquele ramo e dê ok.

![](https://i.imgur.com/m5x3ZgE.png)

8. Agora vá em branch labels, selecione a caixa e em **display** selecione **names**.

![](https://i.imgur.com/J5eU2R6.png)

9. Aumente o tamanho da fonte, se necessário.

![](https://i.imgur.com/L3PjQ3I.png)

10. Repita o mesmo para cada ramo até que todos os valores de bootstrap sejam inseridos.



**O FIGTREE É UM PROGRAMA BÁSICO. PARA PROGRAMAS MAIS SOFISTICADOS COMO:** 

Pacote P4 para o Python (http://p4.nhm.ac.uk/index.html)

TreeGraph2 www.treegraph.bioinfweb.info 

Tree viewer www.etetoolkit.org/treeview/

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