# 53th Workflow Meetup (2022-06-01 Wed, 02 Thu)
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[20220601-02 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20220601-02)

2022-06-01(Wed)
2022-06-02(Wed) (ピタゴラミートアップと共催)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体

## 石井

- 次回7月6日水曜日,7日木曜日を予定
- 2021年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。
- 7月7日木曜日は、おそらくpitagora meetup と共催

# こうなりました

## 全体

### JupyterLabのgithubサイトを作る

## 石井

- 次回の予定をたてた
- 今後の予定
- ８月は3,4（水、木）
- 一週前の方がもしかしたら石井は都合がよいかもしれないため、また相談させてください。お盆ソンとかでもよいのかもしれない。
- 9月は7,8（水、木）
- いくつかのタスクを進めた。
- データ公開までのみちのりもすすんできたのではないか。
- ドキュメント書き
- https://github.com/biosciencedbc/jga-analysis/tree/add-readme-for-persample/per-sample
- その他もドキュメントとか書いている。

## 西田

## 丹生
- [NII オープンフォーラム](https://www.nii.ac.jp/openforum/2022/) のためミートアップは途中から参加
- [shaft](https://github.com/tom-tan/shaft) がシングルバイナリで[動かない件](https://zenn.dev/tom_tan/scraps/c7ffc24dd2e73f)が解決したのでサクサク進行
- `DockerRequirement`, `SoftwareRequirement`, `InitialWorkDirRequirement` 以外は実装した
- required のテストは[全パス](https://github.com/tom-tan/shaft/releases/tag/v0.5.2)した
- `ResourceRequirement` でのリソース制限は実は未実装 (`runtime` には反映される)
- コンテナサポートを外部化するための API を考えていた
- 以下があれば十分か？
- コンテナサポートの確認
- e.g., `docker` などのコマンドが存在するか
- ~~各ファイルのホスト上のパス <-> コンテナ上のパスのマッピングの作成~~
- shaft 側でマッピングは決め打ちで作成してもいいかもしれない
- shaft 側で決め打ちされて困るコンテナランタイムは存在するか？
- `docker`, `podman`: `-v` を使えば良い
- `singularity`, `apptainer`: `--bind` を使えば良い
- コンテナ実行用のコマンド生成
- JS 処理系を組み込めないかと [njs](https://github.com/nginx/njs) を調べている
- Nginx 拡張用の JavaScript 処理系
- Alpine Linux に[静的リンク用のパッケージ](https://pkgs.alpinelinux.org/package/v3.16/community/x86_64/njs-libs-static)がある
- ただしなぜかヘッダーパッケージは提供されていない
- [njs_shell.c](https://github.com/nginx/njs/blob/master/src/njs_shell.c) 相当のことを行えば実行できるはず
- 最近コンパイラに入った [importC](https://dlang.org/spec/importc.html) の出番？
- Node などでも使われている v8 は組み込むのが結構辛そう
- Alpine や Ubuntu のパッケージとして提供されていない
- ビルドに[独自システム](https://v8.dev/docs/build-gn)を要求してくる

## 新海
- お知らせ
- 今月6/10-11に第４回日本メディカルAI学術集会が開催されます
- https://jmai2022.org/
- 参加登録: 6月８日（水）23:59 まで
- gtfやbedまわりをpythonで扱うネタについて色々作業してました
- dfで扱う場合はgffreadでdfに読み込ませてしまうのが良いのかも

# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

- ここから書く
　　- リンカのオプションが違う、 `--eh-frame-hdr`
　　　　- ExceptionHandling Frame Header
- 静的シングルバイナリにするときだけとかで、clangとgccで違うことがあるらしい。
- ARM用のバイナリ生成時なども、これにカラムエラーがあるらしい。