# 20200416

## 西田孝三 (理研BDR)

- Cytoscape用のnextflowワークフローを作ってみる
- できれば https://nf-co.re/ に採択されたい
- https://github.com/kozo2/cytoscape-nextflow
- SingularityでJupyter Notebookを使うベストな方法とは?
- GPUが使えることも必要

## 石井学 (GAJ)

- オンラインでの開催での知見の共有
- CWLを、Docker, Singularity で、動かす
- [vmware/tern: Open Source compliance for containers](https://github.com/vmware/tern/) が、quay.io にある、biocontainersのイメージをうまく処理できない原因の調査

### 具体的な開発予定

- CWLのLanguage Server Protocol の実装
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- Nextflow

### 他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど

### その他

- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト

## 熊谷洋平 (JAMSTEC)
### 具体的な開発予定

- 論文公開に備えCWLパイプラインのリファクタ
- 遺伝研スパコンでJupyter Notebookを動かすやつ(現状ゲートウェイでしか動いてない)

### 他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

- 大規模なメタゲノムデータを論文で使うときのデータ公開方法。今は「GitHubで解析パイプライン公開」「figshareでOTUカウント公開」とかを予定。(GitHubって論文単位でリポジトリ作る運用とかになるんですかね・・・？)

## 尾崎遼 (筑波大)
### 具体的な開発予定

- Nextflowで作っている[scRNA-seqデータ解析パイプライン](https://github.com/rikenbit/RamDAQ) の中で使っている自作ツールの機能拡張

### 他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

- 上記のパイプライン論文を書いています（石井さん芳村さんが共著）。どこのジャーナルに出せばいいですかね…？

## 新海典夫 (理研AIP)
### 具体的な開発予定

- 事務仕事とか対応たまってましてそっちの処理な感じになりそうです
- 具体的な話じゃなくて済みません

### 他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

- 皆さんのお仕事どんな感じかと思いお邪魔した次第です

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# 雛形(Template)

## お名前 (所属など)
### 具体的な開発予定

- 当日やることを書く、複数あれば複数書く

### 他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

### その他

- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など