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title: 18th Workflow Meetup まとめ

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18th Workflow Meetup まとめ
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10:00 - 19:00 まで

# 全体

- VSCode の Live Share を使ってLive Coding をした。
    - 大阪からも、スイスからもつなげた
    - インパクトがすごい
    - メリット
        - 他の人の書き方がわかる上に、自分も書いていけるので、かなり学習の効率がよい。
        - 新規になにか勉強するときには、非常に効率よく学習できる感じがする
        - 他の人が現在どこをみているのか、すぐにジャンプできるのでよい。
        - ターミナルのログのさかのぼりかたも自由にできるので、エラーを探すのも速い

# 各自

## 石井
- Live Coding で、CWLを書いた
    - [manabuishii/workflow\-ci: CWL workflow and test with travis\-ci](https://github.com/manabuishii/workflow-ci)
    - ツールを書いて、テストも書いた、travis で、CIをまわしはじめ、circleci へも対応中
- bwaの小さなインデックスなどのありかたがわかった
    - [hacchy1983/CWL\-workflows: Workflows written in common workflow language \(CWL\)](https://github.com/hacchy1983/CWL-workflows)
    - DATAの下にあるデータは、bwaのインデックスと、小さな配列

## 海津 西田
- genome配列 to simulation model のためのワークフローの検討
    - 遺伝子の制御構造までゲノム屋さんが考える余裕は無い?
- ![](https://i.imgur.com/dwsCbyT.jpg)
    - dfastを https://github.com/hyattpd/Prodigal で使っていきたいと思う 
- 画像の特に赤マル箇所をワークフロー化したい
    - 赤マル箇所の定番ソフトがそもそもわからん
    - 赤マル箇所のawesome-cwl無い?
    - ソフトリストを作りたい、定番ソフトをはっきりさせワークフローを組みたい
    - それらソフトはwebでなくローカルにインストールさせてほしい
- TF bsはむずいかもだからとりあえずoperon予測がしたい
    - まず使うoperon予測ソフト決めてワークフローを組みたい
    - transfacは有名だが有償ソフト 生物種のこともあるし...
    - https://molbiol-tools.ca/Promoters.htm 見たりしてた
    - https://github.com/MarcoDiSalvo90/G4PromFinder ごとうさんに教えていただいた


## 丹生
- CWL を書いていた
    - 新海さんに `gatk BaseRecalibrator` でエラーが出る問題を解決してもらった
        - 入力フォーマットが微妙に異なっていた模様
        - ちゃんと与えられた手順書に従いましょう
    - 今度は `bwa mem` にハマる (ライブコーディングでやった bwa-mem とは別: 未解決)
      ```console
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.3.1", "DRR006760.3.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.1.1", "DRR006760.1.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.4.1", "DRR006760.4.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.2.1", "DRR006760.2.2"
      ```
      - (池田です)ヘッダーを修正して、リードの名前を同じものにしてください。末尾の".1"、".2"を除外してください
      - 問題の DRR006760_*.fastq は、wget で落とした sra を fastq-dump で変換したもの
          - オプションの問題？要確認
              - (池田です)　-I　とか -readids 等のオプションが指定されていませんか？
              - `Append read id after spot id as 'accession.spot.readid' on defline.`
              - pitagora-cwl の fastq-dump で、意図しない `-readids` がデフォルトで有効になっていのが原因と思われる
      - docker コンテナ、`brew` でインストールした bwa でも同様
          - コンテナ: `quay.io/biocontainers/bwa:0.7.17--h84994c4_5`
          - brew: 0.7.17
- ライブコーディング
    - Travis CI が提供する環境が古くなっている
    - 今から始めるなら他の CI 環境の方がいいかも
    - 「ここをこう修正して」とか言う時間があれば自分で修正できる
- VSCode Live Share の衝撃
    - まさかのノーガード戦法
    - コンテナなどで環境を作るのなら十分あり
    - Language Server がホストに入っていれば、おそらくゲストも LS の恩恵を受けられる(はず)
        - cwlls reboot の機運が高まる


## 大田 (from Basel, Swiss)

- 4日目にして時差ボケを解消しつつある
  - 昨日は史上最高に暑い日だったらしい、午後の気温が38度とかだった
- ライン川にMacBookAirを水没させたが生きていた
    - w
- VScodeのLiveShareでスイスから日本に接続した
  - バカウケだった
- 今から CoFest 1日目です
  - nextflow勢が5人くらい、CWL勢が8人くらい、WDL勢が1人のワークフローグループにいる
  - DAT2-CWL の原稿を書いたりします
  - あとSapporoのデモをするかも
  - Sapporoにnf-coreのnextflow workflowsを入れたい

## 藤野
- Genomon pipeline を淡々と CWL に移植中
  - 元のパイプラインで設定ファイルにパラメータが大量に指定できるようになっている
  - CWL でパラメーターを記述しても数が膨大に（デフォルト値とか指定できるならそうしたほうがいいのか）
  - 作った人に聞かないとパラメータの意図は分からなそう
- あとは共同でライブコーディング

## 池田
- VS Code Live Shareでライブプログラミングに参加した
    - これは面白い
- rootless dockerを試そうと思っていたが次回以降に延期...
    
## 谷沢
- バクテリアゲノム解析まわり
  - platanus ~ dfast CWL化（途中）
- Live Shareすごい。（これだけでも来た甲斐あった）



## 新海
- cwlライブコーディングで色々と勉強
    - bwa mem等を実際にcwl化する等 
    - 皆さんのやり取りを聞いていても勉強になります
    - というかlive share凄いですね、時代は令和

## 小野
- VScodeの機能に驚いた..
    - Live Shareのextentionを使えば自分のPCを眺めながら（書き込みながら）ライブコーディングに参加可能
        - read onlyでも、他の方のターミナルをいじることも、権限選べる
    - GitHub以外（MicroSoft）とのアカウントとの連携もできそう
- CI真面目に考えときたいと感じた
    - ライブコーディングで学べたのはかなり大きい

## 後藤
- cwlライブコーディングを通じてCWLの体験
- DFASTの体験。
    - 昔は一晩かかった遺伝子アノテーションが全自動で10分足らずでできる！ <- 要望・質問等あればslackかメール ytanizaw@nig.ac.jp へよろしくお願いします。

## 八谷
- ライブコーディング時にテストデータ提供、CWL作成、ジョブファイル(YAML)作成、などに貢献
- CI（TRAVIS CI, CIRCLECI）のやり方がとても勉強になった

## 末竹
- CircleCI の Bug っぽいのを解決した
    - https://github.com/CircleCI-Public/circleci-cli/issues/281#issuecomment-515393419
