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title: 34th Workflow Meetup (11月6日)

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# 34th Workflow Meetup (11月6日)
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[20201106 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20201106)

2020-11-06(Fri)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体

### カンファレンスのテスト（[2020年10月12日](https://hackmd.io/6wa0oRDyTTeGZX3t0lH8HQ)の回を参考にする)
    - (仮)ワークフローカンファレンス開催のための準備
        - 西田さんに練習経験あり
        - １時間を予定
        - 議題候補
            - 「ワークフローに関する調査で知りたい項目について」
                - どのプラットフォームで動く
                - 最終更新日
                - 実際につかっている例とか

#### 登壇する人はZoomに参加していただいて、見る人は、youtubeで見る。

#### 配信者の画面と、音声と、カメラがyoutube経由でみれることは確認した。

- 登壇者のカメラはあったほうがよいか？
    - 登壇者の希望に合わせるでよいきがした

#### 質問の受付方法はいくつかある。

- Slack, workflow-meetupの特定のチャンネル
    - これが第一候補
    - 質問がきたら、石井か西田さんなどモデレータを介して、ピックアップしてすすめる
- 検討したが使わない予定
    - YouTubeのコメント
    - sli.doを使う
        - youtubeで気にする人がいるとき
        - 無料と有料プランがある。
    - twitterのハッシュタグは拾うのが大変そうだろう。

#### 懸念点など
- 万が一を考えて、西田以外にもどなたかにZoomの有料プランに入ってもらった方がいいかも。
    - 別件でいりそうなので、石井入る予定です。

## 石井

- 次回の日程をきめる
    - 候補１，１２月４日金曜日１３時から
- もろもろ事務処理
    - メールとか
- バイオハッカソン２０２０ヨーロッパに向けて（１１月８日から）
- カンファレンスの話

## 西田

- (尾崎さんから機会をいただいた) Pitagora Meetup＋Workflow meetup の紹介記事(JSBi newsletter)のアウトラインを書く

## 尾崎

- ramdaq が nf-core にリジェクトされたので、今後の開発の方向性を考え直す時間にする。
- ramdaq で UMIカウントができるように、仕様と設計を詰める

## 末竹

- BioHackathon EU について考える
    - https://hackmd.io/@U5ytLwFFTICYcrbUhKfVtg/ryvHHIGFD/edit

## 丹生
- [Medal](https://github.com/tom-tan/medal) いじり
    - 次期 [ep3](https://github.com/tom-tan/ep3) バックエンド

# こうなりました

## 全体

### カンファレンスの準備

#### 配信部分

- 登壇者がZoomに接続したものが、YouTubeにながれることを確認した
    - カメラ、音声、画面が共有できることがわかった。
    - ZoomとYouTubeの遅延は３０秒くらいあるかもしれない。
- 質問は、Workflow-meetupのSlackの特定のチャンネルで受付するのがよさそうだ
    - モデレータを用意し、その人が質問をピックアップして、登壇者に伝えて、答えてもらう方式を採用予定

#### 未決定

- 開催日
- 登壇者
- 石井とか西田さんが予定している、「ワークフローシステムに関する調査」で紹介すること
- アーカイブするかどうか

## 石井

- 次回の日程をきめた
    - １２月４日金曜日１３時から１９時
- ひとつはメールした
- ひとつは、先に進んだ
- 自分でcelebrateボタンを押して、自分の気分をあげてみる
- BH20ヨーロッパに向けての打ち合わせ。
    - プロジェクト一覧はこちら
    - [elixir\-europe/BioHackathon\-projects\-2020: This repository is meant for the participants of the BioHackathon hosted in Barcelona in Nov 2020 to share ideas, create issues, manage projects, publish materials, create code, etc\.](https://github.com/elixir-europe/BioHackathon-projects-2020/)

## 西田
- JSBi newsletter のアウトラインは下記

### ワークフローとは?
- 昔と今のワークフローの違い (昔==Tavernaとか..)
- Dockerとかクラウドなど多くの新しいソフトウェア技術を併用するようになった
- そんないろんなことを研究者が独学するのは無理がある (研究者はベストプラクティスだけを学び、研究テーマに専念する時間を増やしたいと思っている)
- そのようなバイオインフォマティクスにおけるワークフロー技術活用に伴う問題をコミュニティを作りピアサポートを行うことで解決することを目的としたミートアップがPitagora MeetupとWorkflow Meetupである
### Pitagora MeetupとWorkflow meetupとは?
- ワークフロー関連技術の互助会コミュニティ
- どんなメンバーがいて、どんなピアサポートを受けることができる? そしてサポートを受けた先にどのような出版チャンスがある? (ぶっちゃけここがあまりシステムとして確立できてない[特にworkflow meetupは]ので出版を見越して作り上げた方がいいかもしれない...)
- Nextflowならnf-coreに採択されるという道があるだろう。
- Bioconductorなら採択されるとF1000ResearchのBioconductor gatewayで出版チャンスがある (CWL, snakemake, nf-coreでは?)
- CWLでは阪大の安水さんのような出版例がある
- 大田さん・galaxy、大田さん石井さん丹生さん・CWL、尾崎さん芳村さん・nextflow，...
- こういったコミュニティ活動は海外では日本よりも盛んに行われている。ワークフローに限らなければBioconductorもそう。
### 世界のワークフロー系コミュニティの現状
- Galaxy Training Network
  - Galaxyとは...、どういう特徴が...
  - 実用例
- Nf-core
  - Nf-coreとは...、どういう特徴が...
- 実用例
### その他
- Snakemakeとは...、どういう特徴が...
  - 実用例
- CWLとは...、どういう特徴が...
  - 実用例 VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data
### Pitagora MeetupとWorkflow meetupの今後の展望
...

### 参考文献(スタイル無視で取り急ぎ)
- Sustainable data analysis with Snakemake doi.org/10.5281/zenodo.4240139
- Community-Driven Data Analysis Training for Biology doi.org/10.1016/j.cels.2018.05.012.
- The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x.
- VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa859



## 末竹

- まとめた
    - https://hackmd.io/@U5ytLwFFTICYcrbUhKfVtg/ryvHHIGFD/edit
- 運営にメールした
    - 「こっちの参加者全員日本時間だから、全て参加できないかも」
    - 「なんかプロジェクトリードじゃない人が話したり、そもそも誰も居なかったりもするかも」
    - 「出来る範囲内で頑張る」
    - って感じの内容

## 丹生
- BH20
    - 作業項目の確認
    - ep3 を Sapporo のバックエンドとして動かしたい
- [Medal](https://github.com/tom-tan/medal) いじり
    - ログ項目を少し充実させた (以下はコマンド実行成功時のログ)
        - デフォルトでこれだけ出せばデバッグ時には困らないはず
      ```json
      {
        "log-level": "info",
        "payload": {
          "command": "echo deallocate #{resource}",
          "event": "end",
          "in": {
            "dealloc_state": "not-started",
            "exec_state": "done",
            "resource": "super-fast-computer"
          },
          "name": "deallocate",
          "out": {
            "dealloc_state": "done",
            "exec_state": "done"
          },
          "sender": "transition",
          "success": true,
          "transition-type": "shell"
        },
        "thread-id": "Tid(7fc2456bf000)",
        "timestamp": "2020-11-06T05:29:39.6223976+00:00"
      }
      ```
    - medal の入力を投げると dot ファイルを生成するスクリプトもあるので(主にデバッグが)捗る
      ```console
      $ ./net2dot.d examples/network.yml out.dot
      $ dot -T png out.dot -o out.png
      ```
      ![](https://i.imgur.com/F0r7wQI.png)

## 大田

- 来週の EU BH の前準備（というか見直し）
  - Remo のテストに参加
  - Sapporo の改善をします
- そういえばAlexからElixir Cloudチームのdocumentが共有されていた
  - Reusable UI component について
  - 自由に人に見せていいよということなので貼っときます
    - https://docs.google.com/document/d/18wOncEs-sBrKjnCp25n_nB_YZbckg-_XHu694KvbFCA/edit
- 名付けに悩んでいる

## 後藤
- ひさびさに参加した
- BioRubyを触った
  - README.rdoc を触った程度 
- LinuxからMicrosoft Office365のOneDriveにアクセスする  https://github.com/abraunegg/onedrive を試した。
  - Debian Sidのソースパッケージ https://packages.debian.org/ja/source/sid/onedrive を取ってきてbusterでビルドしてインストールしたものを使用。
  - ダウンロードはOK確認、アップロードや更新は怖くて試していない。


## 尾崎

- 裏で学生対応などをしていて進捗がなかった…（物理的に缶詰になることが進捗のために大事）
- nf-core は標準化を大事にしている
    - あるタスクができるパイプラインは一つだけ
    - なので、パイプラインを作る前に nf-core のコミュニティ（GitHubとSlack）に入ってもらって、提案を出す
    - https://nf-co.re/developers/adding_pipelines#join-the-community "It's good to introduce your idea early on so that it can be discussed, before you spend lots of time coding."
- リジェクトされた https://github.com/rikenbit/ramdaq.nf を公開しました

## 芳村

- ramdaq (https://github.com/rikenbit/ramdaq.nf) のチケット消化
    - 二階堂研内で出ていた機能拡張要望に対応
- VSCodeがelwood(ラボの共有計算機)にRemote-SSHでつながらない
    - ターミナルでは普通に入れる
    - VSCodeのリリースノートを確認する 