# 44th Workflow Meetup (2021-09-01 Wed) ================================ [20210901 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20210901) 2021-09-01(Wed) 13:00 - 19:00 まで。 完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。 ピタゴラMEETUPは 2021-09-22 (水曜日)１０時からです。 # 事前計画 ## 全体 - GHCRのコンテナ容量問題が解決したかを、みなさんにたずねる。 - 500MBがトータルのマックスっぽい - プライベートかパブリックかはわかってない - [Jupyterlabのコラボのハンズオン](https://github.com/workflow-meetup-jp/handson/tree/main/20210602) - CWL User Guideを動かす - スクラッチからどれくらいで準備ができるか - dockerはつかえなさそうだがどうなんだろう。 - udockerをいれればよいではないか？ - rootless docker? - binderは、OSはUbuntuの18.04です - binderとngrokがあれば、Galaxyをたてられるんではないか？ - グラフの書き換えがみんなにわかるとよいだろう - y=2xのグラフをy=3xにしたら、全員の画面がかわればそれはそれで便利そう。 ## 石井 - 次回日程を決める - 10月6日水曜日が第一水曜日なのでたぶんこの日。 - 2021年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。 ## 西田 ## 丹生 ## 末竹 - Sapporo お仕事 # こうなりました ## 全体 - 次回10月6日水曜日を予定 ### JupyterLabのgithubサイトを作る - [workflow\-meetup\-jp/jupyterlab\-rtc\-template: Jupyter Lab](https://github.com/workflow-meetup-jp/jupyterlab-rtc-template) - 以前作っていた。 - これをテンプレートに作業ができたはず。 - 必要があれば更新していく ## 石井 - docker hub と github の Automated Buildの連携が新規にできなくなっている？ - quay.io か？ - Singularity のイメージの書き換え - https://stackoverflow.com/a/60765029 - .singularity.d/runscript - `OCI_ENTRYPOINT` の書き換えを行いたかった - `singularity run --pwd` で WORKDIR の移動ができた。 - hub.docker.comがきつい状況になりつつある。 - sapporo ## 西田 ## 丹生 - やっと来週ワクチン接種(１回目) - ep3 のバックエンドいじり - CWL の schema (schema salad製)から CWL パーサを生成するコンパイラコンパイラを作ろうとしていた - 動くと思ってたのコードが動かないと判明して途方に暮れている - https://run.dlang.io/is/9WIouh - バグと断言していいのか悩む - YAML 中の URI (`$import` や `$include`)をコンパイル時に読み込むのに必須 - おとなしく [cwl-utils](https://github.com/common-workflow-language/cwl-utils) を使えという圧力を感じる - [SoftwareRequirement](https://github.com/common-workflow-language/cwltool#leveraging-softwarerequirements-beta) の使い所を知る - 特定用途で便利な機能が意外と仕様として用意されている - ただし実装依存なので過信は禁物 ## 末竹 - Sapporo お仕事 - cwltool などの version up - branch や repository の整備 ## 大田 - 某臨床DBの修正と閉鎖系に投入するパッケージの作成が完了 - Sapporoの今後の方針決めdone - toil/slurm周りの解説をしてもらった - 9/6 pm に Sapporo 祭りをします - 9/10 に DDBJ meeting があるのでそこで諸々決める - Alex に頼まれたのでGA4GHでしゃべる ## 池田 # 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ - ここから書く - Nextflow - [nextflowで暗黙的な変数cpusを設定するやり方について \- Qiita](https://qiita.com/kojix2/items/d9a12f198aecd5d92c29) - OSSライセンス - [OSS ライセンスの最近の潮流: PolyForm License について](https://tech.bitbank.cc/20210823/) - rootless docker - https://docs.docker.jp/engine/security/rootless.html#rootless-prerequisites -https://docs.docker.jp/engine/security/rootless.html#centos-7 - すえたけさんより、rootless dockerの起動に関するアドバイスをいただく。 ``` 起動方法として2種類あって、 systemctl --user start docker と dockerd-rootless.sh --experimental --storage-driver vfs です。 前者は、daemon みたいに常駐させられますが、CentOS7 みたいにちょっと古い OS だと対応していないです。Ubuntu/Debian は対応していました。 後者は普通に foreground process みたいに立ち上がるので、tmux や nohup を使って、常駐化させればいいと思います。 させてない場合は logout したら container も落ちます。 ``` - ユーザー権限でのデーモン起動周りはこの辺ですかね。 - https://wiki.archlinux.jp/index.php/Systemd/%E3%83%A6%E3%83%BC%E3%82%B6%E3%83%BC - rootless podman - [New features for running containers on NFS with rootless Podman \| Enable Sysadmin](https://www.redhat.com/sysadmin/nfs-rootless-podman)