18th Workflow Meetup まとめ
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10:00 - 19:00 まで

# 全体

- VSCode の Live Share を使ってLive Coding をした。
- 大阪からも、スイスからもつなげた
- インパクトがすごい
- メリット
- 他の人の書き方がわかる上に、自分も書いていけるので、かなり学習の効率がよい。
- 新規になにか勉強するときには、非常に効率よく学習できる感じがする
- 他の人が現在どこをみているのか、すぐにジャンプできるのでよい。
- ターミナルのログのさかのぼりかたも自由にできるので、エラーを探すのも速い

# 各自

## 石井
- Live Coding で、CWLを書いた
- [manabuishii/workflow\-ci: CWL workflow and test with travis\-ci](https://github.com/manabuishii/workflow-ci)
- ツールを書いて、テストも書いた、travis で、CIをまわしはじめ、circleci へも対応中
- bwaの小さなインデックスなどのありかたがわかった
- [hacchy1983/CWL\-workflows: Workflows written in common workflow language \(CWL\)](https://github.com/hacchy1983/CWL-workflows)
- DATAの下にあるデータは、bwaのインデックスと、小さな配列

## 海津 西田
- genome配列 to simulation model のためのワークフローの検討
- 遺伝子の制御構造までゲノム屋さんが考える余裕は無い?
- 
- dfastを https://github.com/hyattpd/Prodigal で使っていきたいと思う
- 画像の特に赤マル箇所をワークフロー化したい
- 赤マル箇所の定番ソフトがそもそもわからん
- 赤マル箇所のawesome-cwl無い?
- ソフトリストを作りたい、定番ソフトをはっきりさせワークフローを組みたい
- それらソフトはwebでなくローカルにインストールさせてほしい
- TF bsはむずいかもだからとりあえずoperon予測がしたい
- まず使うoperon予測ソフト決めてワークフローを組みたい
- transfacは有名だが有償ソフト 生物種のこともあるし...
- https://molbiol-tools.ca/Promoters.htm 見たりしてた
- https://github.com/MarcoDiSalvo90/G4PromFinder ごとうさんに教えていただいた

## 丹生
- CWL を書いていた
- 新海さんに `gatk BaseRecalibrator` でエラーが出る問題を解決してもらった
- 入力フォーマットが微妙に異なっていた模様
- ちゃんと与えられた手順書に従いましょう
- 今度は `bwa mem` にハマる (ライブコーディングでやった bwa-mem とは別: 未解決)

      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.3.1", "DRR006760.3.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.1.1", "DRR006760.1.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.4.1", "DRR006760.4.2"
      [mem_sam_pe] paired reads have different names: "DRR006760.2.1", "DRR006760.2.2"

- (池田です)ヘッダーを修正して、リードの名前を同じものにしてください。末尾の".1"、".2"を除外してください
- 問題の DRR006760_*.fastq は、wget で落とした sra を fastq-dump で変換したもの
- オプションの問題？要確認
- (池田です)　-I　とか -readids 等のオプションが指定されていませんか？
- `Append read id after spot id as 'accession.spot.readid' on defline.`
- pitagora-cwl の fastq-dump で、意図しない `-readids` がデフォルトで有効になっていのが原因と思われる
- docker コンテナ、`brew` でインストールした bwa でも同様
- コンテナ: `quay.io/biocontainers/bwa:0.7.17--h84994c4_5`
- brew: 0.7.17
- ライブコーディング
- Travis CI が提供する環境が古くなっている
- 今から始めるなら他の CI 環境の方がいいかも
- 「ここをこう修正して」とか言う時間があれば自分で修正できる
- VSCode Live Share の衝撃
- まさかのノーガード戦法
- コンテナなどで環境を作るのなら十分あり
- Language Server がホストに入っていれば、おそらくゲストも LS の恩恵を受けられる(はず)
- cwlls reboot の機運が高まる

## 大田 (from Basel, Swiss)

- 4日目にして時差ボケを解消しつつある
- 昨日は史上最高に暑い日だったらしい、午後の気温が38度とかだった
- ライン川にMacBookAirを水没させたが生きていた
- w
- VScodeのLiveShareでスイスから日本に接続した
- バカウケだった
- 今から CoFest 1日目です
- nextflow勢が5人くらい、CWL勢が8人くらい、WDL勢が1人のワークフローグループにいる
- DAT2-CWL の原稿を書いたりします
- あとSapporoのデモをするかも
- Sapporoにnf-coreのnextflow workflowsを入れたい

## 藤野
- Genomon pipeline を淡々と CWL に移植中
- 元のパイプラインで設定ファイルにパラメータが大量に指定できるようになっている
- CWL でパラメーターを記述しても数が膨大に（デフォルト値とか指定できるならそうしたほうがいいのか）
- 作った人に聞かないとパラメータの意図は分からなそう
- あとは共同でライブコーディング

## 池田
- VS Code Live Shareでライブプログラミングに参加した
- これは面白い
- rootless dockerを試そうと思っていたが次回以降に延期...

## 谷沢
- バクテリアゲノム解析まわり
- platanus ~ dfast CWL化（途中）
- Live Shareすごい。（これだけでも来た甲斐あった）

## 新海
- cwlライブコーディングで色々と勉強
- bwa mem等を実際にcwl化する等
- 皆さんのやり取りを聞いていても勉強になります
- というかlive share凄いですね、時代は令和

## 小野
- VScodeの機能に驚いた..
- Live Shareのextentionを使えば自分のPCを眺めながら（書き込みながら）ライブコーディングに参加可能
- read onlyでも、他の方のターミナルをいじることも、権限選べる
- GitHub以外（MicroSoft）とのアカウントとの連携もできそう
- CI真面目に考えときたいと感じた
- ライブコーディングで学べたのはかなり大きい

## 後藤
- cwlライブコーディングを通じてCWLの体験
- DFASTの体験。
- 昔は一晩かかった遺伝子アノテーションが全自動で10分足らずでできる！ <- 要望・質問等あればslackかメール [e-mail] へよろしくお願いします。

## 八谷
- ライブコーディング時にテストデータ提供、CWL作成、ジョブファイル(YAML)作成、などに貢献
- CI（TRAVIS CI, CIRCLECI）のやり方がとても勉強になった

## 末竹
- CircleCI の Bug っぽいのを解決した
- https://github.com/CircleCI-Public/circleci-cli/issues/281#issuecomment-515393419