# 30th Workflow Meetup (7月1日)
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[20200701 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20200701)

2020-07-01(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 石井

- hotsub

## 西田

## 末竹

# 次回

[20200803 · manabuishii/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/manabuishii/workflow-meetup/wiki/20200803)

2020-08-03(Mon)
13:00 - 19:00 まで。

# こうなりました

## 全体

- BCC2020出る人はいますか？？

## 石井

- 次回の日程を決める
- 8/3(Mon)、１３時から１９時
- 基本オンライン
- hotsub
- S3のデータとかどうなるのか理解できた気がする
- 非常に便利だとおもっている。
- 石井の問題点：
- cwl機能についてまだ理解が足りてない
- cwltoolのコンテナを探す?
- そもそも、vboxで動かせていない。
- しかし、石井がこんなことになるように、設計されている気がしないので、たぶん、石井の使い方が悪いのだろうと予想して、デバッグ方法を考えている。
- 現状のCWLとhotsub
- 簡単なサンプルは動いた。
- なので、あとは石井の配置のしかたなどの問題だろう
- ちょっとずつせめていく。

## 西田

## 末竹

## 丹生
- Pragli の有料プランが気になる
- 最短では8/1の一ヶ月前(7/1?)にアナウンスされる
- が、7/1 (日本時間ではない)なのでまだ特にアナウンスなし
- Rabix composer を眺める
- Rabix bunny 以外の executor にも対応したい
- コードを辿ると [AppEditorBase](https://github.com/rabix/composer/blob/f0947c5e57a3ab0ac574bae53bc85452db8dc99b/src/app/editor-common/app-editor-base/app-editor-base.ts#L146) のコンストラクタの引数の `executor: ExecutorService` がそれっぽい
- が、この引数は誰にも渡されずに虚空の彼方に消えている(ように見える)
- 実際に [execute をしている部分](https://github.com/rabix/composer/blob/f0947c5e57a3ab0ac574bae53bc85452db8dc99b/src/app/editor-common/app-editor-base/app-editor-base.ts#L778)を確認してみると、`Injector` によりどこの馬の骨かわからない [`executor: ExecutorService2`](https://github.com/rabix/composer/blob/f0947c5e57a3ab0ac574bae53bc85452db8dc99b/src/app/editor-common/app-editor-base/app-editor-base.ts#L772) が突然注入され、それが使われている
- 2...
- つらい
- 最終的に [ExecutorOutputParser](https://github.com/rabix/composer/blob/f0947c5e57a3ab0ac574bae53bc85452db8dc99b/src/app/execution/services/executor-output-parser/executor-output-parser.service.ts) で出力のパースしている
- [DI](https://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BE%9D%E5%AD%98%E6%80%A7%E3%81%AE%E6%B3%A8%E5%85%A5) が辛い
- いくつか解説記事を眺めてみたが、うまみがよくわからない
- [Rabix composer で cwltool を動かすプロジェクト](https://github.com/rabix/custom-executor)を見つけた
- 動作確認はしていない

## 大田

- 潰すべきtodoが多いのでエア参加です
- BioSample RDF を生成するパイプラインのデバッグをしたりしています

## 尾崎

- 自作ワークフローの中で使っている Julia パッケージに機能追加をしていました
- https://github.com/bioinfo-tsukuba/ReadCoverage.jl
- BioJulia 周りの関数名の変化にぶつかってデバッグ中心でした

## 芳村

- RamDAQのnf-core対応を実施中です
- ワークフローの構造を公式?推奨のものに寄せる
- pragliを初めて使いました