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title: 45th Workflow Meetup (2021-10-06 Wed)

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# 45th Workflow Meetup (2021-10-06 Wed)
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[20211006 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20211006)

2021-10-06(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体

- GHCRのコンテナ容量問題が解決したかを、みなさんにたずねる。
- docker hub ライセンスについて
    - ９月１日くらいの時点では pull の数に制限があるのではないか？
- [Jupyterlabのコラボのハンズオン](https://github.com/workflow-meetup-jp/handson/tree/main/20210602)
    - CWL User Guideを動かす
    - スクラッチからどれくらいで準備ができるか
    - dockerはつかえなさそうだがどうなんだろう。
        - udockerをいれればよいではないか？
        - `rootless docker` ?
    - binderは、OSはUbuntuの18.04です
    - binderとngrokがあれば、Galaxyをたてられるんではないか？
- グラフの書き換えがみんなにわかるとよいだろう
    - y=2xのグラフをy=3xにしたら、全員の画面がかわればそれはそれで便利そう。


## 石井

- 次回日程を決める
    - 11月3日水曜日が第一水曜日なのだが、「文化の日」で休みのようである。
    - 2021年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。
- python3
    - python3 setup.py --help
        - これが便利
    - python3 -m pip
    - python3 -m venv venv
        - which pip
        - which python3
- VSCode の Remote SSH 先の containerをいいかんじに使えるとよいのだが、、、
    - なぜか、手元でも色々やる必要のがなくなるともっとつかいやすくなるだろう。

## 西田

- https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/contributing/tutorials/slides-with-video/tutorial.html の調査
    - https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/bioconductor-high-quality-training-and-support-for-a-worldwide-community/ の関連でそれを行う必要があり。

## 丹生

## 末竹

- sapporo repository の移管作業
- neko punch discussion
  - https://hackmd.io/W7_NNA8iTEK9wsb57aSQOg
- sapporo ddbj footer/header 周りの確認
  - default の header を落としたら表示された

# こうなりました

## 全体

- 次回11月10日水曜日に決定

### JupyterLabのgithubサイトを作る

## 石井

- 次回の日程を2021-11-10(Wed)に決めた
- いろいろ、作業をすすめた
    - sapporo-web, sapporo-serviceをnativeで立ち上げた
- 猫パンチ
    - `neko-panch` は `neko-punch` では？ 


## 西田

- AWSのIAMの作りかたをみなさんに教えてもらった
- とりま https://github.com/cloudyr/aws.polly で何かしゃべらすことはできました
- が https://github.com/jhudsl/ari の ari_narrate でエラー。 Windowsなのが悪いっぽい。Ubuntuで同じことをやろうと思う。
- Windowsでも ari_spin と ari_stitch は使えた==mp4ができた
- https://cran.r-project.org/web/packages/ari/vignettes/Simple-Ari-Configuration-with-Docker.html のDocker imageも試したがari_narrate でエラーなのは同じだった

## 丹生
- hail がようやく動いた + メトリクスが取れたので分析しようとしている
    - Telegraf で雑に全部取ったが、Spark (JVM) が絡んでるのでメモリ使用量は正確にとれないかも
- CWL v1.2.1 の conformance test の話が流れてきたので確認していた
    - https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.2/issues/54
- 副反応らしき体調不良が続いている
    - 接種後4-5日経ってるので、もしかしたらただの体調不良かもしれない

## 末竹

## 大田

- コードネーム: 猫パンチのネタ出し
- Sapporo の論文化について……
- トーゴーの日が終わって虚無になっています
- バルセロナ行きがなくなって虚無

## 池田
- toil-cwl-ruuner と udocker の組み合わせでの運用について試行錯誤
- `toil-cwl-runner --user-space-docker-cmd udocker`  で動作はする。
    - しかし、イメージのダウンロードと展開が都度発生するので、ネットワーク負荷が大きい
- `cwl` の `DockerRequirement` に `dockerPull`　が記述されている場合に、必ずdocker fileをpullしている
- `dockerImageId`を指定して固定すると良いかもしれないが、ポータビリティーが失われる...残念

(石井追記)
dockerコンテナ（singularityでも）をキャッシュするオプションがありまして、それをつかうとよいのでは？
実は石井はsingularityの方で先週そういったことをしていました。


# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

- ここから書く
- Slurm と container と rootless docker
    - [Slurm Workload Manager \- Containers Guide](https://slurm.schedmd.com/containers.html)
- CWLの出力まとめたい関係のissueなど
    - [Grouping outputs from multiple steps into folders/subdirectorys · Issue \#870 · common\-workflow\-language/common\-workflow\-language](https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/issues/870)
    - [Specifying a relative directory for all outputs \- CWL Questions \- Common Workflow Language Discourse](https://cwl.discourse.group/t/specifying-a-relative-directory-for-all-outputs/422)