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# System prepended metadata

title: 43th Workflow Meetup (2021-08-18 Wed)

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# 43th Workflow Meetup (2021-08-18 Wed)
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[20210818 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20210818)

2021-08-18(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。



# 事前計画

## 全体

- GHCRのコンテナ容量問題が解決したかを、みなさんにたずねる。
- [Jupyterlabのコラボのハンズオン](https://github.com/workflow-meetup-jp/handson/tree/main/20210602)
    - CWL User Guideを動かす
    - スクラッチからどれくらいで準備ができるか
    - dockerはつかえなさそうだがどうなんだろう。
        - udockerをいれればよいではないか？
    - binderは、OSはUbuntuの18.04です
    - binderとngrokがあれば、Galaxyをたてられるんではないか？
- グラフの書き換えがみんなにわかるとよいだろう
    - y=2xのグラフをy=3xにしたら、全員の画面がかわればそれはそれで便利そう。


## 石井

- 次回日程を決めた
    - 2021年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。

## 西田
- [systemPipe](https://systempipe.org/) の調査。CWLをRから活用するようにするエコシステムのようです。
- http://app.orchestra.cancerdatasci.org のようなSTEMを目的とした(?)サービスに関する議論につきあってもらう。
    - systemPipeのワークショップはapp.orchesta.cancerdatasciで試せます

## 丹生
- [hail](https://hail.is/) と格闘
- ep3 いじり

## 末竹

# こうなりました

## 全体

- 次回9月1日水曜日を予定

### ワクチン２回目を打つ際には、いくつか用意しておくとよいもの


- こおりまくら、アイスノン、保冷剤等をたくさん用意しておく
- 水とか経口補水液的なもの、キャップはあけておいたほうがよいとおもわれる。腕が使えない可能性あり。
- 体温計
- ゼリーとかプリンとか食べやすいもの。食欲がおちるような傾向があるらしいのと、食べる元気がない可能性があるので、たべやすいもの。
    - 食欲があるときにさらっと食べるべき
- 前日から、体調を整えて、打った次の日は休み必須感あり。
    - 翌日は動ける気がするが結局つかいものにならないかんじ。
    - 全く動けないケースも多々きく 
- 打つ前に風呂かシャワーはいっておいたほうがよい。
    - 長い人は２日くらいダウンし続けるらしい
- 解熱鎮痛剤は、問題ない範囲で用意しておくとよいだろう。

### systemPipeWrokshop2021を試す。

Slack より抜粋。

1. http://app.orchestra.cancerdatasci.org/1  を開く
2. 右上のSearchの箱にsystemを入れる
3. 絞られるTitleのうちsystemPipeという行のActions列のLanuchボタンをクリックする
4. たちあがったらログインする。ログイン情報は画面にでてくる
5. そのあとにrstudio内のPackagesタブ内のsearchでsysと打ちこむ
6. 名前が長いsystemPipeWrokshop2021
7. User guide ...をクリック
8. 上の方にでてくる４つのうちの４番目をクリック（名前が長いsystemPipeWrokshop2021）


## 石井

- AWS EC2に接続ができないとおもったら、接続元のIPが変わっていた。
    - 接続元の制限がきちんときいていたという点ではよかった。
- ドキュメント書き
- cwltoolの公式コンテナの配布先が hub.docker.com なくなったので、biocontainers.proかとおもってたが、そうでもなさそうだということがわかった。
    - [containers/cwltool at master · BioContainers/containers](https://github.com/BioContainers/containers/tree/master/cwltool)
    - biocontainers.proは古い。
    - tweetしてみた。

## 西田

- systemPipeWorkshop2021を試した(といっても石井さんに丸投げでしたが...)
    - 石井さんの感想からsystemPipeRのvignetteのCWLへのexportが無さそうなことを知る(作者に伝えます。)
    - 追ってどういうものか情報共有します...
    - [systemPipeRのワークフローのコレクション](https://systempipe.org/spr_wf/)があることを知った。できればここに新たなワークフローを追加したい。
- http://app.orchestra.cancerdatasci.org
    - 結局どういう仕組みかはわからなかったので作者から情報収集しまたみなさんと情報共有します
    - 認証サービスと絡めてどういう展開ができそうかに興味

## 丹生
- [hail](https://hail.is/) と格闘: 第一部完 (完結はしてない)
    - branch factor が原因でした
        - branch factor = 101 だと、サンプル数を 101 にしても動く
        - おそらく branch factor により計算量が大きく変わる (以下ではサンプル数 $n$, branch factor $b$)
            - $b < n$ の場合: $\mathcal{O}(b^2 \log n)$
            - $b \ge n$ の場合: $\mathcal{O}(n^2)$
            - branch factor ごとの計算量を $b^2$ と仮定した場合
                - 内部で行列作成しているように見える
            - 単に branch factor を大きくしても根本的な解決にはならない
        - $b=11, n=121 (=b^2)$ だと動かなかった…
            - 他のパラメータも絡んでいる？ (`batch_size` か？)
- 講演者を探していた件
    - https://testbed.nict.go.jp/ADVNET/advnet2021/index.html
    - 発表ネタが無事降ってきたので丹生が発表することに
- IIBMP 発表します(データサイエンティスト養成セッション)。

## 末竹

## 大田

## 池田
- cwl の workflow で scatterを実行した場合に必要以上にjobが増えるので困っていた
    - toolの定義で`ResourceRequirement:`を正しく指定する事が重要　-> ありがとう石井さん

例えば `nthreads` を定義して次のようにして、実行に必要なCPUリソースの下限値を設定
```
requirements:
  ResourceRequirement:
    coresMin: $(inputs.nthreads)
```

参考（石井追記）：[CWL の requirements 一巡り: ResourceRequirement](https://zenn.dev/tom_tan/articles/b4cd8f5c967428)


## 新海

- 研究の為に公共データ集め
- あまり整理されてないつらさを感じる日々です

参考：FAIR
- ja: https://biosciencedbc.jp/about-us/report/fair-data-principle/
- en: https://www.force11.org/group/fairgroup/fairprinciples

# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

- ここから書く
- TypeScript の types
    - [TypeScript の型定義ファイルの探索アルゴリズム \- 30歳からのプログラミング](https://numb86-tech.hatenablog.com/entry/2020/07/15/153431)
    - [TypeScriptのライブラリの型定義を拡張する方法\(with Discord\.js\) // パケット畑でつかまえて](https://omochizo.netlify.app/posts/2020/08/typeextend/)
- Nginx
    - [NGINXConfig \| DigitalOcean](https://www.digitalocean.com/community/tools/nginx)
- Sinatraでおおたさんがハマった話、続報
    - [ruby \- Sinatra app on Heroku responds with Forbidden if I follow links \- Stack Overflow](https://stackoverflow.com/questions/33246470/sinatra-app-on-heroku-responds-with-forbidden-if-i-follow-links)
　      - ブラウザからリンクをたどった場合は、みれないが、直接叩くと見れるケース。
　          - こういうケースがおおいのかわからないが、気づきにくい気がした
- reproducibility
    - [Frontiers \| Editorial: Curriculum Applications in Microbiology: Bioinformatics in the Classroom \| Microbiology](https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.705233/full)
- キーボード問題
    - [動かなくて相談したいときに事前に確認する項目\(はんだづけ編\) \- Self\-Made Keyboards in Japan](https://scrapbox.io/self-made-kbds-ja/%E5%8B%95%E3%81%8B%E3%81%AA%E3%81%8F%E3%81%A6%E7%9B%B8%E8%AB%87%E3%81%97%E3%81%9F%E3%81%84%E3%81%A8%E3%81%8D%E3%81%AB%E4%BA%8B%E5%89%8D%E3%81%AB%E7%A2%BA%E8%AA%8D%E3%81%99%E3%82%8B%E9%A0%85%E7%9B%AE(%E3%81%AF%E3%82%93%E3%81%A0%E3%81%A5%E3%81%91%E7%B7%A8))
    - [モンクスオブファンクさんはTwitterを使っています 「@voice\_akmr この部分が短絡しているように見えます。 はんだ吸い取り線などではんだを吸い取ってみてください https://t\.co/JP2yE3cPUF」 / Twitter](https://twitter.com/monksoffunkJP/status/1092017050233462784)
- GitHub引用
    - [Making Your Code Citable · GitHub Guides](https://guides.github.com/activities/citable-code/)
        - GitHubのガイド
    - [Nat FriedmanさんはTwitterを使っています 「We’ve just added built\-in citation support to GitHub so researchers and scientists can more easily receive acknowledgments for their contributions to software\. Just push a CITATION\.cff file and we’ll add a handy widget to the repo sidebar for you\. Enjoy\! 🎉 https://t\.co/L85MS5pY2Y」 / Twitter](https://twitter.com/natfriedman/status/1420122675813441540)
- 何かをつくりはじめたら、どんどん奥の方を実装することになっているときの話の例
    - [ゲームエンジンはアートである \- 8 年以上自作ゲームエンジンをメンテし続けている話｜Hajime Hoshi｜note](https://assets.st-note.com/production/uploads/images/56546343/rectangle_large_type_2_b383fbe5b99fd14566c46153af7ed7bd.png?width=800)
- 再現性
    - 探索的ビッグデータ解析と再現可能研究
        - 統計数理研究所 統計思考院 
            - オンラインワークショップ 
        - [WS\-EBDA\-RR\-2021](https://sites.google.com/view/ws-ebda-rr-2021/)